校長室に呼ばれた野球部キャプテン・不屈闘志が、突然校長から野球部の廃部を命じられた。そこで彼は部の存続のために「甲子園大会での優勝」を宣言し、その決意の証明として、春の甲子園ベスト8・日の出商業を10日後の練習試合で倒すことを誓ってしまう。その日から猛特訓を開始したナインだが、試合3日前になって部員が次々と脱落していき…！？
夏の高校野球地区予選1回戦、駄麻下商業戦が翌日に迫っていた。全力学園野球部ナインは、マネージャー月田明子のビデオレポートによって、相手の弱点を知り尽くし対策は万全。だがこんな時に限って、部員達にデートの誘いや交通事故など、次々と障害が降りかかる。不屈は必死にナイン全員を守り抜き、その逆境を乗り越えるのだが…！？
地区大会2回戦をすっぽかして桑原真美子とデートしている姿を、試合帰りの仲間に見られてしまった不屈。自責の念でいっぱいの彼は、自分の部屋を破壊しまくった挙げ句、利き腕までもカッターで斬りつけて詫びようとする。駆けつけた家族によりカッターは未遂で取り上げられるが、なぜか不屈の左腕はすでに故障していて…。
ついに甲子園出場を懸けた、宿敵・日の出商との決勝戦が始まった。だが1回表、不屈の投げた初球がいきなり打たれてピッチャー強襲！左頬にもろに喰らった不屈は、そのまま意識を失ってしまう。そして不屈が目を覚ましてみると、試合はすでに9回表。しかも、スコアボードには「112対3」という信じられない数字が…。
地区大会決勝、日の出商VS全力学園戦。9回裏、驚異の反撃で54点差まで追い上げた全力学園だが、体力の限界に達したナインたちは、ついに不屈ひとりを残して全員力尽きてしまう。そして打席に立った不屈の脳裏にも、精神的限界のためか、早く試合を終わらせて海水浴へ行きたいという妄想が…。
目標である甲子園の舞台へとたどり着いた全力学園の最後の戦いが始まろうとしていた。しかし、彼らの前には最強の敵が立ちはだかり、さらに、信じられないアクシデントが不屈に襲いかかる！はたして不屈は、真紅の優勝旗を手にすることができるのか！？がんばれ、逆境ナイン！！！
