臥竜学園の教師だった父を殺された露口は、新聞記者として竜牙会を追うが、記事は潰され、命を狙われる。露口を救った雪藤は、彼に手を引くように忠告した。これは闇と闇の戦いだと…。そして竜牙会に世代交代の波が…。竜牙会発足当時の幹部たちが、その子供によって次々と殺されていく。権力は切人に集中していった。鷹沢が殺され、最凶の殺し屋ガイ・シュラ・ソドムが「黒い天使」暗殺に差し向けられる。シュラとの催眠対決に敗れた亜里沙が逆に操られ、羽死夢を殺してしまった！
全国を巡りながら自転車のスポークを武器に、現代社会に巣くう悪人を闇に葬っていく。自ら『黒い天使』と名乗る仕置人、それが雪藤洋士である。本気で更生しようとしている前科者の精二に執ように嫌がらせを続け、妹をしてまで挑発したあげくに射殺した外道刑事をトイレで刺殺した。そして辻斬りを楽しんでいた名家の息子。風呂屋の子供を誘拐したチンピラ。籠城し、殺人を繰り返す銀行強盗などをひそかに葬っていく。ヤクザのために覚醒剤中毒にされ、金を得るために通り魔を繰り返していた優子も愛するが故に自ら手を掛けるのだった。自分で裁く！ それが雪藤の主義…。
暴走刑事の松田鏡二が登場！ 両親をヤクザに殺された松田は、刑事になってヤクザを徹底的に取り締まるが新聞と結託したヤクザに非難記事を書かれ、課長までつるんでいた。信頼していた先輩刑事の山さんまで殺され、悪徳刑事の汚名を着せられる。警察を退職した松田はヤクザに命を狙われるが、雪藤に助けられた。自分で裁く雪藤のやり方に反対する松田は、雪藤に付きまとうが、ひき逃げやなど、金で全てを解決しようとするどら息子に怒りが爆発。遂に崖から叩き落としてしまう。松田にも黒い羽がはえた。そして高熱で倒れた雪藤とともに、雪深い山荘に入った松田は脱獄犯に捕らわれて…。
脱獄犯に縛られ、山荘に火をつけられた雪藤と松田。何とか脱出して断罪を下す。天誅と称してヤクザの三組織を潰し、全ての利益を独り占めにした元検事の堺も裁いた。そして新シリーズに突入！ 雪藤の胸の十字架や、過去の経緯が明かされる。叔父一家殺しの汚名を着て死んだ雪藤の姉。胸に付いた十字の傷は、姉の着けていた十字架に雷が落ちて、雪藤の胸に焼き付いた物だった。雪藤は『黒い天使』の鷹沢神父に引き取られ、真犯人を倒すための訓練を続ける。そして姉の復讐を果たした雪藤は、催眠術を使うシスター亜里沙、召使いの羽死夢とともに、『黒い天使』の一員に加わった。
女生徒たちを食い物にする悪徳教頭と理事を殺す仕事を、雪藤にやらせようとする鷹沢。亜里沙は反対して、自分で殺そうとするが亜里沙が手を下そうとしたとき、すでに雪藤が殺していた。純粋な気持ちで甲子園を目指す兵藤に、野球賭博で儲けようとする先輩が重傷を負わせる。甲子園出場決定試合で、死ぬまで投げ続けた兵藤…。その想いを受けて待っていた『黒い天使』たちは、野球賭博にからんだ連中に鉄槌を下した。息子と会社を奪われた老人の復讐も。だが雪藤が高校を卒業した日、恐るべき組織が鷹沢たちの前に現れる。その名は竜牙会。鷹沢はみんなに、散り散りになることを命じた。黒い羽を持った仲間を集めるために！
山のなかで、水浴びをする美女に出会う雪藤と松田。竜牙会を抜けた、ナイフ投げの名手・麗羅だった。ただ独りで悪人の仕置きを行っていたが、彼女を追って竜牙会の殺し屋・邪鬼と不動王が現れる。雪藤と松田は麗羅を助けて、殺し屋を倒した。炎上する孤児院から松田が捨て身で子供たちを助けようとしたことで、麗羅も『黒い天使』を信用し仲間に入る。それを知った竜牙会は魔木に蛇皇院と水鵬を付け、三人の抹殺を命じた。手段を選ばない蛇皇院たちのやり方に苦戦する雪藤たちだが、麗羅に想いを寄せる水鵬が竜牙会を裏切り、水を操る秘術で殺し屋に立ち向かう。
蛇皇院の操る蛇を水流で殺す水鵬。特殊鋼線を使う魔木を雪藤が倒し、蛇皇院自身は松田が倒した。生き残った水鵬は、雪藤たちの前から姿を消す。また悪人を退治しながら、街々を巡る雪藤たち。人々の盾になっていた修道尼が惨殺され、その娘ジュディが復讐に立ち上がっていた。傭兵の父の血を継いだジュディは、先端に刃の付いた鞭を使う。暴力団を全滅させたジュディは、叔父夫婦の家に厄介になるが、そこの息子・春男が殺人を犯した上、自首させようとした叔父夫婦まで刺してしまった。瀕死の叔母の目の前で、春男を殺すことをためらうジュディ。その時、雪藤が代わって手を下した。外道は殺す！ 親が見ていようが…。
ジュディの叔父、サンダースが来日。ジュディの父の遺産が、十字架のペンダントに隠されていると告げる。一方平和の使者キング神父が殺され、雪藤が犯人と間違われて捕らわれた。サンダースが神父と同じ銃で撃たれ、犯人と判った傭兵のウイリーが警察に追われるが、動物園の猛獣たちを逃がし、大パニックになる。ウイリーは遺産を狙ってジュディを襲うが、雪藤が仕留めた。ジュディは、雪藤と行動をともに。ジュディの胸にも、雷による十字架が刻まれる。竜牙会と戦い始めた水鵬。雪藤と松田たちも加わり、攫われたジュディを取り返す戦いが始まった。酔鬼との戦いの中で、松田、麗羅、水鵬の胸にも、十字架の傷が！
斬血鬼との戦いで、左腕を失う水鵬。遂にジュディの縛られている部屋に到達した雪藤だが、妖鬼との戦いを終えたとき、その姿は消えていた。また水鵬は姿を消し、温泉で療養する雪藤たち。今度は猿楽師と陽炎が差し向けられてきた。絶体絶命の時雪崩が起こって、駆けつけた鷹沢に救われる。そこで明かされた竜牙会の目的・M計画とは、核爆弾によって富士の地震脈を起こし、東京を壊滅させること。それに乗じて現政府を転覆させ、自分たちの理想の都を作る。８人の同志で始められた竜牙会は、今や大勢力へと育っていた。そのために停滞していたM計画を、実行に移すであろう若き指導者。その名は“切人”！
竜牙会の支部を壊滅させる雪藤と松田。それを見物していた切人と初めて対峙する雪藤だが、易々と斬られそうになった。鉄製の義手を着けた水鵬が刃を受け止め、その場は引くことに。切人が差し向けてきた刺客は、フェンシングの元日本チャンピオン。亜里沙が重傷を負うが、パイプで剣を封じ、雪藤が仕留めた。だが亜里沙が入院した病院も、竜牙会の手先、怪物卍が殺しに現れる。ゴルフ場で切人と卍を襲った『黒い天使』たちは、松田が卍を倒し、無の境地を体得した雪藤が切人（偽物？）を葬って、ジュディを取り返した。その後、鷹沢の命で竜牙会の予備軍がいる臥竜学園に潜入する雪藤。
