ある日、平凡な中学生の少年・祐二は塾の帰り道で偶然出会った一人の少女に惹かれる。その少女の名は哀…、妖と人間との間に生まれ、東京の地下の世界で一匹の狼と暮らす少女だった。少女が人間ではないと知った祐二だが、なぜか惹かれるその少女に、祐二は人として入ってはならない領域へと足を踏み入れるのだった…。
妖と人間との混の少女・哀と、平凡な中学生・祐二。偶然出会った二人はお互いに惹かれ合い、楽しき時を過ごしていた。しかし、「七つの頭」と名乗る混の組織が哀に接触。組織は一時は哀を自分達の創造する新世界の母「バビロン」として協力を要請したが、組織のやり方に協力を拒む哀に対しついには襲い掛かるのだった…。
ごく平凡な中学生・祐二は、妖と人間との混の少女・哀と徐々に親しくなっていった。しかし、鬼本来の姿と化した哀を見た祐二は、哀の前から逃げ出してしまう…。ショックを受ける哀と哀を怖れる祐二。ふたりの関係はこのまま終わってしまうのか？ 一方そんななか、謎の組織「七つの頭」は祐二をイレギュラーな存在として排除しようと襲い掛かってくるのだった…。
さまざまな困難を乗り越えて、お互いの絆を確かめ合った祐二と哀。すべての秘密の鍵となる「バビロン」を解き明かすために、ふたりは飛騨の村へと向かった。しかし、そこで待っていたものは、謎の組織「七つの頭」に操られたリョウメンの一族だった!! 果たしてふたりの運命は？ 「バビロン」の謎を無事解き明かすことはできるのか？
