文久二年（1862年）、江戸は仄暗い不安に揺れていた。討幕の動きが日に日に強まるなか、甚夜は妖刀を巡る事件をきっかけに、幕府に忠義を捧げる会津藩士・畠山泰秀と出会う。泰秀は幕府存続という目的のため、鬼を使役する武士だった……。 武士と鬼――滅びゆく者たちの美学を描く「幕末編」が開幕！
死闘のなかで改めて自らの生きる道を見出した甚夜は、ついに土浦との戦いに決着をつけ、畠山泰秀との因縁にも終止符を打つ。そして時代が幕末から明治へと移りゆくなか、甚夜は長年住んだ江戸の町を離れることに決めた――。京を舞台に、鬼の首魁「マガツメ」との戦いを描く明治編がスタート！
