テキサスにあるレイロバーツ湖。そこでは過去に巨大オオメジロザメが出現し人々を喰い殺す事件が発生していた。当時、猟区管理官であったスペンサーは、アルコール依存症を克服しながら、家族と仲間の力を借りて血みどろの激戦の末にその怪物を撃退。しかし数年後、スペンサーはアルコール依存症を再発させ、酒に溺れるまま職も家族も失い、堕落した日々を過ごしていた。そんなある日、湖畔で若い男女が行方不明になる事件が勃発。死体の一部が発見され、それはサメの仕業である事が明確であったが、市長たちは町の再開発推進のために事件を隠蔽することに。行方不明となった娘クリッシーの身に起きた真実を知りたいと願う母レズリーは、スペンサーに真相究明とサメ退治を懇願する。家族、仕事、そして自身の尊厳をも失い、絶望の淵に立つスペンサー。彼は、自分と同じように失望感に飲み込まれそうなレズリーの叫びに心を動かされ、再び巨大オオメジロザメとの死闘に挑む事を決意するのであった。
市長の万巻が主導する複合型巨大観光施設の建設が進むS県暑海（あつみ）市では、温泉客が忽然と姿を消す連続失踪事件が発生していた。しかも被害者はその後、海でサメに襲われた遺体として発見されるのであった。捜査に乗り出した警察署長、束（つか）と海洋生物学博士の巨勢（こせ）は、太古の昔から蘇った獰猛なサメが暑海各地の温泉を自由に行き来し、人々を襲っているという驚愕の事実を突き止めるのだが・・・
アメリカ・オザーク高原にバカンスに来たリック一家。湖の周りでは、花火大会を楽しもうと、大勢の人で賑わっていた。家族だけのバカンスに消極的だった娘のモリーも、恋人で兄ハリソンの友人でもあるカーティスのサプライズ参加に喜びを隠せないでいた。家族がそれぞれ自然を楽しもうとした矢先、川に入った祖母が突然現れたサメに襲われてしまう。急いでハリソンとカーティスに助けを求めるモリーだったが、戻った現場には、祖母の帽子が水辺に残されていただけだった。前代未聞の事態にパニックになりながらも両親の安否を気遣う3人だったが、湖でカヌーを楽しむ父リックと母ダイアンにも不穏な影が近づいていた。
北オーストラリアの穏やかな美しい沿岸部。水上飛行機でとある小さな島に上陸したチャーリーたち5人の男女は、この島で無残な姿の男性の死体を発見する。再び島を飛び立ち飛行する中、今度は海上で転覆したボートを見つけたため海面に付けて生存者がいないか捜しに行く。ボートには人影ははおらず、海の中まで調べたところ恐ろしい光景も目にしてしまう。あわてて、水上飛行機を飛び立たせようとする中、突然何者かの大きな力で機体が破壊され飛行が不能になり、命からがら救命ボートをに避難する。しかし、岸から160キロも離れた救命ボートの上では救助の連絡をする術もなくただ海を漂い助けを待つのみになってしまう―。そんな中、再び現れる恐るべき巨大な物体が現れて――。
SNSインフルエンサーのハイディは、カメラマンで恋人のロンと撮影のために訪れたカリフォルニアのベニスビーチで、ホホジロザメに襲われる。一命は取り留めたものの、翌朝同じビーチで男女カップルの変死体が発見され、それも飢えたサメの仕業と思われた。しかし、続く犠牲者が陸上で発見され始めると、捜査は一転。陰謀論ソーシャルメディアの第一人者であるトゥルース・ジェダイが、カリフォルニアの原子力発電所で有毒物質が流出し、放射能によって海洋生物が突然変異を起こしたという機密情報に辿り着く。サメに噛まれたハイディは、その有毒なモンスターの血に感染し、血に飢えた陸上の頂点捕食者へと変貌を遂げてしまったのだ。真実に辿り着いたハイディの親友で海洋生物学者のシエナと新進ジャーナリストのクリストファー。2人は殺戮を繰り返すハイディを止めようと、彼女の家に罠を仕掛け治療薬を注射しようと試みるが、時すでに遅く・・・。
