あばれ放題、遊び放題の学園生活を送ってきた花組のふたり、花咲青児と桜竜次のふたりもついに中学3年生。同級生には、受験のプレッシャーから、悪の道に踏み込む人間も……。ひょんなことからそんな人間のひとりである優等生の、吉田真弓と出会ってしまった竜次と青児。竜次は真弓に声をかけるが……。
超問題児である桜竜次と花咲青児が修学旅行に参加。もちろん、ただで済むわけはないのだが、なんと学生同士のケンカではなく、拳銃を奪って刑務所を脱走した殺し屋に遭遇。しかし、その殺し屋が罪を重ねるのには理由があった。
揉め事の連続で、近所の中学で知らない不良がいないほど有名になったあばれ花組の花咲青児と桜竜次。そんな花組に贋者が現れ、悪行の限りを尽くし始める。さらに、関西から放たれた刺客も登場し……。
教師という立場を利用して、甘い汁を吸い放題だった箱崎が何者かに襲われた。血まみれの箱崎の写真を貼りだした犯人は、自らを天誅組と名乗る。天誅組の制裁は徐々にエスカレートし、ついには罪のない生徒にまで天誅が及ぶ。そしてついに、竜次の身にも天誅が……。卑劣な天誅組に対して立ち上がる花組。
轟の姉が結婚してラーメン屋を開店することに。お祝いに駆けつける合唱部の面々に紛れ込んだ花組の花咲青児と桜竜次。そこに、轟の姉夫婦と因縁のあるムショ帰りの男が現れ……。
