突如、世界各地にダンジョンが出現した現代日本。現実世界では生粋の陰キャである大桃怜だが、ダンジョンでは世界で唯一レベルがカンストしていた。社会との関わりを絶ってひたすらダンジョンにのめり込んでいた怜は、ある日、チャンネル登録者1000万人の美少女有名配信者・ユリアの危機を救う。意図せずダンジョン配信でバズった怜は、平穏な日常を求めるのとは裏腹に、裏社会や国までもを巻き込んだダンジョンのさらなる秘密へと巻き込まれていく！
ダンジョン内だけでなく、現実世界でもチンピラたちに無双する大桃怜。実は、彼は裏社会で絶大な力を誇る組織の組長の息子だった！ ダンジョンで鬼塚たちを圧倒した姿がユリアによって配信され、学校でも一目置かれるようになった怜の元に、ある日、ダンジョン管理省のトップが近づいてくる。そこで怜は、とんでもない裏アイテムを渡される――。
高校の仲間の力を借りたものの、さらに大勢の暴徒と対峙することになった怜。ダンジョン管理省の飯島から渡された裏アイテムを使い、レベルカンストの力で無双する。その後、標的である自分が留まるのは周りに迷惑が掛かると判断し、佳林たちとともに政府専用の『レンディアスダンジョン』へ。不安を覚えながらも最深部を目指すと、そこには魔神と呼ばれる存在が――。
自身の魔神の暴走を克服し、新たに能力を得た怜は“第二魔神”の撃破に成功。しかし安堵したのもつかの間、新たな魔神が怜たちの前に現れる…。その魔神は記憶を自在に操る能力を持ち、第二魔神が起こした騒動を書き換えようとしていた。寸前のところで、阻止することに成功した怜だったが――。この魔神の目的とは一体!?
