不動高校の文化祭が迫っていた。美雪が部長を務めるミステリー研究会も、部員たちが準備に大忙し。今回は部員たちが持ち寄った“ミステリーにまつわるお宝”を展示することになっていた。目玉は部員の京谷が持ってきた、『ホームズ全集』の初版本だ。ところがその本が、謎の人物からの挑戦状と共に盗まれてしまう!
はじめと美雪は友人の藍沢茜から、ホテルのオープニングパーティーに招待された。ホテルは絢爛豪華、景色は息を呑むほど美しく、パーティーの催しにはシャオロンの率いる上海雑伎団がショウを予定している。楽しいことばかりの旅行に思えた。だが、ある人物の企んだ恐るべき殺人計画が、密かに進行していたのだ。
テロリストの一団がレストランに現れ、ホテルを占拠してしまった。彼らの狙いは島の観光開発を阻止すること。そしてキングシーサーのもと、独立国家を建設することだった。突然の出来事に困惑するはじめたちに、テロリストは無慈悲にも銃口を向ける。大量殺戮の恐怖に追い詰められてゆく、はじめたちの運命は!?
テロリストに連れて行かれた藍沢由里絵が、死体となって発見された。指導者のキングシーサーが、ついに冷酷な本性を現したのだ。はじめたちは脱出作戦を目論むが、なかなかキングシーサーの目を逃れることができない。一同を襲う銃弾の雨。その頃、東京で捜査にあたる明智警視は、徐々に天才の本領を発揮し始める。
剣持の執念の捜査が、ついにテロリスト・太刀の身元を突き止めた。明智警視は手に入れた情報を武器に、キングシーサーたちを着実に追い詰めてゆく。はじめも、やられっぱなしでいるわけにはいかない。だが、行動を開始した彼の背後から凶器が振り下ろされる。倒れるはじめの運命は?テロリスト集団の驚くべき正体とは?
脱出作戦を敢行したはじめたちは、テロリストの目を盗んでエレベーターに乗り込んだ。しかし、到着してドアが開いた途端、催眠ガスが流れ込んできた。一同は次々と倒れ込んでゆく、事件の鍵を握るただ一人の人物を除いて。ついに明かされるキングシーサーの正体。すべての謎につながる秘密は、深く蒼い海に隠されている。
美雪がワゴン車にひき逃げされ、意識不明の重体に陥った。ナンバーから特定された車は写真スタジオ所有のもので、三人のカメラマンが利用者として考えられる。このうちの一人が美雪をひいて逃げた犯人なのだ。だが、三人全てがアリバイを主張。偽のアリバイを崩す証拠は、彼らが撮影した写真のフィルムに隠されている。
はじめたちは何者かに刺されて倒れている男を見つけた。「ヤマタノオロチ」という言葉を残して息絶えた男は、建設会社の取締役を務める朱雀という人物だった。彼は出雲にある八雲館という旅館に行くつもりだったらしい。八雲館の宿泊客にはある共通点があり…。奇妙な八角形の方位図は、いったい何を意味するのか?
突然の停電と共に、八雲館に悲鳴が響き渡った。はじめたちが駆けつけた現場には、なぜかヤマタノオロチの屏風が残されていた。そして突如として炎が上がる!新たな犠牲者が出たのは、オロチが古から伝わる死の舞を始めたからなのか?推理を巡らせるはじめは、精霊文書という古文書が鍵を握っていることを知る。
八雲館の近くの滝壺から、白骨化した遺体が発見された。遺留品に含まれていた眼鏡から、行方をくらましていた乾教授である可能性が高い。はじめたちは更にオロチの墓らしき場所を発見し、恐る恐る足を踏み入れてゆく。禁断の遺跡で何が起こるのか?ついに真相にたどり着いたはじめが、事件の謎を解き明かしてゆく。
八雲館の宿泊客に共通するのは、全員が“精霊の子孫”であるということ。一連の事件の犯人は、この中にいるのだ。はじめはタレント議員・青山龍子殺害の謎を解くが、真犯人を指し示すにはもう一つの重要な事実を明らかにする必要があった。ヤマタノオロチは死の舞を終え、黄泉の国の死者が伝説の裏に隠された闇を暴く!