カリフォルニア沖で海底地震が発生。地底深く眠っていた古代生物“スーパーシャーク”が目覚めた。クジラ並みの巨体、驚異のスピード、水中だけでなく陸上でも暴れる怪物の襲撃に、ビーチは阿鼻叫喚の地獄と化す。海洋生物学者のキャスリーンは軍と共に撃滅作戦を展開するが、“スーパーシャーク”は原潜を撃沈、戦闘機も撃墜し、その猛威は止まるところを知らない。米軍はついに新兵器“ウォーキング・タンク”を投入。西海岸を炎に包む、最終決戦の火蓋は切られた！！
今回心霊調査に潜入したのは宗教団体「大輪仁」ここには数年前行方不明になった桃果の妹ゆづきがいた。愛するものを守るため心霊調査ビッグサマーの夏目と桃果は命を懸けて戦うことを決意するのだが…
首相の息子が病に倒れてしまった。治癒するために取られたのは、縮小したサメを血管内に送りこみウイルスを駆逐させるというトンデモ作戦。そんな“縮小ザメ”を体内から除去するには、“縮小潜水艦”による除去が必要だという。制限時間は36時間。脱出できない場合は、サメも潜水艦も元のサイズに戻ってしまうという悲劇が待っている。しかし縮小ザメは、間違って清掃員キースの体内に送り込まれてしまい、さあ大変！前代未聞の珍作戦は果たして成功するのか―？
先端遺伝子研究のためにまだ発見なされていない生物を求めて調査隊は北極圏の未開の氷原へやってきた。吹雪の中彼らの前に突如現れたのはスノー・モンスターだ。そしてメガ・シャークがスノー・モンスターに襲いかかる！氷原で繰りひろげられる壮絶モンスター・バトル。
アメリカのとあるビーチで人間の死体が発見される。当初はサメに襲われたと思われていたが、検死の結果、死因は焼死である事が判明する。実は被害者は宇宙人に殺害されていたのだ。本格的な地球侵略を開始した宇宙人はマインドコントロールでサメを操り、町の人々は次々と犠牲になっていく。前門の宇宙人、後門のサメ！史上最大の危機を人類は乗り越えられるのか―。
息子テオと二人暮らしの元警官フランク。ある夜、シッターのベッツィに家を預け帰宅した彼が見たのは、血の海となった自宅トイレの中に引きずり込まれていくベッツィの凄惨な最期だった。家にサメらしき怪物がいると主張し、テオと庭でテント生活を始めたフランクだが、地元の悪徳不動産会社は勝手に家を売ろうと画策。内見に来たカップルもまた犠牲者となってしまう。自分の家以外でも同様の事件が起きていることを知ったフランクは、怪物「ハウス・シャーク」の駆除専門家という人物を探し出す。犠牲者は数を増していく中、ハウス・シャークとフランクたちとの奇想天外な戦いが幕を開ける！
旅行先のビーチでジルは古びた木片を拾うが、それは霊界と現世を繋いでしまう魔のアイテム、ウィジャ盤だった。ウィジャ盤の魔力により、ジルとその友人達は霊界から凶暴な人喰いザメを召喚してしまう。ウィジャ・シャークは次々と人間を襲い、町は一転して大パニックに！神出鬼没で無敵の霊体ザメを打ち倒す手段を知るのはただ一人、超能力を操るジルの父親だった…。
