瞬と氷河が駆けつけてジャミアンを撃退したものの、新たな白銀聖闘士・地獄の番犬座(ケルベロス)のダンテと、御者座(アウリガ)のカペラが沙織を狙って現れた。攻撃を受けた瞬と氷河は、断崖絶壁に突き落とされてしまう。残された沙織の危機を救うべくやって来たのは、それまで単独行動を取っていた一輝だった!
一輝はふたたび単独行動をとり、デスクィーン島に戻ってきた。忌まわしい思い出しか残されていないデスクィーン島に戻ってきたのは、新たに暗黒聖闘士の首領になったジャンゴから挑戦状を受けたからだ。たった一人で暗黒聖闘士の残党と戦う一輝に、アーレスが恐るべき罠をしかける。
紫龍は五老蜂に戻って眼の治療を続けていたが、春麗の懸命な看病もむなしく、一向に回復する兆しを見せなかった。光なきドラゴンの前に現れたのは、かつての同門・王虎だった。力のみを追い求める姿勢を改めようとせず、老師から破門を言い渡されていたが、紫龍と決着をつけるために帰ってきたのだ。
紫龍は失明によるショックから、完全に闘志を失っていた。抜け殻のような男との決着を潔しとせず、王虎は戦いを先に延ばす。しかし時は来た。紫龍は己の戦う意味さえ見出せず、王虎との命を賭けた決戦に臨む。聖闘士とのあるべき姿を取り戻し、牙を剥く宿敵に打ち勝つことが出来るのか…?
星矢は紫龍の眼を直す手がかりを求め、ジャミールのムウを訪ねる。ムウは姿を消していたが、貴鬼から万病に効くという命の水がこの地に伝わっていることを聞く。その頃、日本では黄金聖衣の頭部が消え失せ、大騒動になっていた。しかもサンクチュアリにある黄金聖衣まで姿を消していた!
行方不明になった黄金聖衣はいまだ見つからない。そこでアーレスは、まず邪魔な星矢たち青銅聖闘士を抹殺しようと、黄金聖闘士・蠍座(スコーピオン)のミロをサンクチュアリに呼び寄せる。一方、星矢の前には、彼の命を狙うシャイナがまたしても姿を現す。シャイナは星矢本人さえ忘れていた、因縁の過去を語り始める…。
シャイナの拳をかわし続ける星矢は、強大な小宇宙が突如として迫ってくるのを感じる。それは黄金聖闘士・獅子座(レオ)のアイオリアのものだった。アーレスの勅命を受け、青銅聖闘士を抹殺しに来たと言うアイオリア。手も足も出ない星矢をかばって自ら盾となったのは、他ならぬシャイナだった。
消えたはずの射手座の黄金聖衣が、星矢の危機に姿を現す。黄金聖衣は星矢の体を包み、凄まじい威力で三人の白銀聖闘士を一瞬の内に葬り去る。聖衣の上では対等になったものの、星矢とアイオリアには歴然たる実力差が存在している。ふたたび彼が危機に陥ると、雄大な小宇宙をまとった沙織が姿を現した!
黄金聖闘士アイオリアの襲撃によって、星矢たちは、ついに教皇アーレスが本気で戦いを挑んできたことを知った。その頃、治療のために五老峰を訪れていた紫龍は、老師から黄金聖闘士の存在を聞く。愕然とする彼の前に、アーレスの勅命に従って老師を抹殺するため、蟹座キャンサーの黄金聖闘士デスマスクが現れる!
激しさを増す教皇アーレスとの戦い。見かねた沙織は、直接サンクチュアリに乗りこんで決着をつけることにした。激戦を前に、最後の休息を楽しむ星矢たち。そして決戦の日、旅立ちの時を迎えた瞬の前に、共に修行の日々を送ったカメレオン座のジュネが現れる。ジュネは瞬に、驚くべき事実を告げる!
