古見家に引き取られ、ごく普通の高校生として育った浩一。しかし彼は旧約聖書にも記されている「バベルの塔」の後継者だった! 連日の夢から自分がそこに招かれることを察知していた浩一は、古見夫妻やその娘・由美子の反対を押し切って、バグダット付近の砂漠にひっそりと佇むバベルの塔を訪問したが…
「バベルがヒマラヤを降りる前に倒せ!」。バベル二世と接触し、彼が自分の敵になると感じたヨミは、自分を信仰する部下達に早速命令を下した。そして自分のテレパシー能力では読みきれなかったバベルの塔の位置、バベルの能力を部下に戦わせることで探ろうとするのだった。
依然、消息のつかめない浩一を心配してい古見一家は、新聞広告の尋ね人欄で彼の名前を発見した。それは浩一と同級生だった園宮が出したものだったが、ヨミはその広告を利用。部下のロビンソンとジョビーを派遣させ、親しい者たち共々バビル二世の息の根を止めようとするのだった。
ヨミの部下・ジョビーの死体を分析したことで明るみになった、手術で人間を洗脳するロボトミー手術。ヨミは分析に関わっていた倉石博士と彼の助手・新井が秘密を知りすぎたことを懸念し、彼らにも手術を加えることで自らの忠実な部下にしようと画策する。
世界中の銀行を襲撃したニセ・バビル二世。ヨミの真意を計りかねていたバビル二世だったが、それはかく乱を目的とした時間稼ぎ作戦だった。そしてその裏では、バビル二世から3つのしもべを切り離すためのフィールドが着々と建設されていたのであった。ジェット機に連れ込まれ、しもべたちへのテレパシーを遮断されるバビル二世大ピンチ!
ヨミを倒したバビル二世だったが、彼の消耗もまた激しかった。バベルの塔周辺にチグリス軍が展開したのはそんな時だった。最初はただの演習だと思い、体力回復のために治療ポッドへと戻るバビル二世。しかしそれは倒したと思っていたヨミの手先で、バベルの塔を探し出すために展開された部隊だった。
大型旅客機が墜落した。生存者はただひとり、国家保安局の全軍総司令官。だがそんな彼を、娘の絹子とバビル二世こと浩一の帰りを待ちわびていた由美子は「別人のようだ」と疑念を抱く。その疑念を証明するかのように、由美子や絹子をまるでバビル二世への盾にするかの如くボディガードに指名する司令官の正体とは?
アフリカ西海岸で実行された中性子爆弾の爆破実験。物理的な破壊力はなく、強力な放射線で人間だけを殺傷する、もうひとつの核爆弾とも言える兵器の威力にバビル二世は戦慄した。しかもそれを作れるだけの科学力を有するのがヨミだけだとあり、さっそく調査に乗り出す。
ヨミ配下の催眠術の使い手・ヨゼフが、アナウンサーに術をかけてバビル二世をカナダのロッキー山脈に呼び出した。付近の村人に催そのヨゼフが眠術をかけたせいでバビル2世はロッキー山脈の麓の村に到着するなり、村人に襲撃されるのだった。
バベルの塔を覆い隠す砂の嵐。最大の防衛手段である、その発生システムが整備されることとなった。そんな時に限ってやって来るヨミの偵察機。ロプロスに追い払われたことで危機を脱したかに思われたが、バビル二世からの先制攻撃が逆に場所を教えることになってしまう。
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