「殺人人形（キリング・ドール）」のコードネームを持つ少年・結（ゆい）。彼は「組織」によって戦闘の妨げになるような感情が芽生えないように育てられた暗殺者だった。人の殺し方は知っていても涙の流し方は知らない結は、与えられた「任務」を冷たく遂行してゆく――。人との接し方が分からず、周りと距離を置いていた結だが、萌子という少女から懐かれてしまい仕方なく相手をすることに。だが新たに与えられた任務の内容は…。
家族を捨てた父親・富田の殺人を依頼した青年・京也。その彼の要望で、京也とその弟・虎太郎になりすまし富田に接近した結と駿河。だが二人に何とか愛情を伝えようとする富田の姿に、肉親の愛を知らずに育った駿河は少しずつ懐き始めてしまい……。「天使祝詞・番外篇」も収録！
組織からの命令で内戦状態の国へ傭兵として降り立った宮城。そこは多くの人間がただ殺し合いをし、死んでゆく場所だった。日本人の諌早が隊長を務める部隊に配属された宮城は、狙撃手となり、たくさんの人間の命を奪っていくことになるが…。 結を優しく見守る神父服の暗殺者・宮城の壮絶な過去が明かされる。
暗殺組織の幹部・斎藤の娘である未来から「私を殺して欲しい。ただし私を笑わせてから」という奇妙な依頼をされた結。依頼を実行するため仕方なく一緒に行動し、結は必死に未来を笑わそうと頑張るが…。ところが、未来の行く先々で不可解な爆発事故が次々と起こり始める。
未来の命を狙って爆発事故を起こしていたのは、彼女に執着する主治医・西だった。ところが、組織の幹部で未来の父親である斎藤は、娘の事は放っておいてくれと結に「命令」する。未来の「願い」と斎藤からの「命令」。二つの思いの狭間で迷い、ついに結が下した決断とは…!?
