一足先にワルハラ宮殿へと到着した瞬を待っていたのは、日本でも戦ったことのある神闘士のシドだった。シドとの激闘が始まったところに、星矢と氷河が駆けつけるが、瞬はこの場は自分に任せて先に進むように言う。一方、倒れていた魔鈴を介抱したシャイナは、シドの身に恐るべき影が存在することを聞いていた!
シドの凍気によって、アンドロメダの鎖は力を失ってしまった。余裕のシドは、必殺の一撃を瞬に放つ。意識を失ってゆく瞬に、遠く離れている一輝が語りかける。その言葉が、失われかけていた瞬の闘志に火を点けた。瞬は聖衣を脱ぎ捨てると、2度と使わないと決めていた生身の拳でシドに挑む!
苦戦の末、ようやくシドを倒した瞬を新たな危機が襲った。シドの影である神闘士・ゼータ星アルコルのバドだ。シャイナによってバドの放った不意の一撃から救われるが、シドとの死闘で受けたダメージは大きく、瞬は力尽きてしまう。その時、一輝がまたしても不死鳥のごとくよみがえり、駆けつけてきた。
バドは弟のシドに代わって正式な神闘士になるという野望を燃やし、そのために必要なオーディーン・サファイアを欲していた。執念の攻撃の前に、苦戦を強いられる一輝。だが、真実の兄弟の絆を信じる一輝の放った幻魔拳が、ついにバドに炸裂する。そして、自分自身でさえ気付かずにいた想いを知ったバドは…。
兄弟のきずなを取り戻し、バドは静かに戦いの場から消えていった。これで残る神闘士は、アルファ星ドゥベのジークフリートを残すのみ。だが、北欧神話最強の勇者と言われるジークフリートの実力はケタ違いで、圧倒的な力をもって星矢と一輝を倒してしまう。ヒルダの身代わりとなっていた沙織にも、限界が近付いていて…。
最強の神闘士ジークフリートの前に、次々に倒れてゆく青銅聖闘士たち。危機を知った紫龍が残された小宇宙を燃やして駆けつけるが、彼の拳もことごとくジークフリートに弾き返されてしまう。伝えられる神話と同じ不死身の肉体を持つジークフリートに屈するかに見えたその時、紫龍の耳に老師の声が聞こえてくる。
紫龍の捨て身の行動によって、星矢はジークフリートの弱点を知ることができた。最後の希望である星矢に、残る小宇宙のすべて託す青銅聖闘士と沙織。彼らの姿を見て、自分たちの正義に迷いを覚えたジークフリートは、ヒルダの命令を無視して、あえて星矢との真っ向勝負に応じる。その勝負を冷ややかに見つめる男もいて…。
争いの元凶は、海皇ポセイドンだった。真実を知ったジークフリートは、自らのオーディーン・サファイアを星矢に託し、海将軍セイレーンのソレントを道連れに散る。こうして星矢は苦難の末、7つのオーディーン・サファイアを手に入れたが、巨大なオーディーン像には何も変化はなく、ただ静かに立ちつくすのみだった…。
星矢は伝説のオーディーンローブを装着。かつて神話の時代に、オーディーン自らがまとったと言われるものだ。邪悪を断ち切ることができるというバルムングの剣で、ヒルダの心をニーベルンゲン・リングの魔力から解放した星矢。だが、時はすでに切迫しており、力尽きた沙織をあざ笑うかの如く崩壊は始まっていた。
大津波に呑まれて行方知れずになった沙織。星矢たちが必死に探している頃、彼女は海底深くにある、ポセイドン神殿の一室で目を覚ましていた。目の前に現れた海皇ポセイドンを見て、沙織は驚愕する。海皇の正体は、かつて自分に求婚してきた男、地中海の海商王であるジュリアン・ソロだったのだ!
星矢と瞬は、アスガルドの禁断の地からポセイドン神殿へ乗り込む。二人を待ち受けていたのは、海闘士マーメイドのテティスと海将軍シードラゴンだった。一方、地上ではポセイドンが、大雨によって大洪水を起こそうとしていた。沙織はポセイドンの野望を阻止するため、大地に代わって大雨を受けることになるが…。
沙織が閉じ込められているメインブレドウィナを破壊するには、周囲に立つ7本の巨大柱を破壊する必要がある。そのためには、柱を守護する海将軍を倒さねばならない。手分けをして、それぞれ柱に向かう星矢と瞬。北太平洋の柱に向かった星矢は、守護者である海将軍・シーホースのバイアンと戦闘を開始する!
