蟲が見えることが学園にバレたナミ！同時に、いじめの主犯の莉子も急に学園の蟲が見えるようになる。2人はとある教室に閉じ込められ――「私 されたんだあの変態女に……!!許さない――」莉子の怒りがMAXに！！
全寮制女学園に編入した高校１年生・山川ナミ。お嬢さま学校のはずなのに、学園内は正体不明の化け物“蟲(むし)”が住み着いていて――!?「誰も気づかないの？なんで！？私がおかしいの！？」謎の“入学の儀”を終えたナミは学園のマドンナ・霧子と共に、生徒失踪事件の真相を探していく……
編入早々、ナミはいじめのターゲットにされてしまう。いじめっ子のクラスメイトたちには、どうやら“蟲”は見えていないようで―!?そんな中、この学園の女子生徒同士の密な関係を指す「姉妹制度」を知りナミは戸惑う。すると全生徒の憧れの存在である霧子と再会する。
学園のマドンナと姉妹の契りを結んだせいで、クラスメイトからのいじめがエスカレートしてしまう。先生からも目をつけられたナミは、霧子との不貞行為を理由に学園から追い出されそうに…!?そして生徒失踪事件の聞き込みにも進展が――!?
蟲が初めて生徒から攻撃された。学園内の蟲たちは共鳴し、生徒に危害を加え始める。学園の生徒たちは、姿の見えない敵を前にパニックに…。一方、霧子のキスで夢想状態に陥ったナミは、ついに従姉妹のあさぎを見つけ出す――！
学園で行われていたプロジェクトは完遂された。室長は霧子の過去を語り出し…学園の大人たちが一斉に霧子に跪く。ひとり残されたナミは、再び霧子に出会いたいと願う――「天へ願いをかけられるのなら、もう一度会いたいよ…先輩」