“サメの噛み付き”から広がったウイルス「SHVID-1」により世界は荒廃した。選抜された科学者たちは老朽化した海底研究施設で、治療法を見つけ出すために日夜奮闘していた。遂に感染したサメから血清を作りだすことに成功し、万事解決に向かうと思われていたが、血清をめぐって科学者同士による権力争いが勃発。そんな中、研究施設の崩落が始まり、封じ込められていたサメも逃げ出してしまいー。
夢見がちな兄ジェイソンは、子供時代に兄弟で執筆したサメ映画の脚本を携え、仲違いしていた弟マシューのもとを訪ねる。しかしとある不思議な魔法の力で彼らの脚本が現実化してしまい、本当にサメに襲われてしまう事態に。「サメ映画のお約束」が次々と兄弟に降りかかる一方、ネット経由で知能を獲得したサイバー・ジョーズは人類に対する反逆を企てていた…！
元海兵隊で今は映像制作者のトムは美しい海に潜り、そこに住む生物たちを撮影している。恋人のシンディとの結婚記念を兼ねてスキューバダイビングに来たトム。友人のブルースも参加して3人で海へとダイビングを始める。美しい景色に誘われるように海中の洞窟へと泳ぎ進めた3人は、大量のロブスターを捕まえ大喜びで船に戻ろうとするが、突然起きた海流の乱れに阻まれ帰り道を見失ってしまう。凌げる場所を見つけ安堵するトムたちだったが、酸素の残りは少なく体温が下がってくる状態では死を待つしかなかった。トムはシンディとブルースを残し、助けを呼ぶために単独で船に戻ろうと決心するも、彼の前には暗く深い海が待ち受けていた。
惑星クリプトXの研究施設では、宇宙ザメと宇宙植物が秘密裏に育てられていた。しかし宇宙船が隕石にぶつかり地球に落下。その際にサメ型クリーチャーも地球へと送り込まれてしまう。宇宙船が落下した荒野では、麻薬中毒のセラピーを受けていた若者たちが、地球の環境に適応し狂暴になったサメ人間＜シャークベイダー＞に次々と襲撃され殺されていく！残った彼らは、宇宙船唯一の生き残り・ノーラと合流し、荒野からの脱出を試みるが…果たして、宇宙ザメと宇宙植物の恐怖から逃げ延びることはできるのか！
日々心霊調査を行うチームビッグサマー。心霊に嫌気がさしたメンバー桃果は、YouTube企画で「彼氏オーディション」を提案する。そこにやってきたのは小森、頬山、尾長の三人。番組で彼氏は出来なかったが、それ以来桃果と連絡が途絶えてしまっていた。数カ月ぶりに夏目に来た連絡。もう心霊調査を辞める---。実は企画で出会った小森と付き合っているという。同時に桃果はストーカー被害にも悩まされていた。だが警察には言えない理由があった。小森は、古代日本からある「鮫村」出身であり、祖先はサメ人間として生きていたというのだ。信じられない話だが、目の前でストーカーを撃退する「サメの姿に変身した小森」の姿を見てしまう夏目。政府から実験材料として狙われていた「鮫村最後の生き残り」小森の元には魔の手が近づいていた。二人に頼まれ、そして金の匂いを感じた夏目は、しょうがなく逃走を手伝うことにする。三人の逃避行がはじまった・・・。
アメリカの田舎町。川沿いにある家族経営のレストラン“ワニ小屋”は、地元住民や観光客で大繁盛。そんなある朝、迷惑常連客の変死体がレストランの川縁から発見された。保安官は、レストランが管理していたワニが逃げ出し男は襲われたと見て、ボウチャード一家の兄ジェイソンを殺人容疑にかけることに。しかし店を切り盛りする妹のレイチェルは、前夜に目撃した巨大なサメの背びれを思い出し、男はサメに喰い殺されたと確信。兄の疑惑を晴らすべくサメの行方を追うレイチェルだったが、男子大学生の誘いに乗った妹のクリスタルが、ワニ祭りの近くの川へ行ったことを知り、危機感を覚える。