アンドロメダの宿命に従って、瞬をサンクチュアリへの生け贄に捧げるべく、レダとスピカが戦いを挑んできた。宿命は己で切り開くものと、一輝から教わった瞬は、絶体絶命の危機を何とか一人で切り抜ける。その頃サンクチュアリでは、沙織から真実を聞いたアイオリアが、教皇アーレスに対して戦いを挑んでいた。
矢座のトレミーの放った黄金の矢が、沙織の胸に突き刺さった。このままでは矢が心臓にまで達してしまう…沙織の命を救うには、12時間以内に十二宮を突破して、教皇の間にいるアーレスを連れてくるしかない。星矢たちは、最初の宮である白羊宮へと急ぐ。だが、そこに待っていたのは驚くべき人物だった!
星矢たちの傷ついた青銅聖衣は、ムウによって完全に修復された。さらにムウは、小宇宙の神髄が、人間の第六感を超えた第七感・セブンセンシズにあることを教える。気持ちも新たに、第二の宮である金牛宮へ向かった星矢たち。彼らを待っていたのは、牡牛座タウラスの黄金聖闘士アルデバランだった。
黄金聖闘士アルデバランとの激戦のさなか、星矢は傷つきながらも、ついに究極の小宇宙であるセブンセンシズに目覚めた。黄金の角を折られ、潔く自らの敗北を認めたアルデバランは、星矢たち青銅聖闘士を次へと進ませることを許す。しかし、次なる双児宮には、得体の知れない怪しい小宇宙が立ち込めていた…。
双児宮に突入したものの、星矢たちは迷宮に入ったように道を見失って、抜け出せずにいた。そこで二手に分かれるたところ、瞬と氷河の前に双子座ジェミニの黄金聖闘士が現れる。果敢に戦いを挑む氷河の攻撃は、なぜかすべてはね返されてしまう。一方、別の道を進む星矢と紫龍の前にも、双子座の黄金聖闘士が現れていた!
ジェミニの必殺技・アナザーディメンジョンによって、氷河は異次元の彼方に吹き飛ばされてしまった。瞬も危ういところだったが、危機を知った一輝によって、間一髪のところで救われる。双児宮の迷宮も消えたが、異次元に囚われたままの氷河を見捨てるわけにはいかない。瞬は危険を承知で、あえてジェミニに戦いを挑む!
セブンセンシズに目覚めた瞬の一撃が、双子座の黄金聖闘士は退けた。異次元に飛ばされていた氷河も、無事に十二宮へと戻ることに成功する。だが、彼の前に、水瓶座アクエリアスの黄金聖闘士・カミュが現れた。このカミュこそ、氷河の師である水晶聖闘士を育てた男だった。カミュはなぜか、氷河に戦いを挑んでくる。
第四の宮である巨蟹宮へと突入した星矢と紫龍は、苦悶の表情を浮かべる人の顔が、床や壁一面に並んでいるのを見て驚く。巨蟹宮の守護者・デスマスクに命を奪われ、いまだ成仏できずにいる人々の顔だ。正義を守るはずの聖闘士にあるまじき行為に、紫龍は怒り心頭。星矢を先に行かせ、単身デスマスクに立ち向かう!
