桐谷花鈴（きりたに かりん）は甲子園にあこがれる都立星桜高校3年生。女子硬式野球部のピッチャーを務めているものの、春の大会で柊木美玲（ひいらぎ みれい）に打ち負かされる。美玲に勝ちたい！という一心で幼馴染の大門頼（だいもん らい）の指導のもと、投球フォームや球の握り方など試行錯誤するが、果たして花鈴は美玲に勝つことができるのか！？
夏の大会を前に強豪校との合同練習試合がスタート。そこは主人公 桐谷花鈴（きりたに かりん）のライバル 柊木美玲（ひいらぎ みれい）の姿が！他の選手たちの実力を目の当たりにするも、懸命にライバルたちに立ち向かう花鈴。果たして花鈴率いる星桜高校は勝利することができるのか。
女子プロ野球観戦に行く主人公 桐谷花鈴（きりたに かりん）と幼馴染の大門頼（だいもん らい）。里西選手と対面し、プロの実力を肌で感じる。そこでバッタリ出会った柊木美玲（ひいらぎ みれい）となぜかお茶することに！そしていよいよ男子硬式野球部の夏の大会が始まる。初戦の相手は優勝候補の虎ノ門高校。さあ、頼は花鈴との約束を果たせるのか！？
自主練習中に出逢った宅配運転手 鈴木に投球指導をしてもらい、夏の大会に向けて日々特訓を重ねる主人公 桐谷花鈴（きりたに かりん）。一方、大門頼（だいもん らい）の活躍より着々と東京大会を勝ち進める星桜高校男子野球部。準決勝の相手、黄猿高校の監督は頼を抑えるためにある作戦を決行するが…！？星桜高校男子野球部、初の決勝進出なるか…！
花鈴の幼馴染、大門頼率いる星桜高校男子野球部は、準決勝を制し、見事決勝に駒を進めた。しかし、試合で負った左足の怪我が頼を苦しめる…！決勝戦の相手は春のセンバツベスト8の白狼高校！最強のバッテリー・氷爪と甲牙が頼たちの前に立ちはだかる。果たして頼は甲子園への切符を手にし、花鈴との約束を果たすことができるのか！？
“女の子だって甲子園”を夢見る主人公桐谷花鈴。 全日本高校女子野球選手権大会の抽選会の日、花鈴はまさかの寝坊で、焦って家を飛び出すが、行く先々でハプニングがあり…？！ 個性的なライバルたちを前に弱気になる花鈴だったが、彩愛女学院主将の朝陽さきに励まされ、公式戦の初勝利を誓う！ そして始まった抽選会では、連盟の理事からの衝撃的な報告が、花鈴たち女子野球部の心を揺さぶる…！ 女子野球の新たな道が拓かれる、待望の新章スタート！
開会式ー。全47校の女子高校野球部員が一同に会した球場で、朝陽さきの選手宣誓が夏の青空に響く。さらに花鈴の初戦相手、杜の都の青葉ゆいは、星桜に対して20盗塁を宣言！一方、開幕戦を飾る京都雅はセンバツベスト4の九州義塾と対戦。美玲の顔に曇りが・・・。
晴天の中迎えた初戦の日。相手は青葉ゆい達4継を擁する『機動女子隊』の異名を持つ仙台杜の都高校。そんな2大会連続ベスト4の杜の都相手に公式戦未勝利の星桜高校はどう立ち向かうのか？胸を高鳴らせ花鈴は甲子園への一歩を踏み出す―！
試合中盤より降り始めた雨。中断された試合。ベンチで治療を受ける花鈴を見守るナインたち。このまま登板し続けるか、マウンドを降りるか花鈴の出した答えは・・・このピンチの状況を星桜ナインたちはどう切り抜けるのか―・・・？
星桜リードで迎えた最終回。左肩を負傷しながらも投げ抜いてきた花鈴に春ベスト4の杜の都が牙を剥く。もはや満身創痍の花鈴。星桜は悲願の初勝利を勝ち取ることができるのか―！？
