吹雪の中、因縁の幕が上がる――！！長野県・八ヶ岳連峰の未宝岳。長野県警の大和敢助は雪山である男を追っていたが、男が放ったライフル弾が左眼をかすめ、同時に起こった雪崩に巻き込まれて負傷してしまう。それから10カ月後。毛利探偵事務所に、小五郎の警視庁時代の同僚だった「ワニ」と呼ばれる刑事から電話が入る。ワニは未宝岳で敢助が巻き込まれた雪崩事故を調査しており、事件ファイルに小五郎の名前があったというのだが……。国民的大ヒットアニメシリーズ「名探偵コナン」の劇場版28作目をアニメコミックス化！あの興奮が再び甦る――！！
因縁に決着をつけるべく動き出すコナン！狙撃犯とおぼしき人物を逃した蘭と光彦、元太。しかし、一夜明け、下山を始めた一行は再び狙われる。銃声を聞き駆けつけるコナンと小五郎だったが、大和敢助をかばって犯人に撃たれた諸伏高明は凍てつく川へと落下してしまう！その後、何者かが雪崩を引き起こすスピーカーを鳴らす！コナンたちは逃げ切るも、今度は敢助が行方不明に……。10か月前、雪山で敢助の左眼を奪った犯人と今回の狙撃犯にはどのような関係があるのか？コナンの推理が点と点を結んでいく!!
