「こんな世の中に、まだ他人のために命をかける奴らがいるなんてな」(フライ人)隕石の衝突と新生命体・マトリクサーの反乱により、人類が滅亡した近未来。マトリクサーが支配する世界に、ひたすら西に向かって旅を続ける少女がいた。彼女の名はヤクモ。人類滅亡以前にコールドスリープに入り、唯一生き残った人間である。西にある“センター”へ行けば、自分以外にも生き残った人間がいるかもしれない。彼女はそう信じて旅に出たのだ。だが、この世界において人間は、悪魔として忌み嫌われていた。
「あの乱暴者のマシュラを従わせる、人間の女の子…」(サーゴ)乱暴者のマトリクサー・マシュラをお供に旅を続けるヤクモは、石油をめぐるトラブルに巻き込まれてピンチに立たされていた。トラブルの当事者たちは、人間は悪魔だという言い伝えを信じ込んでヤクモを迫害しようとする。だが、中には彼女に好意的に接するマトリクサーもいた。世界中の美味いものを求めて旅を続けているというクータルである。彼はセンターへの案内を申し出てくれるものの、グルメとは別の目的があるようで…。
「人間って、けっこう弱ェんだな」(マシュラ)サーゴとクータルが旅の仲間に加わり、今まで寂しかった道中が一挙に賑やかになった。だが過酷すぎる旅は、あまり頑丈ではないヤクモを急激に消耗させてしまう。高熱を発し、ついにダウンしてしまったヤクモ。しかも静養のために立ち寄った町には、このエリアを支配する昆虫王ドッカクの手下、クモ型マトリクサーの金イーダーと銀イーダーが罠を張って待ち構えていた。
「仲間なんかいらねーや!!一人のほうがせいせいすらァ!!」(マシュラ)マシュラは戦いの中で金イーダーの命を奪ってしまった。その行いに激怒したヤクモは彼の頬を打ち、旅の仲間から追放してしまう。すべてヤクモのためにやったことなのに…やるせない想いを抱えながら、ひとり荒野をさまようマシュラ。一方のヤクモも、一時の感情に流されてマシュラを突き放したことを後悔していた。そんな彼女を、敵マトリクサーたちの容赦のない罠が追いつめてゆく。
「ヤクモもオレたちのこと、信じてないんだな」(マシュラ)ヤクモたちがマトリクサーから保護したキリという少女は、何と人間の女の子だった。ヤクモ以外にも人間が生きていたのだ。驚くマシュラたち。そんな彼らを、キリは怖がって追い払おうとする。彼女の両親はマトリクサーに殺されていた。センターに囚われている人々も、マトリクサーをひどく恐れているらしい。ようやく出逢えた人間と、信頼するマシュラたちマトリクサーの仲間との間で、板挟みになってしまったヤクモは…。
「ヤクモはあの頃と変わらんな」(ドッカク)エリアの支配者である昆虫王ドッカクが、ついに姿を現した。ヤクモと仲違いしていたマシュラたちも、彼女がドッカクに囚われたと知れば行動を起こさないわけにはいかない。大切な仲間を救い出すためには、ドッカクが七大将軍のひとりであっても敢然と戦いを挑むつもりだ。だが、闘志を燃え立たせるマシュラとは対照的に、サーゴとクータルが驚きの行動を取ろうとしていた。ドッカクに全面降伏しようと言い出したのだ!
「試してやろうじゃねえか、お前が俺たちの仲間にふさわしいかどうか」(マシュラ)マシュラたちは爬虫類のマトリクサーが住む大陸に足を踏み入れた。、爬虫王リュウマが支配し、これまでの昆虫系マトリクサーとは比べ物にならない強敵がいたる所に潜むエリアだ。新大陸でさっそく出逢ったのは、兄クータルの後を追ってきたレイ、セン、サンジュの三人だった。追い返そうとするクータルに対し、絶対について行くと譲らないサンジュたち。マシュラは三人に、仲間に加わるための条件を突きつける。
「お前もひとりぼっちなの?」(ヤクモ)ヤクモはボロボロになった人形を拾った。人形が川を流れてきたということは、上流に人間がいる可能性がある。そう考えた一同は、ヤクモの強い希望もあって川をさかのぼることに決めた。一同が上流で発見したのは、かつて人間が使っていたと思われる古びた学校だった。珍しがるマシュラたちに対し、ヤクモはかつての平和な時代に想いをはせていた。人間が消えて300年、あまりにも残酷な現実が彼女の心に重くのしかかる…。
「お前を倒してヤクモを助ける!」(マシュラ)爬虫王リュウマの手下・ギャザの攻撃を受け、ヤクモが石に変えられて強酸性の沼に沈められてしまった。このまま放っておけば、ヤクモはジワジワと溶かされてしまう。強酸性の沼に飛び込んで救い出すことなんて不可能。しかもギャザにはどんな攻撃も通用せず、マシュラたちは圧倒的に不利な立場におかれたまま長期戦を余儀なくされる。早く…早くヤクモを助けなければ!だが、焦れば焦るほど状況は過酷さを増し、マシュラたちを追いつめてゆく。
「間違いない、奴こそ伝説のマシュランボーだ!」(リュウマ)ヤクモは石に変えられ、頼みのサーゴとクータルもそばにいない…ただ一人残されたマシュラは、絶体絶命の窮地に追い込まれていた。だが、仲間たちのカードが奇跡を起こした。大切なヤクモを守るため、三つの力がひとつになり、伝説の超戦士マシュランボーが誕生する。圧倒的な強さを誇ったギャザさえも、マシュランボーの前では子供同然。しかし油断は禁物だ。爬虫王リュウマともあろう者が黙って引き下がるわけがない。
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