母方の祖父を訪ねて竜頭町にやってきた一降沙弥［ひとふりさや］。しかし、祖父は行方不明になっていた！町役場で「そのような人物はこの町に居ない」と言われ途方に暮れていると、突然現れた和装の少女に誘われ、他とは雰囲気の違う部署「神格管理局」に連れていかれる。そこは町の神格を管理する神様の役場だった！？しのすけ改め岩戸［いわと］あきらが紡ぐ新・日本神話第一幕！！
陰陽師・中原恒盛によって土地・人・神の縁が切られた竜頭町神格管理局は、高天原と葦原の間の無間空間を彷徨っていた。その頃、渋谷ではスゥ様と呼ばれる謎のセレブが漫画喫茶で籠城……黒服の集団が説得を続けていた。一方、ダルマと沙弥は神剣を自在に操るべく、課長から修行を勧められる。しかし、それにはふたりが必要以上に仲良くなる必要が！？大人気『新・日本神話』終幕！！
