まだ空間さえなかったころ。一筋の光が差し込んだ後、「真白域」と「真黒域」というふたつの世界が生まれる。真白域には超聖神ディアナ、真黒域には超聖神クロノズーが現れ、それぞれの世界を治めた。だが、ふたりの超聖神はとても仲が悪く、お互いを滅ぼそうと戦いを始めてしまう。戦いの真ん中に生まれた「まとば」と呼ばれる不思議な世界に、あるとき７つの流れ星が降り注いだ。その流れ星を偶然に目撃したお守りの聖光ゲンキと聖太子ジェロは、記憶をなくした十字架天使という天使とカメに出会った。そのカメから現れた未来の天使ヘッドであるスーパーゼウスから、７人の若神子を探し出して真白域にいるディアナに会いに行くよう言われたのだった。やがて最初の若神子のヤマト王子と出会った一行は、残りの若神子を捜して、まとば世界を旅することに。しかし、まとばにも、クロノズーの命を受けて天使やお守りを悪魔に変えようとする、魔妃ネロクイーンの魔の手が忍び寄っていたのだ！
激しかった戦いの日々も終わりをつげ、なぎさとほのかはプリキュアとして戦う日々から、元通りの普通の中学生としての毎日に戻っていた。光の園も平和な日々を取り戻し、メップルとミップルとポルンも、今は静かな眠りについている。だが、異変は突然起こった。ジャアクキングの攻撃で傷ついていたクイーンが、「生命」「心」「１２のハーティエル」に分裂してしまったのだ。その頃、中学３年生になったなぎさとほのかの前には、ザケンナーがまたしても姿を現していた。眠りから覚めたメップルとミップルの力で、二人は再びプリキュアに変身！こうして戦いは幕を開け、謎めいた少女・九条ひかりとの出会いが、思いもよらぬ運命へと物語を導いてゆく。
美墨なぎさはベローネ学院の女子中等部に通う、元気いっぱいな女の子。勉強が苦手で無鉄砲なところもあるけれど、明るくて正義感の強い彼女は、いつも友達に囲まれている人気者だ。ある日のこと、なぎさはメップルという不思議な生き物に出会う。空から落ちてきたメップルは、別世界である故郷・光の園から地球に逃れて来たらしい。邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた光の園は、今や滅亡の危機に瀕しているというのだ。変身する能力を与えられたなぎさは、伝説の戦士・プリキュアとなってドックゾーンと戦い、光の園を救うことになる。その頃、同じベローネ学院に通うもう一人の少女も、ミップルという不思議な生き物からプリキュアの力を与えられていた。彼女の名前は雪城ほのか。なぎさとは性格も考え方も正反対で、友達どころか、ろくに口も聞いたことのないクラスメイトだった…。
金田一一（はじめ）は不動高校に通う高校生。いつもはひょうきんで少しぐうたらな少年だが、ひとたび事件が起こると大人顔負けの鋭い洞察力を発揮し、快刀乱麻を断つがごとく謎を解いてゆく。実は彼は名探偵・金田一耕助の孫なのだ。次から次へと起こる惨劇、迫り来る死の恐怖、そして暴かれる過去の悲劇…しっかり者の幼なじみ・七瀬美雪を良きパートナーに、彼は今日も不可解で恐ろしい事件に立ち向かってゆく。警視庁捜査一課の警部・剣持勇、本庁きってのエリート警視・明智健悟、天才的な犯罪者・地獄の傀儡師など、一と美雪の他にも個性的な人物が数多く登場する。どんな謎でも解き明かし、必ず真犯人を暴き出してみせる。じっちゃんの名にかけて！
