江戸時代の公儀隠密 神保兵衛 一方 警視庁公安桜田咲人 江戸の町がそっくりそのまま時間を超えてやってきてしまった東京の治安をまもるため二人はバディを組まされた…過去の人々と共存する異常な都市が生む犯罪、陰謀に桁外れの捜査官コンビが挑む。誰もみたことない時空ドラマがここに！
江戸の街が現代の東京に出現！前代未聞の状況下江戸エリアと東京には各国利害がらみのテロや犯罪が深く進行していた。そんな折、テロとの関連の深い重要人物が江戸エリアに潜伏との情報に公安桜田と隠密神保が捜査開始！江戸内の権力争いに加えアメリカの重要人物確保の部隊投入に揺れに揺れる江戸エリア…二人は人物を確保できるのか？さらに女2人…お庭番あやめと別班冴子も加わり事態は急を告げていた…
江戸エリアに不穏な動き。老中派と反老中派の対立か、はたまたクーデタ計画か？神保、桜田の超時代バディにその調査鎮圧の任務が課せられた。はたして動きの首謀者は？神保の身を切るような活躍と一歩間違えば江戸エリア崩壊、難民流出の瀬戸際に立つ桜田…大宗教の中枢も関与している大一番が始まった。
江戸エリアに独立の気運あり？ 日本政府の支配から逃れて国際社会に独立した行政主体と認められれば…。しかしその運動の主導権を争う勢力間の対立が激化。その折も折、バチカンと十字を紋章とする危険な団体が介入、新政府の長と皆が嘱望する若君をめぐって凄惨な争奪戦が始まろうとしていた。
アジアの緊張関係のなか ついに国境の領土の占有事件が勃発。日本政府は自衛隊を出動させる覚悟は毛頭なく独力解決の方法が絶望視されていたとき江戸エリアの武士たちを動員すれば、という奇策が浮上。ついに武士たちは日本国民としてではなくあくまで江戸エリアの武力として占有された島の奪還に向かわされた。はたしてどれだけの武士たちの血がながされればいいのか？江戸エリアの日本からの独立は勝ち取れるのか？いよいよクライマックス！