“あの”人喰い悪魔サメとの死闘が忌まわしい過去になったと思われていた頃、世界に恨みをもつ修道女たちがサタンに祈りを捧げ、ふたたび召喚したのは『究極の悪』である悪魔ザメだった！時空を超えて復活した悪魔ザメは、ビーチや湖だけでなく、所かまわず人々を襲うようになっていった。そんな中”究極の悪”を倒すと誓った一人の神父・ダニエルが、神の力を借りんとして十字架を手に立ち上がった！
従妹イーランの誕生日パーティに招待された外科医のシェン。イーランのボーイフレンドであるティエンミンと彼の職場の上司ウェンディーも加わり、船上での和やかなパーティが始まった。しかし、イーランのウェンディーに対する嫉妬心がきっかけでとった行動が引き金となり、4人は海の中に放り出されヨットに上がれなくなってしまう。その時、海中に忍び寄る巨大な影が――。それは規格外の巨大ザメ“ギガ・シャーク”の姿であった。
街は人食いザメの噂に慄いており、その姿を悪魔と表現する者もいた。そんなさなか、お宝の絵画を積んだ窃盗団の船がサメに襲われたとニュースになっていた。海辺の船では何も知らないモデルのブリーがカメラマンと撮影中に、数人の強盗が現れボートを乗っ取られた。強盗たちは海にバラまかれた絵画が目的だったのだ。しかし彼らの仲間割れが原因で海上で立ち往生に。彼らの前に立ちはだかったのは全長約15mの巨大古代鮫メガドロンだった！この絶望的な状況の中、どこかで見覚えのある博士が現れた…
舞台は、フランス南西部にある平穏なリゾート地ラ・ポワント。ある日、この小さな村の美しい海で正体不明の怪物に襲われた男性が発見され、観光客で賑わうビーチは大パニックになってしまう。海上警察官の一員マジャは、通報を受け海へ。調査に立ち会った検視官とマジャは、遺体や現場に残されていた激しい損傷、痕跡などから、サメの仕業であると推測する。当初、地元の漁師らは「サメなど見たことない！」「危険があるとしたら都会から来る若者だ！」と信じようとしなかったが、気候変動と温暖化により可能性は大いにあり、さらなる調査のためにビーチは閉鎖に追い込まれる。マジャは市民らの日常を取り戻すため、数日後に控えていた早期退職日を延期してまで、最後の任務としてサメ退治に挑むことを決意するのだった。一方、マジャの夫ティエリーは、彼女の引退後のプランを前々から考えており、退職後は二人で静かに余暇を過ごせるようトレーラーハウスでキャンプを準備していた。その後、勇敢な彼女はサメの捕獲に成功。地元の市民らも祝福し、マジャはめでたく引退を迎え、一件落着。サメは環境保護の観点から殺さずインド洋に放たれることになる。しかし後日、新たな遺体の一部が発見され、海岸地帯は再び警戒態勢に！捕まえたサメが、ゲージを破って逃げ出したのだ。市民は恐怖に慄き、「人食いザメは捕獲ではなく殺すべきだ！」「手を抜いてサメを生かしたから犠牲者が出た！」と、マジャを非難。車には“人殺し”の落書き、SNSには酷い誹謗中傷が出回るなど立場が一転。マジャが危険に晒されるようになってしまう。そして、責任感の強い彼女は、ティエリーや周囲の反対も聞かず、再び“サメ退治”に向かう――
噂の人食いザメを仕留めたカービーの父は、その歯を流行りの鮫のぬいぐるみに埋め込み、離れて暮らすカービーへ送った。母と暮らすカービーは大喜び。しかしすぐに嫌いなベビーシッター、ライラとの生活が始まってしまう。そこで、カービーにいじわるをするライラに、悪魔のサメぐるみは牙を剥きはじめる。その矛先は隣人やライラの友人へ。サメによる殺人事件に、警官も捜査を開始。カービーの父も息子の危機を察知、急いでカービーのもとへ向かう。暴走がとまらないサメぐるみの行く末はいかに…
