神と驕る勇気。雪藤との戦いは引き分けに終わった。船が沈み、散り散りになる『黒い天使』たち。３年後、恐怖支配が強まる中、牙とジュディは雪藤を捜した。その後を、傍観者としてついて行く運命。雪藤は、記憶を失っていた。霊士との戦いで消耗した雪藤は、運命に助けられ、牙たちと再会する。次に勇気の差し向けた刺客は、毒血と鉄の絆を持った家族だった。雪藤と、飛鳥そっくりの反政府ゲリラに遭遇した牙たちのもとにも、幽魔、幽鬼、幽岩の三兄弟と、その母・幽姫の魔手が伸びる！
亜里沙を追った松田の前に、ソドムが立ちはだかる。弟の不動王にも増した怪物だった。倒される松田。亜里沙の催眠を解くために鷹沢の死体を使うことを、麗羅が提案する。だが墓はすでに暴かれていた。そこに現れる謎の霊能力少女・卑弥子。最凶三人組が襲ってきて、雪藤がガイを倒す。水鵬が操る鷹沢の死体で、亜里沙が正気に返ったが、すぐに死ぬことに。激闘の末、ソドムとシュラを倒す雪藤たちだが、今度は卑弥子率いる悪魔憎涅巣が襲ってくる。M計画の実行の日は、９月２６日。しかし無気味な地震雲も現れて…。核爆発か？本当の地震が起こるのか？破滅へのカウント・ダウンが進むなか、両者の激闘が続く。
核爆発を阻止するため、富士に向かう雪藤たち。だが卑弥子のテレパシーに操られ、罠の中へ…。それでも黄泉、刺魔、妖火を倒し、核爆弾の元に向かう雪藤と松田、水鵬も合流した。だが残ったジュディと麗羅を卑弥子が襲う。ジュディは滝に落ち、麗羅は毒蛾によって死んだ。核爆弾を守るのは、薬によって死んでも動く兵士。そして武装ヘリ・ブラックサタン。霧を操ってヘリから雪藤たちの姿を隠した水鵬は、単身ヘリを撃墜して死んだ。雪藤の盾となった松田は、バズーカ砲弾まで受け止めてのけ、ゾンビ守備軍を撃破。遂に二人は核爆弾のもとにたどり着いた。
核爆弾を無力化した雪藤たち。だがゾンビ兵士に撃たれて、松田が死ぬ。雪藤はたった独りで、竜牙会の頂点を潰しに向かった。卑弥子も倒し、とうとう切人と対決！ 何と切人の正体は、鷹沢神父だった。鷹沢の悪の心が、切人だったのだ。対決はしかし、落雷によって鷹沢の死に終わる。直後、関東を襲った巨大地震によって、東京は壊滅した。そして新シリーズに突入！閉ざされた関東は、この世の地獄となっていた。刑事の頃から追っていた妖姫を捜して、関東破滅地帯に入る牙亮。現れた雪藤とともに、関東に君臨する八王の一人・神魔を倒した。牙の昔の仲間、飛鳥、金剛、武蔵も合流してくる。新たな「黒い天使」伝説の始まり！
八王とは神魔の他、神霊、神帝、神雷、神竜、神鬼、神王、神麗院で、彼等が持っている金貨を全て集めると、恐ろしいことが起こる。神霊の策略で、他の六王が二手に分かれて戦争を起こし、壊滅した。金貨は神霊が４枚、牙たちが３枚手に入れる。神王を追う神霊の軍は街の住民を殺していくが、そこにはジュディが！神霊＝妖姫にジュディを人質に取られた雪藤は、最後の金貨を手に関西へ。そこには新政府と手を組んだ妖姫の姿が…。武蔵野裏切りで金剛を失った牙と飛鳥は、霊獄寺で１０８人の敵と戦ううちに、胸に十字架の傷を負った。
妖姫の３人の弟が、雪藤たち抹殺に差し向けられた。妖姫は彼等の要求に応え、金貨を持たせた。激闘の末、３人の弟は倒れ、金貨は雪藤のもとに。妖姫も命運の尽きたことを悟り、最後の１枚を雪藤に渡して消えた。その妖姫を殺して『黒い天使』の前に最強の敵『白い天使』が出現する。神から授かったという超能力を駆使する、神霊士。雪藤が初めて、怖れを感じた。胸の十字が呼んだ雷に救われて、霊士から逃れた雪藤たちは、同じ超能力を持つ少年・勇気の救出に動く！
『白い天使』の手から勇気を助け出す雪藤たち。実は勇気は、政府の地下牢に拘禁されている老師（『白い天使』の師）の、双子の弟の孫だった。魔導沙が魔法陣で松田と水鵬を甦らせて、雪藤たちを襲わせる。だが勇気が魔法陣を狂わせ、逆に松田と水鵬の霊気が牙と飛鳥に流れ込む結果になった。しかし妖婆、泥露、天冥は、勇気の力を封じ込め、牙と雪藤を幻想空間に閉じこめてしまう。水鵬の力を得た飛鳥は泥露を倒し、老師の弟が金貨で幻想空間に裂け目を作って、雪藤たちは脱出した。火竜と水竜の対決で消耗した飛鳥の代わりに、天冥にとどめを刺そうとした雪藤だが、妖婆が天冥を助けて消える。
再び天冥が火竜で雪藤を襲う。そして知念が念写力で勇気を自在に操ろうと図った。また飛鳥の水竜に助けられた雪藤は、天冥にとどめを刺す。だが飛鳥が骸骨になって死んだ？そして勇気にも、思いがけないことが…。知念によって超能力が甦った勇気は、悪の心をも強化してしまったのだ。凄まじい念動力で周囲を破壊し、『白い天使』とともに消える勇気。妖婆を倒した雪藤は、飛鳥の死も幻だったと悟った。老師の愛弟子だった風魔と風剣が助っ人に現れるが、霊士との対戦で風魔が死ぬ。老師の弟が犠牲になって、雪藤たちを逃がした。一方悪魔となった勇気は、『白い天使』たちをパワー・アップ。神霊士と対決するが…。
日本政府を乗っ取る『白い天使』。魔導沙がジュディたちを襲うが、風剣と相打ちになって死ぬ。金貨によって別の力が芽生えた雪藤が、薔薇鬼を倒す。金貨は老師が超能力全盛の頃に、生命を吹き込んでおいた物だった。童夢に松田の霊を抜かれ、ブラック・ホールに閉じこめられてしまう牙。金貨と一体になった雪藤は、勇気と亜空間の対決へ！決着が着かぬまま、勇気が金貨の一枚を奪って外へ出る。全閣僚を船上レセプションに集める勇気。そこで牙が松田の霊とまた合体し、ブラック・ホールを脱出して童夢を倒した。勇気が嵐を呼ぶが、その時奪われた金貨が空へ。揃った金貨の力で亜空間を脱出し、雪藤が船上に降り立った！
最終巻。飛鳥そっくりの男は、紅林雄。胸に同じ十字の傷痕があった。幽姫一家が戦いを挑んでくる。雪藤たちが危機に陥ったときに、毒血を中和できる運命が介入して救った。彼は幽魔たちの父だったのだ。父と妻子たちの戦いのなか、雪藤の記憶が戻る。霊士と戦う紅林に、飛鳥の霊が乗り移った。幽鬼、幽岩を倒す雪藤。幽姫は勇気に殺され、幽魔は父・運命のもとへ。だがその二人も勇気に殺された。みんなの十字架を自分一人に集め、ただ独りの『黒い天使』となって、勇気との最後の戦いに臨む雪藤。遂に勇気を倒し、何処へか消えた…。
