ギリシアにあるサンクチュアリで聖闘士になるための修行をしてきた星矢は、聖闘士の証ともいえる聖衣を手に入れるため、幼い頃より競い合ってきたカシオスと戦うことになった。しかし星矢は今までカシオスに勝てた試しがない。勝負は始まる前から決まっていたかに思えたが、星矢の身体には今までにない力がみなぎっていた!
日本へと戻ってきた星矢を待っていたのは、聖闘士同士を戦わせる銀河戦争(ギャラクシアン・ウォーズ)だった。一度は参加を拒否する星矢だったが、行方不明の姉・星華を捜し出すために出場することになる。そして戦いの日が来た。星矢の初戦の相手は、修行中に何万頭ものクマを葬ってきたベアー激だ。
銀河戦争が始まったというのに、いまだ姿を現さない二人の聖闘士がいた。そのうちの一人、キグナスの聖闘士・氷河は修行の地であるシベリアにいた。彼は星矢の戦いぶりを知ると、氷の海で眠るマーマに別れを告げ、己の力を確かめるべく銀河戦争への参戦を決める。そして初戦の相手・毒爪を持つヒドラ市に挑むが…。
星矢の二回戦の相手は、中国の五老蜂で修行を積んだドラゴン紫龍。果敢に攻める星矢だが、ドラゴンの左腕に装着された盾はダイアモンドを超える強度を誇り、容易に打ち破ることは出来ない。しかも右の拳は盾と同等の強度を誇っている。攻防に完璧なドラゴンに星矢は苦戦。しかし彼の脳裏に、起死回生の打開策がひらめいた!
星矢と紫龍は聖衣を脱ぎ捨て、決着をつけるべく激闘を繰り広げる。聖闘士の攻撃力は超人的だが、身体は普通の人間と同じ。必殺の一撃を受けることは死を意味する…。自分の力に絶対の自信がある紫龍は余裕の表情を崩さない。しかし星矢は、紫龍の必殺技・廬山昇龍覇の弱点が「龍の右拳」に隠されていることに気付いていた。
星矢と紫龍の死闘も終わり、アンドロメダ瞬とユニコーン邪武の戦いが始まっていた。無益な争いを望まぬ瞬だったが、戦いが避けられないと知ると、ネビュラチェーンで容赦なく邪武を叩きのめす。しかしネビュラチェーンが、突如として謎めいた警告の文字を形作って瞬に示す。「AXIA」…その言葉が意味するものとは?
ネビュラチェーンが警告したのは、デスクィーン島から帰ってきたフェニックスの聖闘士・一輝の出現だった。一輝は他ならぬ瞬の兄。弟思いだったはずの彼が、まるで人が変わったように攻撃的小宇宙で瞬に襲いかかってくる。静止に入った邪武や対戦相手の那智までも倒してしまった彼の目的とは、一体何なのか?
一輝は自らの影とも言うべき暗黒フェニックスたちに命を下し、黄金聖衣を奪取。悠々とグラードコロッセオを後にする。星矢たちは戦いの傷も癒えぬまま、奪われた黄金聖衣を取り戻すために一輝の後を追う。その一輝は黄金聖衣を装着して強大な力を得ることで、ある復讐を遂げようと画策していた。
星矢たちは黄金聖衣の4つのパーツを奪い返したものの、残る5つのパーツは依然として一輝のもとにある。一輝の変貌ぶりに心を痛める瞬は、いつしか二人の想い出の場所である大樹のもとへと足を向けていた。そこに暗黒聖闘士が現れ、瞬に襲いかかってくる。彼こそ一輝配下の暗黒四天王の一人、暗黒スワンだった!
破壊されたペガサスとドラゴンの聖衣を修復するため、紫龍は世界でただ一人聖衣を修復できる人物・ムウの住むジャミールへと向かった。だがそこは聖衣の墓場と呼ばれる恐ろしい場所で、たどり着いた紫龍の前に、聖闘士の亡霊たちが立ちはだかる。紫龍は亡霊たちを倒し、ムウのもとに辿り着くことが出来るのか?
