とある喫茶店「九条」で暇をつぶす常連客たち。彼らの目当てはこの店に住み込んでいる美女・ニナミ。原因不明の焼死体や、凍りづけの死体が相ついで発見されるというニュースがテレビで流れるなか、ニナミが買い物から帰ってくるが、彼女といい、もうひとりの住み込みの男・ユウといい、どこか謎めいた感じの青年たちだ。そのとき店の外で口論が起き、元気者のニナミはさっそく仲裁に行くが…！？
ニナミがユウを引き連れて、あちこち食べ歩きなどを楽しんでいた休日。すると、たまたま入ったラーメン店や喫茶店、屋台のおでん屋で、同じ女性がずっと働いているのを見かけ、心配したニナミが声をかける。すると、その未央という女性は、交通事故で人を殺してしまった恋人のためにお金が必要だと打ち明けて…
ある日、またもニナミに激辛ラーメンを完食された亭主が鍋を持ち直した瞬間、腰を痛めてしまった。見かねたユウは救急車を呼ぼうとするが、そこに針治療に知識のある男が現れすかさず治療を施した。それを見たユウとニナミが、源三郎の肩こりも診てもらおうと、その男を店に案内してみると…？
ある日、不思議な夢をみたニナミ。着物姿で遊ぶ子供たち、軍服姿らしき姿で叱ってくる怖い大人…。ユウと出会う以前のことをほとんど覚えていない彼女だが、これはニナミの過去の記憶なのか？そんなことを考えながら歩いていると、昔の遊びを子供に教える徹という老人、そして自分のことを「特別な人間」と呼ぶ傲慢な社長が現れて…
東北の山中に現れたという、ユウとは別の「炎の魔神」。その正体を探るべく現地に向かったユウたちだったが、突然の狙撃に見舞われて、急きょ源三郎が応戦することに。そしてユウとニナミは狙撃した人物の足跡をたどって、洞窟にカモフラージュされた実験施設へと入っていくが…
ユウとニナミが、街で偶然出会った少女・姫子。なんと彼女の正体は、咎人会の頭脳「光の姫君」だった！その正体を知らぬまま、彼女のボディーガードとなった2人は、姫子を屋内遊園地に連れて行くが…？一方、咎人会内部では「光の姫君」が失踪したことで大幅に機能が低下しつつあり…
警視監・篠塚が取引に絡んでいる証拠を掴んだ真嶋。しかし警察内部の圧力で、事件の真相を公にすることが出来ず、孤独な戦いを強いられていた。そこで真嶋は、篠塚が警視庁を代表して挨拶を行う国際中継で、真実を公表するという強行手段を試みるが…！？
正式な咎人となったユウとニナミは、支部長から派遣された赤銅と共に仕事をこなすことに。だが、すでに「ユビキタス」の殺し屋たちによって標的は殺されている状況だった。その殺し屋の名は、鉄の爪を持つ我家（ガカ）兄弟。自分たちがユビキタスの一員であることも知らない彼らだが、現れた咎人を殺す依頼も受けていた2人は問答無用で襲いかかり…
「光の姫君」こと孫娘の唯を連れ戻すため、咎人会関東支部にひとり乗り込んだ源三郎。その行く手には、ユビキタスに寝返った支部長がいた。そして繰り広げられる2人の死闘。支部長にとって、“銃神”源三郎は新入りの咎人時代からの憧れの存在であったが、果たして戦いの行方は…？