1年ほど前に海でサメの群れに襲われ、姉ペイトンとボーイフレンドのセスが犠牲になって以来、リズは悪夢に毎夜悩まされつつ、カウンセリングを受け続けていた。現在は女性の恋人ロベルタの存在が唯一の救いではあるが、彼女と最後の一線を超える勇気も未だに出ない。睡眠不足も手伝ってか頭痛は収まらず、次第に悪夢は幻覚となって昼間にも見るようになってしまう。ついには死んだ姉とセスまでもが、目の前に現れるようになるが、彼女らはなぜか“ロベルタは災厄を呼ぶ”と警告するのだった。そのペイトンとセスは生前、密かな関係にあったことをリズは知っていた。やがてペイトンはロベルタを“排除”するよう、リズに強要し始めていく。
星歴4044年。銀河は激しい戦闘の混乱に陥っていた。地球人のカリ王女によって結成された宇宙反乱同盟軍と、爬虫類人の秘密結社・アルコン軍との戦いである。両軍とも多くの死者を出したこの戦いは、同盟軍がアルコン軍のリーダー・ラスチャイルドを葬ったことで終戦。両軍は争いを避け、互いに離れて暮らしていていくことで平和を取り戻していた。しかしそこに突然、メガドロンが出現した。西暦1945年、ナチスの機密実験により人類とサメのDNAを融合し誕生した生物であり、凶暴な戦闘マシンであるメガドロンは、次々と同盟軍の宇宙船に攻撃を始める。事態を重く見たカリ王女は、同盟軍のエースパイロット・ビッグフットにメガドロン討伐の命令を下す。
刻は江戸時代。人里離れた沖津村の浜に村人の惨殺された死体が上がる。邪教集団・紅魔衆の首領・螭鮫士郎は不老不死の力を得る為に呪術を使い、鮫を操る事によって村で採れる真珠を強制的に村人から巻き上げていたのだ。この状況に業を煮やした村長は、助太刀を頼むべく村外れの寺にいる用心棒の潮崎小太郎に会いに行く。報酬とともにその仕事を一旦引き受ける小太郎だが、その行く手を菊魔と名乗る女忍者が遮ってきた。村人の沙代を生贄として鮫士郎に捧げようとする村長に反発する信助と共に、鮫士郎に戦いを挑む小太郎だが、その前に現れたのは、この世の物とは思えない巨大な鮫...。遂に実現する、忍者対鮫の究極バトル！生き残るのはどっちだ！！
日々、心霊・オカルトを多角的に調査するチーム「心霊調査ビッグサマー」の元に一本の動画が送られてきた。あるカップルユーチューバーが心霊スポットに行った映像。廃井戸の中から、異形な生き物が姿を現し、カップルの女性を襲ったというのだ。その後、女性は行方不明となってしまう。果たして異形のモノの正体とは？心霊調査ビッグサマーは命がけの調査を開始する……。
超常的な能力をもつ巨大人食いザメの伝説がある湖畔の森を訪れた二人の少年、グレイスとチャンス。二人はキャンプをしながら人食いザメの伝説を語り合うが、背後には怪しげな影が迫っていた……。全編パペットで制作された史上初のサメ映画が早くも日本に上陸！
麻薬捜査官ブラドック刑事の次なる任務は「HT25」と呼ばれるドラッグを売りさばこうと画策する組織への潜入だった。謎の新薬HT25はサメを原料にして作られた強力な麻薬で、副作用としてDNAを改変してしまう力を秘めていた。新薬実験の過程で様々なクリーチャーが生み出されるが、研究所で爆発事故が発生し、世にも恐ろしい怪物たちが解き放たれてしまう。その中にはサメとカニの合体生物―KANIZAME―がいた・・・・・・！謎が謎を呼ぶ潜入ポリスアクションシャークムービー！
