開会式ー。全47校の女子高校野球部員が一同に会した球場で、朝陽さきの選手宣誓が夏の青空に響く。さらに花鈴の初戦相手、杜の都の青葉ゆいは、星桜に対して20盗塁を宣言！一方、開幕戦を飾る京都雅はセンバツベスト8の九州義塾と対戦。美玲の顔に曇りが・・・。
帝蘭2点リードで迎えたマツコの3打席目。真っ向勝負を挑めないと悟った花鈴は敬遠を選択。失望したマツコは「ここで逃げるやつが甲子園に行けるわけがないと言い放つ。そして逆転のきっかけを掴めないまま最終回へ。帝蘭・熱田に手も足も出ないと思われた星桜打線だが、全員バットには当てられている点にまいが気付き…？怒涛の帝蘭戦、いよいよクライマックス！
夏の全国高校女子野球大会選手権大会準々決勝。美玲率いる京都雅高校はリベンジに燃える冥王学園にさき率いる彩愛女学院は頭脳戦が得意な葉山女子高校に…優勝候補であるライバルたちが思わぬ苦戦を強いられていた。このまま甲子園の夢は潰えてしまうのか…それとも強豪の意地を見せるか…!?そして花鈴たち星桜高校もベスト4をかけて妖術師・伊織を擁する月光高校との戦いに挑む！
帝蘭に勝利し、ベスト8進出を果たした星桜高校。次なる相手・月光高校の試合を観戦した星桜ナインはエース・清家伊織の妖術投法と、全員1年生とは思えない戦いぶりに圧倒されてしまう。さらにキャプテンの小春の持病が悪化し、準々決勝は彼女抜きで戦うことになってしまった。チームの柱を欠いてしまったナインの前に救世主が現れる。それは、かつての”仲間”だった…
