大ヒット劇場版のアニメコミックス！北海道・函館の斧江財閥に怪盗キッドからの予告状が届いた。今回キッドが狙うのは、幕末を生きた新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀だという。ビッグジュエルを追い求めるキッドが、なぜ、日本刀を狙うのか――？一方、西の名探偵・服部平次とコナンたちも、函館で開かれる剣道大会のために現地を訪れており、犯行予告当日、平次がキッドの変装を見破り追い詰めるが…？時を同じくして、胸に十文字の切り傷がつけられた遺体が函館倉庫街で見つかる。無関係と思われた2つの事件が交錯していく――――！！
大ヒット劇場版のアニメコミックス、下巻！新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀を追う怪盗キッド。函館倉庫街で遺体が見つかった事件の捜査線上に浮上したのは、武器商人として暗躍する日系アメリカ人の男…。彼は戦時中の軍需産業に深く関わっていた斧江家初代当主が函館のどこかに隠したとされるお宝を探していた。そして平次の“ある計画”の行方は……！？