ウィジャ盤の力で地獄から召喚された無敵の幽霊ザメ「ウィジャ・シャーク」との激闘から数ヶ月。オカルトマスターのアンソニーはサメとの戦いの果てに地獄を彷徨っていた。彼を復活させるべく家族や仲間がその方策を探る一方、地獄の支配者である悪魔カルドゥーラはサメを現世に解き放ってしまう。巨大化し街をも破壊する力を得た幽霊ザメに人類は成す術もなく蹂躙されるが、アンソニーにはある秘策があった……！唸れ！サメはめ波！輝け！ミスティック・シールド！オカルト殺法で再び敵を打ち破れ！
数百年の昔、海へと追いやられたドラキュラ伯爵は自身の呪われし力をホホジロザメに譲り渡し、サメへの忠誠を誓った。そして時は現代。観光業で栄えるとある海辺の田舎町に出稼ぎにやってきたアーサーとジョンだったが、夜な夜な町の人々は奇妙な儀式を繰り返し、観光客の行方不明者が続出していた。それもそのはず、ここは吸血鮫＜シャーキュラ＞と吸血鬼のカルト集団に支配された地獄のような場所だったのだ。果たしてアーサーとジョンは無事この町を脱出することができるのか？マーク・ポロニア監督が手掛ける古典モンスター×サメ第2弾、堂々の日本上陸！
第二次世界大戦中、ヒトラーはフランケンシュタインを生物兵器化する恐るべき計画を進めていたが、実戦に投入される前にナチスドイツは敗北してしまう。それから時は過ぎ、現代のアメリカのとある港町で行方不明者が続出していた。観光に訪れたマッジたちは偶然ネオナチスの研究所に迷い込み、世界征服を目論む悪の科学者クラウスがサメとフランケンシュタインを合体させ生み出した最凶の怪“シャーケンシュタイン”の存在を知る。果たして彼女たちはこの邪悪な計画を阻止することができるのだろうか....！？
邪教に魅入られ大量殺人を犯した修道女ブレアは、最後の生贄を捧げて儀式を完遂してしまう。世界を恨み、神をも恐れぬ彼女が召喚したのはこの世の全て食らいつくす異形の存在、悪魔鮫≪デビルシャーク≫だった！悪魔鮫は次々と人間に憑依し、平和だったはずの田舎町は血に染まっていく。悪魔鮫の犠牲となった弟の無念を晴らすため、神父マイケルは十字架を手に悪魔鮫祓い≪シャーク・エクソシズム≫に挑まんとしていた…！人食い悪魔鮫とエクソシストの戦いを描いたカルト的人気を誇る迷作『デビルシャーク』が遂に復活！
とある田舎町のトウモロコシ畑で殺人事件が発生し、殺害現場の畑ではホホジロザメの目撃情報が相次いでいた。時を同じくして、サメの顎を凶器に使う連続殺人鬼が逮捕されるが、これら全ての事件の背後にはサメを神と崇める邪教集団の陰謀が渦巻いていた。果たして人類は最終鮫戦争＜サメマゲドン＞を阻止し、邪教徒の野望を打ち破ることができるのか…！？
カリフォルニア州のビーチで連続して人がサメに襲われる事件が発生、サメの研究者であるウェストウィン博士が調査に乗り出す。しかしそのビーチでは巨大リゾート施設「レガッタ」のオープンを祝した盛大なパーティが予定されていた。絶大な権力を持つオーナー・ロバートは周囲の警告を聞き入れずパーティーを強行しようとするが、サメのDNAにとある異常が見つかり…。