星矢たちは黄金聖衣のパーツを賭け、暗黒聖闘士と決戦を繰り広げることになった。一輝が戦いの場に指定した殺生谷に到着するが、紫龍の姿はない。落胆する星矢の前に、紫龍の魂に導かれるようにペガサスの聖衣だけが現われる。聖衣を運んできた貴鬼によると、修復には紫龍の命が必要だったらしい…。
暗黒スワンを倒した氷河は、決着をつけるべく一輝のもとへと向かう。しかし聖闘士には同じ技は二度と通用しない。氷河はダイヤモンドダストを弾き返され、逆に一輝の幻魔拳を食らってしまう。精神を破壊された氷河は、怒りの力で必殺のオーロラサンダーアタックを繰り出すが、それでさえ一輝には通用しなかった…。
ようやく戻ってきた紫龍だったが、聖衣の修復に己の血を大量に流していたため、かすり傷からの出血でも死に至るほど弱っていた。相対する暗黒ドラゴンは、指先一つで紫龍を吹っ飛ばすほどの強者。紫龍はこの強敵を倒すため、弱っている時に使えば全身から血が噴き出すことを承知で、廬山昇龍覇を放った!
紫龍と瞬はようやく一輝のもとにたどり着き、死の淵からよみがえった星矢と氷河も戦線に復帰。しかし一輝は、四対一の絶対的に不利な状況に陥ったにも関わらず、余裕の表情を崩さない。幻魔拳を氷河にはね返されながらも、必殺の鳳翼天翔で四人を一掃。星矢だけが黄金聖衣に守られ、一輝に最後の決戦を挑む。
星矢は友情の小宇宙に守られ、ついに一輝を打ち破った。一輝は敗北を認め、自分が変貌した理由を語る。デスクィーン島での生き地獄のような日々、最愛の人エスメラルダの死、そして自らの手で師匠を殺してしまったこと……暗く悲劇的な過去を語る一輝。そこに謎の武装集団が、黄金聖衣を奪うために現れた。
突如として現れたドクラテスに、黄金聖衣は頭部を残して持ち去られてしまった。一輝までも失って戻ってきた傷心の星矢たちを、沙織は暖かく城戸邸に迎え入れる。一方、サクンクチュアリでは温厚だった教皇が崩御し、野心家である弟のアーレスが後を継いでいた。そのアーレスこそ、黄金聖衣を狙う張本人だった!
ドクラテスが城戸邸を襲撃、沙織と辰巳がさらわれてしまった。ドクラテスは二人の命と引き換えに、黄金聖衣の頭部を渡すよう星矢たちを脅迫する。星矢は万が一のことを考えて、瞬と二人だけで指定されたグラードコロッセオに向かう。そして人質交換が行われるが、ドクラテスは予想通り卑怯な手段に出る。
サンクチュアリの参謀長ギガースは幽霊(ゴースト)聖闘士のガイストに、刑の軽減と引き換えに、黄金聖衣の奪取を命じた。ガイストは前教皇に終生遠島の刑にあったシャイナの妹分である。ガイストは手下の幽霊聖闘士三羽ガラスに命じ、グラード財団のタンカーをシージャック。乗員の命と引き換えに黄金聖衣を要求してくる。
星矢たちは幽霊聖闘士三羽ガラスを追いつめるが、ガイストの放ったファントム幻惑拳によって、黄金聖衣の頭部を持ち去られてしまう。落ち込む星矢たちに、沙織は幽霊聖闘士のアジトが魔界島にあることを伝える。汚名返上を期して魔界島に乗り込んだ星矢たちを、幽霊聖闘士の仕掛けた巧妙極まりない罠が待ち受ける!