デスマスクの必殺技・積尸気冥界波を受けた紫龍は、生きながらにして死の国である積尸気へと送り込まれてしまう。しかし、無事を祈り続ける春麗の献身的な祈りが、紫龍に絶えず活力を与え続けていた。そのことに気づいたデスマスクは、積尸気にやって来ると、自らの手で紫龍を冥界の穴へと叩き落とそうとするが…。
デスマスクは念動波で、中国にいる春麗を滝つぼに突き落としてしまう。情け容赦のない悪行に、紫龍の怒りは頂点に達した。逆襲に転じる紫龍だったが、黄金聖衣をまとったデスマスクには、大きなダメージが与えられない。勝ち誇るデスマスク。ところが、予想だにしなかった事態が発生し…。
第5の宮・獅子宮にたどり着いた星矢。彼を待っていたのは、沙織を認めて忠誠を誓ったアイオリアだった。しかしアイオリアは、人が変わったような態度で、星矢に容赦のない攻撃をしかけてくる。一方、星矢たちがサンクチュアリに向かったことを聞いた魔鈴は、急遽十二宮を目指す。
魔鈴の小宇宙を受け取った星矢は、アイオリアの光速拳を見切り、ようやく一撃を入れることに成功。だが、立ち上がってきたアイオリアは、まるで悪鬼のような表情で、情け容赦なく星矢をなぶり始める。日本からサンクチュアリに戻った後、アイオリアの身に何が起きたというのか…?
伝説の魔拳・幻朧魔皇拳によって、アイオリアはアーレスに、頭脳を支配されていた。正気を取り戻すためには、目の前で人がひとり死ななければならないことを、星矢は知るよしもない。その頃、獅子宮にたどり着いた紫龍と瞬の前には、かつて星矢とペガサスの聖衣の持ち主の座を争ったカシオスが現れ…。
カシオスの尊い犠牲によって、アイオリアは自らの意志を取り戻すことに成功。先を急ごうとする星矢たちに、次なる処女宮の守護者・乙女座バルゴのシャカこそ、「もっとも神に近い男」と言われるほどの実力者だと教える。一方、カノン島で翼を休めていた一輝の命を狙って、サンクチュアリから刺客が送り込まれる。
一輝に襲いかかったのは、シャカの高弟・孔雀座パーヴォのシヴァと、蓮座ロータスのアゴラ。苦戦する一輝は本来の力ではなく、何者かによって動きを封じられている。「もっとも神に近い男」とうたわれる、シャカの実力は想像を超えていた。沙織の小宇宙さえ遮断するほどの力を持っていたのだ!
処女宮に突入した星矢と紫龍と瞬は、アイオリアの忠告に従い、シャカの目が開く前に戦いを終わらせようと積極的に攻撃をしかける。だが、計り知れない力を持つシャカの前に、三人はあっけなく敗北を喫してしまう。止めを刺そうとするシャカ。その時、完全復活を果たして戦線に復帰した一輝が現れた。
シャカの六道輪廻によって、意識を失ったかに見えた一輝だったが、起死回生の幻魔拳を放つことに成功する。だが、それすらもシャカには通用せず、自分自身が幻の世界におちて幼い日の己の姿を見てしまう。圧倒的な実力差の前になすすべもない一輝をあざ笑うかのように、シャカは不死身の鳳凰座の聖衣を粉砕してしまう!
ついにシャカが目を開き、秘めたる本領を発揮し始めた。驚異的な力の前に、一輝は五感をすべて失ってしまう。身動きできなくなった一輝にシャカは止めを刺そうとするが、そこへ意識を取り戻した瞬が戦いを挑んできた。だが、その瞬を制止する声が響いてくる。それは五感を失ってもなお、戦うことをあきらめない一輝の心の声だった!
一輝の尊い犠牲によって、星矢たちはシャカの守護する処女宮を通り抜けた。次なる宮は天秤宮。他ならぬ老師が守護する宮だけに、すぐに通り抜けられるはず…ところが、そこには氷づけにされた氷河が待っていた。愕然とする星矢たちだが、氷河の命の灯は微かに燃え続け、まだ消えてはいなかった。
氷河は仲間たちによって氷の棺から救出されたが、カミュの冷気によって著しく体力が減少していた。星矢と紫龍は、氷河が体力を回復するまでの間の保護を、瞬に任せて次なる宮へ向かう。天蠍宮に到着した二人は、嫌な予感に襲われて天秤宮に戻ろうとするが、黄金聖闘士・蠍座スコーピオンのミロが行く手を阻まれる。
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