砂漠の真ん中に立ち、崩壊したバベルの塔を見ている浩一。そんな同じ夢を見続ける中、日常にも浩一に異変が…。超能力、バベルの塔、バビロンタワービル、そしてヨミ。壮大な物語が今幕を開ける！
エッチャンこと猿飛エツコが、三つ葉小学校に転校してきた。見かけは普通の女の子なのに、人並みはずれた運動能力の持ち主で、そのうえ動物たちとも話しができるという変った子。本人の話では、猿飛佐助３３代目の子孫らしい。飼い犬プクも、イヌのクセに人間の言葉をしゃべる、自称天才犬というおまけつきだ。エッちゃんは転校初日から学校の人気者になるものの、いかんせん住む家がない。勝手にミコちゃんの部屋で一夜を明かしていたところを追い出されてしまうが、またたく間に火事を消した縁で、居候させてもらえることになった。小さなスーパーガール・エッちゃんの、パワフルで爽快な大活躍が始まる！
銀河系に突如としてスペースモンスターが現れ、平和な星を襲っては侵略と破壊の限りを尽くしていた。モンスターの魔の手はついに太陽系にまで及んでくる。宇宙からのメッセージをキャッチしたキティ博士は、大王星のギャラクシー・エネルギーが弱まったせいで突然変異を起こした動植物が、スペースモンスターと化していることを知る。元へ戻すためには特別な超能力を持った者が大王星へ行き、ギャラクシー・エネルギーを復活させなくてはならない。それが出来るただ一人の人物こそ、月の王国の王女であるオーロラ姫だった。かつて王国はスペース・モンスターの襲撃で滅亡、姫だけが生き延びて地球にたどり着いていたのだ。オーロラ姫は宇宙に平和を取り戻すため、前人未到の大王星へ旅立つことを決意する。美しく気高い姫を守るために集まったジャン・クーゴ、ドン・ハッカ、サー・ジョーゴの三人の騎士も、クイーンコスモス号に乗り込んだ。さあ、大王星をめざして出発だ！
毎晩、少年古見浩一の夢の中に出てくるバビルの塔。家族が半信半疑で見守る中、夢の通り、使者が現れ、少年はバビルの搭へと連れて行かれる。そして浩一が塔で告げられた真実は驚くべきものだった。バビルの塔とは、古代に、宇宙船の故障によって地球に降り立った異星人・バビル１世が残した超科学的な遺産であり、異星人の血を引く浩一が受け継ぐにふさわしいと判断された、というのだ。浩一は、その日以来、バビル２世として、バビルの塔の新たな主となることを決意する。バビルの塔と共に残された３つの僕（しもべ）、怪鳥・ロプロス、海に潜むロボット・ポセイドン、変身能力をもつロデムを従え、さらに自分の中に眠っていた超能力を目覚めさせる。そして、バビル１世の能力を受け継ぎ、世界征服を企む男・ヨミに戦いを挑んでいく。
バブル戦争から十数年、世界は富める者と貧しき者の二極分化が急激に進み、日本もまたその例外ではなかった。富める者はひたすら己の欲望と快楽を求め、東京はその欲望を満たす快楽都市と化した。パスポートを剥奪され国内でくすぶっていた戦場カメラマン雑賀（サイガ）は、ある日秘密クラブの潜入取材を依頼される。それはセレブの中でも特に選ばれた者だけにしか出入りを許されないと言われる闇の社交場であった。その会員になれた者には究極の快楽が与えられるという。潜入に成功した雑賀に助けを求める謎の少女、神楽（カグラ）。彼女は、秘密倶楽部の支配人、水天宮によって倶楽部のシンボルとして操られていたのだった。神楽をつれて逃げる雑賀、だが雑賀は神楽と接触したことによって特殊な能力に目覚めることになる。そして、水天宮の命を受けた、秘密倶楽部からの追っ手もまた欲望によって特殊な能力に覚醒した者たちだった・・・。秘密倶楽部の支配人、水天宮の真の目的とは、そして神楽とはいったい何者なのか？！「スピードグラファー」雑賀の孤独な戦いが始まる・・・
物語の始まりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。有紀学（ユウキ・マナブ）は亡き父や兄の遺志を継ぎ、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）に入隊する。SDFは宇宙で最も正確と言われる銀河鉄道の運行スケジュールを守るため、各路線で起こる事故、災害、救命救急、宇宙海賊の討伐などに対処している。SDFと銀河鉄道全線を統括する謎の美女レイラ・ディスティニー・シュラは、人や生物、惑星の運命が見える能力を持っている。旅立つ者の未来にどんな苦難が待ち受けていると分かっていても、決してその未来を伝えてはならない“運命の守護者”である。しかし、自分の運命に立ち向かう旅人を、邪悪な力で変えようとする者が現れた時、彼女の秘められた力が発動する。果たして学の運命は、レイラにはどう映っているのだろうか…。銀河鉄道網を脅かす最大の危機が迫るなか、学は自らの運命をどう切り開いてゆくのか…。
