ねずみ男は消息不明となっている鬼太郎と目玉おやじを捜していた。やがて漁村で晴耕雨読の生活を送っている鬼太郎を発見。時を同じくして、その漁村で船が泥まみれになって転覆するという事件が起こる。目玉おやじはそれを泥田坊の仕業と見抜く。泥田坊はもともと田に棲むおとなしい妖怪だったが、人間の土地開発によって住みかを奪われ、ついに怒りを爆発させたのだ。それを知った鬼太郎は…。
妖怪がらみの事件屋に復帰した鬼太郎。そんな彼のもとに、妖怪になった両親を助けてくれと少年が駆け込んで来た。何者かが妖怪を反物に変え、その反物で人間までも妖怪にしているらしい。調査に乗り出した鬼太郎は、山奥に築かれた奇怪な城にたどり着く。その城では、中国から渡って来たチーを長とする妖怪軍団が鬼太郎を待ち構えていた。一連の事件は彼らの仕業だったのだ。
ねずみ男は勝手に鬼太郎の名前を使って映画会社に企画を売りこみ、がっぽりと前金をせしめた。それを知った百々じじいは協力を申し出る。鬼太郎に怨みのある妖怪を集めてパーティーを開き、映画に撮らせようというのだ。妖怪の秘密を人間に知らせるのは大罪である。濡れ衣を着せられた鬼太郎は妖怪裁判にかけられ、百々じじいの計略によって懲役刑を言い渡されてしまう。
天狗岳スカイウェイという道路で、人間が風になって消えるという事件が続発した。調査に向かった鬼太郎は、事件の現場で雨ふり天狗と遭遇する。雨ふり天狗は霞を食料に、古くから天狗岳で暮らしていた。ところが人間が天狗岳にスカイウェイを通し、車の排気ガスをまき散らして霞を汚染するようになった。雨ふり天狗はそのことを怒って、人間に復讐しようとしていたのだ。
山奥に建てられた一流ホテルの客たちが、突然暴れ出して手がつけられなくなった。ねずみ男は事件を解決させて謝礼金をせしめようと、鬼太郎を呼びつける。どうやら植木鉢の妖怪花が騒動の原因らしい。ホテルの建設によって住みかを追われた花の精が、事件を通して苦境を訴えようとしていたのだ。鬼太郎が花の精の願いを聞き入れ、事件は解決したかに思えたが…。
ある夜、ねずみ男は美しい少女から結婚してくれと頼まれた。少女の名は草葉霧子、山奥にある村の村長の娘である。ところが不思議なことに、霧子は3日前に病で亡くなっていた。取り憑いたモウリョウが遺体を操っていたのだ。鬼太郎たちは遺体を近くの妙妙寺に移し、住職である雲水和尚の協力を得て供養しようとするが、モウリョウたちは大挙して現れて棺桶に群がってくる。
南洋のポロゴン島では猫が50年生きると化け猫になると言われ、バンダという男の飼い猫・ジータも50歳を迎えていた。村の男たちはそのせいでバンダの一族を恐れ、娘のエリーメは嫁にも行けずに困り果てていた。バンダは鬼太郎を呼び寄せ、ジータを殺してほしいと依頼する。そこに奇妙な老僧が現れ、エリーメが妖狐に狙われていると告げる。妖狐は本当に現れ、鬼太郎が戦いを挑む。
東京中のゴミが集まる夢の島に、巨大な怪植物・マンモスフラワーが出現した。鉄よりも硬く火にも強いマンモスフラワーには、自衛隊のナパーム弾ですら歯が立たない。しかも種子を飛ばしてゴミ捨て場など汚い場所で増え続け、今や町は壊滅の危機に瀕していた。目玉おやじは種を蒔いたのが妖怪あかなめだと推測。フラワーの増殖を止めようと、鬼太郎があかなめと話し合うのだが…。
一羽のカラスが慌てた様子で鬼太郎の家に飛び込んできた。仲の良い花子という少女が、髪さまという正体不明の妖怪に生け贄として捧げられようとしているらしい。あいにく鬼太郎は留守。ねずみ男が花子を救うのだが、髪さまとそのしもべである毛目玉によって、ヤタの鏡に封じ込められてしまう。怒った髪さまは村の衆の髪の毛を利用して暴れまわる。そこに鬼太郎が駆けつけ、髪さまに立ち向かう!
鬼太郎は森本という男に頼まれて、アンコールワット遺跡に向かった。落ち武者の亡霊にさらわれた女性を助けてほしいというのだ。鬼太郎は亡霊たちと会見をもち、彼らが長であるオインの娘を捜していることを知る。オインの娘は何者かによって殺害された後、長い間見つからずにいたのだ。鬼太郎は亡霊たちにオインの娘の居所を教えるが、彼女を殺害した犯人が思いもよらぬ場所に潜んでいた。
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