沙織は次々に起こる不穏な動きを警戒し、瞬に守られて山奥の山荘へと身を隠すことになった。星矢、紫龍、氷河は、各々の師匠に現在の情勢について尋ねるべく修行地へと旅立つ。しかし魔鈴を訪ねてサンクチュアリに戻った星矢を待っていたのは、屈辱を晴らすために聖衣を着て戦いを挑もうとするシャイナだった。
シベリアに戻った氷河を迎えたのは、まるで人の変わってしまった師匠・水晶(クリスタル)聖闘士だった。水晶聖闘士は、氷河を抹殺して黄金聖衣の頭部を手に入れると宣言。悪鬼の表情で襲いかかってくる。氷河は驚きのあまり、逃げ惑うことしか出来ない。水晶聖闘士の身に、いったい何が起こったのか?
度重なる失敗で後がなくなったギガースは、星矢たちが留守で手薄になった日本へとやって来た。部下の炎熱聖闘士を使い城戸邸に火を放ったギガースは、心配して戻ってきた辰巳を拉致すると、沙織たちの隠れている場所を突き止める。沙織と黄金聖衣の頭部は、瞬が一人で守り切らねばならない…。
炎の中から復活を果たした一輝が、星矢たちの仲間として合流した。各々が持ち帰った情報によって、立ち向かうべき敵はサンクチュアリを悪の力で支配する新教皇アーレスと判明。星矢たちの意気は上がる。しかし新たに参謀長に就任したパエトンが、魔鈴ら白銀聖闘士に青銅聖闘士を抹殺するように命令を下す。
星矢の前に現れた白銀聖闘士・蜥蜴星座(リザド)のミスティ。実力は星矢をはるかに上回り、ペガサス流星拳も全く通用しない。ミスティの必殺技マーブルトリパーをまともに食らった星矢だが、不屈の闘志で立ち上がり、あきらめずに立ち向かってゆく。そしてついに、ミスティ攻略の突破口が見えた!
白銀聖闘士から死の制裁を受けることになった魔鈴。救出すべく駆けつけた星矢は、彼女こそ探し続けていた姉だと知らされ、驚きを隠せない。それでも強敵モーゼスを撃退するが、相手の心を読むことができるアステリオンに敗北を喫してしまう。ピンチを救うべく現れたのは、貴鬼に助けられて戦線に復帰した魔鈴だった。
グラードコロッセオに集まった星矢たちを一網打尽にすべく、白銀聖闘士のバベルが襲いかかってきた。バベルの操る紅蓮の炎に、星矢たちは苦戦を強いられる。そこに、見たこともない聖衣をまとった3人組が現われた。鋼鉄(スチール)聖闘士と名乗る3人組は、突然バベルに襲いかかる!
サンクチュアリへ偵察に向かうことになった星矢、瞬、紫龍。ところが、乗っていた飛行機が操縦不能に陥り、墜落してしまう。星矢への復讐に燃えるシャイナが、連れていたスパルタンに命じて念動力を使わせたのだ。シャイナとスパルタンにペルセウス座のアルゴルを加え、不時着した地中海の孤島を舞台に戦いが始まる。
アルゴルの持つメドゥサの盾で、星矢と瞬が石に変えられてしまった!残された紫龍はアルゴルを倒して2人を元に戻そうとするが、メドゥサの盾から目をそらしている必要があるため防戦一方。しかも盾は直接見ない人間にも効果を及ぼす力を秘めており、紫龍は肝心のドラゴンの盾がある左腕を石に変えられてしまう。
戦いには勝利したものの、紫龍の眼は医者からも絶望的と宣告されるほどの傷を負っていた。治療のために五老蜂へと帰る紫龍。見送る星矢たちの心には、やり場のない苛立ちだけが残る。さらに一輝が別行動を取ると宣言、沙織のもとを離れてしまう。次々に聖闘士が去ったことで、沙織はアテナとしての自信を失ってしまい…。
沙織を誘拐したのは、白銀聖闘士・烏座(クロウ)のジャミアンの操るカラスたちだった。後を追った星矢は、沙織の救出には成功するものの、骨折して右腕が使いものにならなくなってしまう。背後は切り立った崖、両側にはジャミアンとシャイナが迫る。意を決した星矢は、死中に活を見出すべく目の前の絶壁からダイブする!
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