善か、罪か――罰と懺悔の怪異ロマン！！いじめ被害にあう小学生・萩原美月は、唯一の肉親である兄の太陽を殺してしまう。しかし、兄の身体には「テンメイ様」と呼ばれる怪異が宿り、蘇るのだった。強大な力を持つテンメイ様は、美月をいじめたクラスメイト全員を殺害し――異形との出会いと無垢な祈りの末、美月の「手」にも特殊な力が…!?
立ちはだかる怪異――そして、罪。人ならざる「兵器」として軍の管理下に置かれた萩原美月。天の膿から降り落ちる怪神と、人類との戦いの最前線で戦闘することを余儀なくされた美月は贖罪のため、国に奉公するが……その「手」の異能は、誰のために？怪神手（アヤシデ）たちが動き出す。
史上最大の絶望の中で──想い、交わる。東京・上野に史上最大の怪神が襲来。行方不明となっていた萩原美月は、かつての友・碧流らとともに怪神を討つべく上野へ急いでいた。時を同じくして、実験台として軍に囚われていたテンメイ様もまた、美月に会いたい一心で脱走を図る……贖罪と、復讐と、無垢な愛と。歪んだ情熱の先にある、それぞれの希望の正体とは。
旧人類の目的は──全ての謎が明かされる！上野怪神災害にて、ついに再会した美月とテンメイ。しかし平穏に見えた日々の中で、美月はテンメイの体に眠る兄・太陽のことを思い出す。一方、東京タワーでは、怪神課の長・八島からテンメイへと、旧人類と人類にまつわる世界の秘密が明かされようとしていた。兄か、師か。人類か、旧人類か。美月が選びとる答えとは──
兄と弟の贖罪の物語、衝撃の終幕へ──！！大規模作戦を決行し、ついに怪神・アイラとの戦いに終止符を打った美月たち。一方、テンメイ様は旧人類・マユの導きのもと、禁断の記憶の蓋を開こうとしていた。「テンメイ様」とは誰なのか。「怪神手」の力の正体とは何か。すべてが明らかになった時、兄弟の贖罪の物語は衝撃のラストを迎える──！！