メキシコ・バハ半島沖コラゾン島。この大自然が体感できる島で、カップルの関係修復を目的としたキャンプセラピーが行われていた。しかし、険悪ムードの参加者たちに、インストラクターのウィルは手を焼いていた。そんな中、連絡が途絶えていたスタッフのブラッドが、海で死体となって発見される。鮫の仕業と思われたが、無残な死体は何匹かに喰いちぎられた様だった。そして、恐怖に震える彼らの前に現れたのは、なんと頭が６つある鮫。あまりの衝撃に目を疑うが、この島では冷戦下に極秘の動物実験が行われていたという噂があった。彼らは急いで島へと避難するが、その怪物の前では陸地でさえも安心できる場所ではなかった―。
幾度ものシャークネードとの戦いで、全てを失ったフィン。悲しみに暮れる彼の前に現れたのは、未来からやって来た息子ギルだった。フィンは平和な時を取り戻すために、ギルの手配で時間旅行へと旅立つ。彼に与えられた使命は、過去のあらゆる時代で発生したシャークネードを壊滅すること。原始時代に到着したフィンは、元祖シャークネード１号と対峙するが、凶暴な恐竜にも襲われ苦戦を強いられる。絶体絶命の窮地の中で現れたのは、死んだはずのノヴァとブライアン。彼らもまたギルに救われ、再びシャークネードと戦っていたのだ。彼らは力を合わせてシャークネードに挑むが、時空を超えた戦いはまだ始まったばかりだった―。
ハワイ沖を哨戒中のアメリカ海軍駆逐艦が、沈没したロシア潜水艦を発見。潜水艇で生存者の救助に向かったリンチ中佐は、海底で巨大なサメと遭遇する。それは数百万年前に絶滅したと信じられていた、古代鮫“メガロドン”だった。リンチたちは脱出を図るが、潜水艇ごとメガロドンに飲み込まれてしまう。このままではメガロドンはハワイに到達、恐るべき被害が出ることは間違いない。ヤツの体内から潜水艇を救出し、モンスターを倒せるのか？兵士たちは、壮絶な戦いを挑むが……。
プエルトルコのパロミノス島。青い海と輝く太陽に恵まれたこの島は、絶えず観光客で溢れていた。平和な日々が続く中、突如地元警察に人間が鮫に襲われたという通報が入る。スターリング警部が現場に駆け付けると、誰も乗っていないクルーザーには、血痕とカメラだけが残されていた。そして、カメラに残された写真を見ると、そこには頭が４つある鮫が写っていた。スターリングは海洋学者のヨーに協力を仰ぎ、研究意欲を掻き立てられたヨーは元同僚のレッドと鮫を捕まえるために海へと向かう。しかし、その恐ろしさは彼女たちの想像を遥かに超えていた―。
未曽有の大洪水により、地表の９８％が海に覆われてしまった世界。僅かな生存者は、海面に村を形成し日々を生きながらえていた。しかし、暴君フィエン率いる一派が鮫を自在に操る装置を開発し、抗う者には獰猛な鮫を差し向け、その勢力を拡大していた。そんな中、ティモールとウィローが暮らす村にもフィエンの手先がやって来るが、貢ぐ資源も底を尽きており、代わりにウィローが捕らわれてしまう。ティモールはウィローを救うべく、共に戦う仲間を探しに旅に出る。一方、フィエンの要塞で捕虜となったウィローだったが、彼女には驚くべき力が宿されていた・・・。
一連のシャークネード撃退の活躍により、フィンはＮＡＴＯによるシャークネード戦略会議に召集され、妻エイプリルと息子ギルを連れてロンドンのＭＩ６本部を訪れていた。一方、対シャークネードの秘密組織を結成したノヴァは、ストーンヘンジの洞窟でかつて人類がシャークネードとの戦いに使ったといわれる秘宝「デュークワカ（鮫の神）のハーネス」を発見する。しかし、ノヴァがハーネスを持ち出した途端に巨大なシャークネードが発生。ロンドンへと向かったシャークネードは人々を襲い、ギルも鮫の渦に呑み込まれてしまう。フィンとエイプリルは、ギルを救うためにシャークネードを追跡するが・・・。