明智警視はラスベガスで開かれているチェスの世界選手権に出場していた。彼は準々決勝に駒を進めるほどの強豪なのだ。友人の舟木も優勝候補で、心地良い緊張感の中で共に休暇を楽しんでいた。ところが舟木がベテランプレイヤー・ゴールドマンの不正をただそうとしたことから、恐ろしい事件が起きてしまう。
ラスベガスで行われているチェスの世界選手権。明智の友人で優勝候補の舟木が、同じ出場者であるゴールドマンという男に殺害された。ゴールドマンはアリバイトリックを用いて無実を装うが、明智を欺くことは不可能。自らも大会に出場していた彼は、準決勝でゴールドマンと戦いながら鮮やかに事件を解き明かしてゆく。
ある夏の日、美雪ははじめとプールに出かけた。楽しい一日になるはずだったが、高慢な医大生に絡まれたりと何だか雲行きが怪しい。そしてついに、恐ろしい事件が起こってしまった。死体を乗せたビーチマットが流れてきて、美雪が殺人犯の容疑者にされてしまったのだ。彼女の無実を証明するため、はじめの大活躍が始まる。
ミステリー作家の山ノ内恒聖が亡くなり、遺族や関係者たちが浮島の上に建つ別荘に集められた。山ノ内が生前に残した謎を解いた者だけが、莫大な遺産を相続することが出来るのだ。相続候補者の一人・宝田光二は、いつきを通じてはじめに協力を要請する。やって来たはじめを待ち受けていたのは、宿敵・地獄の傀儡師だった。
別荘内で殺人が発生。だが、外部との連絡が断たれているために逃げ出すことも助けを呼ぶことも出来ない。一同は不安におののきながら夜を迎える。そして朝が来ると、新たな殺人が行われていたことが判明。事件は連続殺人の様相を呈し始めたのだ。はじめは頭脳をフル回転させ、地獄の傀儡師は謀略の糸を張り巡らせる。
コンダクター(指揮者)と名乗る殺人者は、第三の犠牲者を毒牙にかけた。密室トリックを解けないはじめに対し、地獄の傀儡師こと高遠遙一は自分が先に犯人を見つけて処罰すると宣言する。犯罪のエキスパートとしてのプライドを傷付けられたのだ。高遠の挑戦を受けたはじめは、推理によって山ノ内の暗号を解読する。
どうしてもわからなかった密室トリックを、はじめはついに解き明かした。しかし悲鳴が響き渡ったかと思うと、第四の死体が出現。高遠は物証から犯人を指摘し、ナイフで刺し殺してしまう。はじめたちは高遠を塔のエリアに閉じ込め、解読した暗号から山ノ内の遺書を発見する。その内容は驚くべきものだった。
はじめが真犯人だと指摘したのは、あまりにも意外な人物だった。その人物は頑強に否定するが、はじめがひとつずつ謎を解き明かしてゆくと、ついに犯行を認めて動機を語り始める。そこには露西亜館にまつわる過去の悲劇が隠されていた。昔話を続けるコンダクターを、高遠が妖しく輝く目で見つめている…。
美術鑑定士・藤田時継のもとに怪盗紳士からの予告状が届いた。名画「朝日のあたる家」を、本物の朝日が三度昇るまでに盗み出すというのだ。美術雑誌の編集者や保険外交員など関係者が集まって厳重な警戒網を敷く中、何者かが屋敷に忍び込んで藤田を襲う。怪盗紳士の挑戦を受けて立つはじめは果たして…?
はじめと美雪とふみは、剣持に連れられてバカンスにやって来た。ホテルに着いたはじめは、近くにサーカスのテントが建っているのを見つける。ちょっと覗いてみた途端、どこからか悲鳴が聞こえた。荒らされた物置小屋、団員たちの確執…。「モンスター イズ バック」の不可解なメッセージが、事件の始まりを告げる。
ピエロのエドが惨殺された。犯人だという“モンスター”とは、練習中の事故で死んだ石川という男のこと。どうやらサーカスの団員は一人残らず、石川から復讐を受ける心当たりがあるらしい。全員が次の被害者になる可能性があるということだ。団員たちが不安と恐怖におののく中、はじめと剣持が捜査に乗り出すが…。
次の被害者はスペードのピエロことサムだった。はじめは殺害現場で正体不明の巨人を目撃するが、巨人は窓のない密室から忽然と消えてしまう。はじめと剣持が頭を悩ませていると、休暇中の明智警視から電話がかかってくる。明智から与えられたヒントをもとに、はじめは巨人の正体と密室のトリックを解き明かしてゆく。
はじめは焼かれた死体の上にあったドラム缶のトリック、そして密室の謎を解き明かし、現れた“モンスター”が架空の存在であることを証明してみせた。では誰が殺人を犯したのか?はじめは焼け残った紙切れに書かれた文字を読み解くことによって、その答えも既につかんでいた。ついに真犯人の正体が明かされる!
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