夏祭りに出かけたり、アパートをリフォームしたりと幸せな二人の時間を過ごしているユキと瑛士。瑛士は仕事へのやる気も出て順調な日々を送っていた。しかし、ユキは心あらずの時間が増えていったそんなある日、ユキの体の一部が消えているのを瑛士に指摘され、別れのときが近づいていることに気付く。ユキは、座敷童子は出世が成就すると消滅してしまうこと、そして瑛士はやはり人と寄り添うべきだと伝え姿を隠して過ごし、瑛士はそんなユキの態度にムキになってしまう。帰宅してもユキの存在はあるのに触れることもできず、瑛士は会いたい想いをつのらせていき――。
とあることが原因で仕事を辞め家も引越し、だらだらと一日をすごしている瑛士。再就職先をいい加減探さないと考えていると自宅に見知らぬ和服の美丈夫が！入る部屋を間違えたかそれとも泥棒か、と慌てる瑛士にその美丈夫は『座敷童子』と名乗り、目の前で消えるという信じられない現象を起こす。あり得ない状況に思わず瑛士はカウンセリングの診察を受けるが、思い当たる節が多く精神からの幻覚かと納得して帰宅する。けれど、自宅にはまた『座敷童子』の男がいた！さらには「あなたの出世を全力でサポートいたします」と言ってきて！？座敷童子なのに美中年な男と、ワケアリ無職男の不思議な同居生活が始まる……？
座敷童子に姿を消してもらっての不思議な同居生活をすることになった瑛士。そして発起して再就職活動をするが、不採用の連続。落ち込む瑛士に、なんと前職に復職の連絡が！これはまさか座敷童子の力のおかげなのかと聞くと、自分の力はそういったものではないと言われる。瑛士は酷い言葉で切り捨てたことを謝り、座敷童子に「ユキ」と名前をつけ姿を現してもらい、本格的な同居がスタート！ユキは料理もうまいし優しいしで、全てが瑛士のタイプでどきどきしてしまい…。さらにあることがきっかけで、ユキに抱かれることに！？
ユキに抱かれた瑛士は、心も満たされていた。さらに復職先では昇進することに！猛スピードで進む出来事に自分の実力ではないのではなく、やっぱりユキの座敷童子の力の影響なのではないかと不安になっていく。そんなある日、先輩に告白をされ断る瑛士を見たユキは、自分が人間ではないのに瑛士の気持ちに応えてしまい自分以外が苦しむ結果になってしまったことに悩み始め……。
ひょんなことから先輩に座敷童子のユキのことを相談し、姿を消しているユキを出させるためにも部屋でいちゃいちゃするところを見せつけよう！と協力してくれることに。自宅で抱き合い、そして瑛士が先輩の下着に手をつけたところで耐えきれなくなったユキによって行為は中断する。けれどユキは、姿が少しずつ消えていくことを見続ける覚悟はあるのか、瑛士にそんな姿を見せたくない、そんな思いをさせる覚悟なんてない、そのことをわかってほしいと言い残し、また姿を消してしまうのだった…。
瑛士は覚悟を決め、またあることを試すために仕事を辞める。先輩にも引き継ぎをお願いし帰宅すると、透けていた足が元に戻っているユキがいた。自分の為に仕事や積み上げてきたものを捨てたことに喜んでいいのか戸惑うユキに自分のためだと瑛士は声をかける。ようやく二人は想いも通じ合い、今まで会えなかった時間を埋めるかのように熱く激しく抱き合う。そして瑛士は一つの目的をユキに話し始め…。座敷童子と不思議な同居生活から始まった恋物語、ついに完結！