南太平洋の柱へ向かう瞬は、魔獣の影に襲われる。守護者である海将軍・スキュラのイオが攻撃をしかけてきたのだ。一方、バイアンを倒した星矢は北太平洋の柱を砕こうとするが、渾身の必殺拳でさえヒビひとつ入れることができない。一か八かの特攻を考える星矢の前に現れたのは、天秤座の黄金聖衣を持った貴鬼だった。
6種類の獣の特性を持つイオの聖獣拳の前に、追いつめられたかに見えた瞬。だが、それぞれの獣に対応した星雲鎖のバリエーションによって、次々に獣の鱗衣を粉砕してゆく。その頃、ポセイドンは、メインブレドウィナに入った沙織に向かい、自らがポセイドンとしての宿命に目覚めた時のことを語り始めていた。
小宇宙を最大限にまで高めた瞬の聖衣が、黄金に輝き始める。黄金聖闘士の血によって復活した青銅聖衣が、真の力を発揮し始めたのだ。一方、インド洋の柱に向かった紫龍を待ち構えていたのは、黄金の槍を持つ海将軍・クリュサオルのクリシュナだった。紫龍は、黄金の槍をドラゴンの盾で防ごうとするが…。
シュラから託されたエクスカリバーによって、紫龍は形勢を逆転させる。だが、黄金の槍を失ったことが、かえってクリシュナに真の実力を発揮させ始める。小宇宙の壁とも言うべき結界を前に、一歩も前に進むことが出来ない紫龍。南氷洋の柱に向かった氷河の前には、十二宮の戦いで死んだはずのカミュが現れ…。
南氷洋の柱にやって来た瞬は、何者かの手によって倒された星矢と氷河を発見する。柱の守護者である海将軍・リュムナデスのカーサの仕業だった。カーサには相手の大事な人間そっくりに変身できる特殊能力があり、その力を使って星矢たちを倒したのだ。卑劣な手段に怒る瞬の前で、カーサは一輝に変身する!
カーサは一輝の手によって倒された。意識を取り戻した氷河は、己の甘さを恥じ、誓いを新たにして北氷洋の柱に向かう。そこに待っていたのは、かつて水晶聖闘士のもとで共に修行したアイザックだった。困惑する氷河に、アイザックは自分がポセイドン配下の海将軍・クラーケンになったことを宣言する。
氷河はアイザックに抵抗することなく、必殺拳を受けて倒されてしまう。そこへ天秤座の黄金聖衣を運んでいた貴鬼がやって来る。子供である貴鬼に対しても、アイザックは容赦なく拳をふるう。貴鬼は聖衣を守るため、必死で抵抗。その姿を見た氷河は、自分の間違いに気づき、再び小宇宙を燃やし始める。
見事に北氷洋の柱を倒した氷河は、アイザックから戦いの裏にいる男の名を聞くが、伝えることなく力尽きてしまう。直接ポセイドンを倒そうと急ぐ一輝の前には、シードラゴンが出現。一輝は、強大な小宇宙を以前にも感じたような感覚に襲われる。シードラゴンはマスクを外し、驚愕の素顔をあらわにする!
沙織を救出するため、星矢はメインブレドウィナのある神殿へと乗り込む。そしてついに、ポセイドンと対峙した星矢。敢然と攻撃を仕掛けるが、神であるポセイドンは、ことごとく弾き返してしまう。それでも闘志を失わない星矢だったが、ポセイドンは限りなく黄金に近づいた青銅聖衣さえ、簡単に破壊してしまう。
瞬がソレントを倒し、南大西洋の柱を破壊。星矢も射手座の黄金聖衣をその身にまとい、再びポセイドンに立ち向かってゆく。カノンは野望の崩壊が迫るのを感じるが、強大な小宇宙に釘付けにされるように、自らが守護する北大西洋の柱から動けずにいる。彼の感じた小宇宙の正体は、異次元に飛ばされたはずの一輝だった!
黄金聖衣をまとった星矢の攻撃でさえ、ポセイドンはことごとくはね返してしまう。傷つきながらも立ち上がった星矢は、今度は射手座の黄金の弓矢でポセイドンを貫こうとする。だが、それもポセイドンには通用しない…あきらめようとしない星矢を、シャイナが、紫龍が、盾となって守り抜く!
星矢に続いて、紫龍と氷河も黄金聖衣をまとう。彼らの攻撃の前に、さすがのポセイドンもついに倒れる。星矢たちは、沙織を救出しようとメインブレドウィナに攻撃を仕掛けるが、天秤座の武器をもってさえヒビひとつ入れることが出来ない。その頃、一輝はポセイドンを封じる方法を聞くためにカノンと戦っていた!
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