おびただしく横たわる柳生の家士たちのねんごろな埋葬を済ませた拝一刀と柳生烈堂。天地静寂、月下蒼光の八丁河岸に二人は、ついに互の秘技を尽くし雌雄を決せんと立つ。おりしも冬、江戸には雪が降りつつあった……。
柳生烈堂は、柳生一門総がかりで一刀親子を一気に倒さんと決意を固めた。一方、親子が刺客仕事で得た生命金で購ったものは、一箱で千余の兵にも勝る南蛮渡来の“投擲雷”だった。白装束を身にまとった親子はいよいよ対決の場へ！
ついに、ただ一人となった柳生烈堂。だが、嵐の最中、怪異が開いた水門から濁流が押し寄せ、いまにも江戸市中を水没せしめんと迫り来る！ご府内は、江戸万民は……。一刀親子、烈堂、どうする!?
思わぬところから、柳生封廻状を手に入れた阿部怪異。怪異は公方にそれを披見し、烈堂は公方に糾問されることになった。だが、このことをすでに察知した烈堂は、非常の草触れを出し、天下六十余州の柳生草たちに江戸に集結するよう下知した。
烈堂の放った非常の草触れ。次々と全国に伝わる奔草の狼火。築き上げた日々のしがらみを断ち、草たちは一路江戸を目指す。江戸城内に在る柳生烈堂は、阿部怪異の執拗な策略を受けていた。一方、一刀親子は八丁河岸でひたすら烈堂を待っていた…。
江戸城にて謹慎の身となった柳生烈堂。城内にて烈堂の命を奪わんとする毒味唇役・阿部頼母こと阿部怪異。一方、烈堂の安否を確かめるため江戸城内へ向かう拝一刀。全国から続々と江戸に集まる柳生の草。柳生の反撃が始まるのか？どうなる、烈堂、怪異、そして拝一刀!?
八町河岸原に突き立てられた二本の刀を守る大五郎。だが、突然の大火事で大勢の人々が八町河岸に避難してきた。守れるか大五郎!?一方、策を弄し再び将軍の信任を得た烈堂は、集結した草たちに一刀抹殺を下知する。再び一刀と烈堂の戦いが始まる……。
束の間の休息を得、希望に満ちた避難民たちが去った八町河岸は、すでに、冥府魔道に生きる一刀親子と柳生烈堂との最後の戦いの舞台となっていた……。父・一刀は、我が子・大五郎に言う。「生まれ変わりたる次の世でも父は父。次の次の世でも我が子は、おまえぞッ。わしらは永遠に不滅の父と子なり！」時代劇の不滅の金字塔、ついに、ここに完結！
