将軍暗殺を諦めた鞍馬古流の使い手・卯女と藪小路公麿（やぶのこうじきみまろ）。彼らを京へ送り届けようとする鶴次郎。しかし、鶴次郎に手を貸した南町奉行・曲淵多聞（まがりぶちたもん）は、柳生の放った手練の前に倒れる。公麿は死に、京へも入れなくなった卯女…。鶴次郎が打つ秘策とは？
江戸に流行る、丑の刻参り死事件を調査していた北町奉行所の東金弥次郎は、鶴次郎邸に立ち寄った帰りに何者かに殺されてしまう。北町奉行所の筆頭同心・沢井半蔵は鶴次郎に東金殺しの疑いをかけ、奉行所に連行するが……。
関八州取締に任命された鶴次郎は炎を連れ、まずは上州の見回りに出掛ける。だが、鶴次郎を疎ましく思う勘定奉行は、早速、彼のもとに彦十という刺客を送り込む。刺客から逃れなければならない鶴次郎は……。
勘定奉行・鳥居とともに悪事を重ねていた生野代官・浜井を倒した鶴次郎は、一揆が起こったという岩見沢に急行する。しかし、もはや農民たちの怒りはおさまらず、鶴次郎は岩見沢代官・柴山にこれまでの悪行を告白させ、農民たちに許しを乞う。
石出帯刀とともに牢屋の見回りをしていた鶴次郎は、観音様の入れ墨を背負う伝次という囚人を斬ろうとするが、帯刀の機転によってことなきを得る。その夜、帯刀と二人きりで話しあった鶴次郎は、鑰役の本田図書の金回りの良さに疑問を持つ。
牢屋奉行所焼失の責任を負った石出帯刀は、奉行の目を逃れるため、ひとまず鶴次郎とともに隠れていた。だが、そこに強盗事件の真相を知る政というゴロツキがしょっぴかれてくる。すぐに鶴次郎は事件の真相を聞き出そうとするが……。
熊野に向かう鶴次郎は、道中で遼海という僧に出会い、ともに旅を続けていた。そんな鶴次郎を追う四人の妻たちは、なんとか鶴次郎の旅をやめさせようと必死に説得を続けるが、鶴次郎は熊野への思いを断ち切ることができず……。
鶴次郎とともに旅を続ける僧・遼海は、かつて熊野で修行していた頃に慕っていた、了春という尼僧を忘れられずにいた。道中、詳しい事情を聞いて遼海に同情した鶴次郎と三圀は、了春を探し出すことにする。
ついに鶴次郎一行は熊野に辿り着き、別れの時が近づいた僧・遼海は、様々な話を鶴次郎に聞かせる。やがて、鶴次郎に天命を全うするよう諭した遼海は、如意輪観音寺に向かうため、鶴次郎と鞍馬に別れを告げる。
果たし合いの末、十津川代官所手代・来栖を斬った鶴次郎は、来栖とおふみ、十津川代官の愛人・たえが薩摩から来た密使であることを知る。やがてやって来た十津川代官は鶴次郎を斬ろうとするが……。
隠された金を取り戻すため、ついに薩摩藩の兵士たちが川谷村に侵攻してくる。幕府との戦も辞さないであろう薩摩藩に脅威を感じた猫座の新八は、薩摩の兵と戦うことを主張するが、鶴次郎は平和的解決を望んでいた。
