武蔵丸第三中学校・野球部は、学校内でも相手にされないダメダメ集団。そこに、スーパー野球少年・宮本不滅が転校してきた！ 不滅は、計り知れない実力を秘めた中学1年生。ある約束のため、プロ野球選手を目指しているらしいのだが…。そして野球部を潰そうと画策する校長に対し、不滅たち野球部ナインはどう出る…！？ ――『うちゅう人田中太郎』のながとしやすなりが豪快に放つ、奇跡が起こる超本格野球まんが！ 第1巻、ここに激登場！！
地区予選出場をかけた、校内野球大会。武蔵丸三中野球部は、強敵・江夏塁率いる、2年D組と激突！ だが、勝つためには手段を選ばない江夏によって、仲間のロボット・栗男が壊されてしまった。その昔、野球勝負で不滅に負けた江夏は父に認められたい思いを、不滅への憎しみに変えていたのだ！ しかし試合が進むにつれ…！？ 宮本不滅、そして野球部のメンバーは、強敵相手に奇跡を起こせるか！？ アッとおどろく、奇跡の野球まんが第2巻！
校内野球大会2回戦クライマックス！ ロボット・栗男が動かなくなり、実質8人で試合に臨む宮本不滅たち野球部。野球が好きであるということに気づき改心した江夏塁率いる2年D組ナイン。本気の対戦の決着は！？ そして、激闘のあとに、不滅たちのもとを訪れた意外な者とは…！？ ――野球まんがの常識をぶっとばす奇跡がつぎつぎ起こる、第3巻！ 宮本の情熱、佐々木の奮闘、栗男の復活、稲尾の運命…これはもう、ただの野球まんがじゃない！！
実は死んでいた稲尾とロボットの栗男が、天使の力によって融合し、稲尾栗男として転生。罰を受けた天使も人間・星野天馬としてナインに加わった。ここに新生・武蔵丸三中野球部が誕生した！ そして迎えた校内野球大会決勝戦。不滅たち野球部は、3年B組と戦うことに。しかし、試合開始後「勝者の会」と名乗る、沢村飛鳥率いる天才6人組が現れた！ はたして、「勝者の会」の正体とは？ その実力とは？ 熱さ爆発、奇跡の野球まんが第4巻！
校内野球大会決勝戦で大熱闘中の野球部対3年B組！！ しかし、3年B組には“野球部を倒し廃部させる”という校長の依頼でやってきた天才的な能力をもつ「勝者の会」が入っていた。そのメンバー6人と宮本不滅の勝負は逆転につぐ逆転で、ついに最終回へ突入！！ ここにきて明らかになる、エリートであるはずの敵投手・沢村の秘密とは？ そして、姿を現した本当の敵とは？ はたして、奇跡は起こるのか…！？ 大人気・奇跡の野球まんが第5巻！！
まだ中学生でありながら、プロ球団の入団テストを受けることになった、武蔵丸三中野球部のバッテリー・宮本不滅と佐々木球次郎。しかし、そのテストは合格すればプロ野球選手になれるが、負けたらアイスクリーム工場で一生タダ働きという過酷なもの。不滅たち以外にも、元天使の星野天馬や明るい関西弁の少年・中畑佐助などが挑戦することに。つぎつぎとせまる厳しいテストに挑む不滅たちだったが…！？ 奇跡の野球まんが、新展開の第6巻！
謎のプロ入団テストに挑戦する、武蔵丸三中野球部メンバーである宮本不滅・佐々木球次郎・星野天馬・新浦ひろみの4人。不滅たちは苛酷なテストをなんとかクリアしていき3次テストへ。不滅と新浦は通過するが、佐々木は参加者の中でも飛び抜けた実力の持ち主・落合乱と勝負することになり…！？ はたして不滅たちは、プロになれるのか？ そして、このテストに秘められた真実とは？ プロ入団編、最高潮！ 奇跡の野球まんが、激動の第7巻！！
プロ球団ゼブラスターズのエース・梅坂大輔の独断によって行われていた入団テスト。江夏コンツェルン会長の息子・江夏塁の介入で、テストは中止…になるかと思いきや、宮本不滅の熱意により梅坂投手との勝負に勝てばプロ入団ということに！ 激動のプロ入団テスト編、ついに完結！！ そして、ついに始まった地区大会。つぎつぎとあらわれる新たなライバル。負ければ解散の武蔵丸三中、その熱き戦いが始まる！ 奇跡の野球まんが、白熱の第8巻！！
ついに始まった地区大会。しかも、不滅の武蔵丸三中野球部は、負ければ解散だ！！ だが、第1回戦を突破した不滅たち三中ナインの次の相手「柏戸学園」のベンチには、かつて戦った強敵エリート集団“勝者の会”が…！ ライバル・沢村に加え、ナックルボールの使い手・福本左京も現れ大ピンチ！！ 追いこまれた不滅は、誰にも打たれない超必殺球「不滅ボール」を繰り出すが、それがもとで大変なことに！？ 奇想天外の野球まんが、衝撃の第9巻！
地区大会第2回戦、宮本不滅たち武蔵丸三中野球部の相手は、かつての強敵「勝者の会」。努力を重ねてきた武蔵丸三中野球部も好プレーをするが、見せかけではない「本物の努力」をしているという敵将・沢村に、不滅の渾身のボールが打たれてしまった…！！ 傷つき、倒れながらも、懸命に戦い続ける不滅たちに、はたして奇跡は起きるのか！？ 大好評の地区大会第2回戦、ついに決着！ 波瀾万丈の野球まんが、ファンに支えられ堂々の第10巻！！
