パンデミックによる「ゾンビ波」を切り抜けて街に平穏が訪れたが、被害甚大な東地区の復興が手に負えないと判断したスタリオンは即断でフランソワと共に何もかもを捨てて逃げ出してしまう。結果的に商業都市ダスオンの権力を掌握してしまったロイエンタールであったが、それは同時にお抱え錬金術師であるオイゲンの仕事量が増えることを意味していた。そんな忙しい折、王都からお人好しで知られるマリアンヌ王女が慰問にやってくることになり――。
転生錬金術師のオイゲンは、オーナーの娘でありフィアンセのエリーから突然の婚約破棄と解雇を言い渡され、取るものも取りあえず住み込みで働いていた工房から追い出されてしまう。全てを失ったオイゲンは錬金術の道から離れようと考えるが、以前パーティを組んでいたメルルとハイデマリーと再会し、師匠から受け継いだ錬金術への情熱を思い出す。パーティを組んだ3人は幽霊屋敷を浄化して屋敷を借り受け、新たな街で共同生活を始めるのであった――。
商業都市ダスオンの西第九地区で、有力な錬金術師であるオーエック工房当主のルーバントが錬金術師病を患ってしまう。薬の材料となる「竜の肝」を求めて豪炎竜退治に向かうオイゲン一行のパーティには、ルーバントの娘・モアも同行していた。強大な竜を退治するにはS級冒険者が複数人いないと達成困難と言われており、現状のパーティでは実力不足は否めない…。そこでオイゲンは秘策を用意して戦いに挑む。しかし豪炎竜は想定以上の強さを秘めていて――!?
女性でありながら西地区の総地区長を務めるロイエンタール伯爵は商業都市ダスオンの未来を憂い、全財産を注ぎ込んで国内でも特級錬金術師2名しか錬金できない『還元液』の作成をオイゲンに依頼する。ロイエンタール伯爵の思いに応えるため、オイゲンは師匠であるボルドーですら叶わなかった還元液の錬金に挑む。一方、東九地区のスタリオンは己の未熟さをひた隠し、分不相応の発注を請け負うことになってしまい――。
西地区の交通網整備が完成し、都市開発もこれからという時に問題が起きる。それはネズミなどの小動物から始まり、噛まれた他の動物や人間が次々とゾンビ化して起きる『ゾンビ波』の予兆であった。急いで対策に取り組むオイゲンたちであったが、自分たちの利益を優先するスタリオンとフランソワによって最悪の事態へと発展してしまう。果たしてオイゲンたち一行は、街や人々を守ることができるのか――!?
街をのみこむ巨大ゾンビ玉の襲来に、オイゲンたちは全力で立ち向かい見事撃退に成功する。だがそれは亡き師匠との懐憶を伴うものだった…。厄災を退けた喜びも束の間、最低最悪の2人がオイゲンの前に姿を見せる。そして積年のしがらみを乗り越えたことをきっかけに、オイゲンは伴侶問題で選択を迫られる。はたしてオイゲンが選ぶ相手とは――？
滅亡病の予防・治療薬を作成するため危険な錬金に臨むオイゲンは、助手を務めるハイデマリーと二人っきりで一晩過ごすことになってしまう。息を合わせないと難しい錬金作業を通して、あらためて互いの信頼を確認しあい、二人の心と体の距離が縮まってゆく――。一方、滅亡病に苦しむ港湾都市シッタルに逃亡中のあの二人の影が……。
