時は、人類が月へと住処を移した未来...。月面コロニーでは、あるゲームが大流行していた。その名は『逃走中』。限られたエリアの中に解き放たれた逃走者たちが、制限時間のカウントがゼロになるまで、追跡アンドロイド“ハンター”から逃げ切れば、高額賞金を得られるというエンターテインメントサバイバルゲームだ。ある者は一攫千金を夢見て、またある者は自分の力を試すために、『逃走中』に挑む。
主人公の少年・新海ハル（中１）は、選ばれし人間だけが扱える“アプリドライヴ“を手に入れ、検索アプリのモンスター・ガッチモンと出会う。ガッチモンによると、スマホの奥に広がるインターネットの海で、 今“凶悪なるラスボス人工知能・リヴァイアサン“がとんでもないことを企んでいるらしい。 日々、友達に比べて自分はどこか脇役っぽいと感じていたハルは、その騒動を巡って、初めて大きな一歩を踏み出す。「なるんだ！ボクがホントの主人公に！」その決意のもと、ガッチモンとペアリングし、バディーとなったハルは、“アプモンチップ“となって現実世界に出てきたガッチモンを、“アプリドライヴ“によって実体化=“アプリアライズ“させて、敵のアプモンに立ち向かう！他のアプモンの力を借りる“アプリンク“。そして、新たなアプモンに進化する“アプ合体“を駆使し、ハルは騒動を起こすアプモンとアツく戦い、ネットの海に潜む人口知能について知っていく。すべての鍵を握るのは優しさ。仲間とともに現実と向き合い、自分の人生の選択をしていく新感覚バディストーリー。
はるか昔に栄華を誇っていた古代文明アトランティスは、悪魔の力によって崩壊。伝説王と月の女王によって封印された悪魔は、ふたりの子孫が出会ったとき、再び現れるという呪いの言葉を残した…。そして現在、魔法学校にむりやり閉じ込められていた少年ガリバーは、胸騒ぎの導くまま故郷のベニスへ向かう。そのベニスには、悪名高いイスパニアの皇帝ジュドーが軍勢を率いて攻め込もうとしていた。ガリバーの父親であるパパ・トスカーニは話し合いで解決しようとするが、非道にもジュドーの手によって惨殺されてしまう。父の仇であるジュドーに戦いを挑む決意をするガリバー。そのガリバーと一緒に冒険するのは、幼なじみで天才科学使いのエジソン、ジュドーに狙われていた謎の少女ミスティ、ガリバーに一目惚れした妖精のフィービー。空想科学世界を舞台に、波瀾万丈の日々が幕を開ける！
小学５年生の神原拓也は、弟の誕生日の日に携帯へ“未来を決めるゲーム”という謎のメールを受け取る。直感的にそのメールに何かを感じた拓也は指示通り駅に向かった。その途中、同じメールを受け取った謎の少年と共に、拓也は地下にある謎の電車へと乗り込む。電車の中には卓也のほかに、織本泉、柴山純平、氷見友樹という３人の子供たちも乗っていた。やがて電車は異世界であるデジタルワールドへと到着する。電車の正体はトレイルモンというデジモンだったのだ。到着した場所で眠っていた火のスピリットに選ばれた拓也は、火の闘士・アグニモンへと“スピリットエボリューション”する。デジモンへと進化する能力を手に入れ、伝説の十闘士の一人となった拓也。こうして泉、純平、友樹に加えて、そこで出会ったボコモンとネーモン、そして謎の少年・源輝二と共に、デジタルワールドを旅する冒険が始まる。
どこにでもいるごく普通のデジモン大好き少年だったタカト。そんなタカトが見つけた青いカードは、カードリーダーを本物のデジヴァイスに変える不思議な力を秘めていた。画面に映るデジモンのタマゴ・デジタマをドキドキしながら見守るタカト。しかし次の日の朝、タカトが見たものはすでに割れてしまった空っぽのデジタマだった。それでもデジモンの誕生を信じ、生まれたはずのデジモンを自分から探しに行くタカト。そしてタカトは、空から降りてきた光の下で夢見ていた本物のデジモンに出会う！タカトの想像したとおりの姿で生まれてきたタカトだけのデジモン『ギルモン』に。「僕が、僕が考えたんだよ、君は……」ギルモンと出会えたことに素直な喜びを感じ、失敗したり落ち込んだりしながらも一生懸命ギルモンの世話を続けるタカト。好奇心いっぱいの行動でときにはまわりを驚かせながらも、無邪気にタカトを慕うギルモン。そんな２人の二人三脚の冒険は今やっと始まったばかり。はたしてこれから２人をどんな事件が待ちうけているのだろうか……！？
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
サマーキャンプにいた７人は何も知らずにいた。それが誰も知らない世界への冒険のはじまりになることを……。洪水。干ばつ。真夏にふる雪……。世界中がおかしかったその年の夏。サマーキャンプに来ていた太一たち７人の少年少女は、日本では見えるはずのないオーロラから飛来した謎の機械の力によって異世界デジタルワールドに吸い込まれてしまう。謎と危険に満ちたその世界で彼らを待っていたのは、なぜか太一たちの名前を知る奇妙な生物、デジタルモンスターだった。世界を狂わせる黒い歯車。次々と襲いかかる強大な敵。戦いの中で進化するデジモンたちの火花散る熱いバトル!! はたして太一たち７人の少年少女は無事に元の世界に帰ることが出来るのだろうか？そしてデジタルワールドに隠された大いなる秘密とは……!?
