南カルタグラ帝国へニヴラス帝国の攻撃が始まった。「ニヴラスを相手に戦うならオレ達はいつでも力を貸そう」マズルの言葉で南カルタグラ帝国と同盟を組んだ竜騎士団。海からの魔獣の奇襲に炎上する王都カナーン。マズルは敵将ギュンツに一騎討ちを挑む……。
ニヴラスの刺客“蝶のパフィオ”の張った罠におちたマズル達を救ったのは第三の竜騎士、ダク＝テイルズだった！千年帝国歴1250年、北方の大国、ニヴラス帝国が世界制覇に乗り出した。これは、大空を自在に駆けめぐる飛竜にまたがり、ニヴラス帝国に挑戦する戦士達の物語である。空に憧れる盗賊の少年ゼファは、偶然にも滅びたはずの竜騎士（ドラゴンナイト）と出会った！帝国打倒を目指す竜騎士達とゼファは、共に旅することとなる。そして、ニヴラス帝国の攻撃は彼らに容赦なく降り注ぐのであったが……。
竜騎士団（ドラゴンナイツ）を復活させ、ニヴラス帝国と戦うために散り散りになった仲間を捜しに古都、アレクソニアにやって来たゼファ達。待ち受けていたのは、ニヴラス帝国の刺客“蝶のパフィオ”だった。彼女の張った罠におちたマズル達を救ったのは第三の竜騎士、ダク＝テイルズであった！
