元太、哀、歩美たちと学芸会の練習をしていたコナンは、脱走犯とそれを追いかける佐藤・高木刑事と出会う。佐藤刑事は追跡の末、古いビルの一室で犯人を捕獲するが、脱走犯は無実を主張。身動きがとれなくなった佐藤刑事に代わり、高木刑事とコナンたちは真犯人捜しを始めるが……。
「頭神（かしらがみ）の森」で、身元不明の自殺死体が発見された。その死体は、背中の中に入っていたミルクとパンの品質保持期限から、四年前に自殺したものと推測される。依頼を受けたコナンと小五郎は、早速調査に出かけるが、依頼主のいる旅館に着くと、なんとすでに名探偵・毛利小五郎は到着しているという。一体、誰がなんのために小五郎の偽物を演じたのか？しかもその小五郎の偽物は、旅館の部屋の中で首をつって死んでいるのが発見された。多くの謎が絡み合い、事件が迷走する中、コナンは推理を始める
平次の案内で大阪城を見学中のコナンたちは、秀吉を愛好するツアー参加者のグループと知り合う。だがそこで事件が。天守閣から、火ダルマの人が落ちてきたのだ。加藤というこの男は、ツアー参加者の一人。皆は自殺と見るが、そうは思えない平次とコナンは推理を始めた。そして事件は、平次の父である服部平蔵大阪府警本部長が直々に指揮をとる大がかりな捜査に発展していく。秀吉が隠したといわれる宝や、13年前に起きて以来未解決の連続強盗殺人も絡んでくる、この事件の結末は！？
捜査一課の敏腕美人刑事・佐藤にお見合い話が。相手は偶然にも白鳥刑事だった。同僚・由美の算段では、頃合いを見て高木刑事が、この話に乗り気でない佐藤を会場から連れ出すはずだった。ところが高木はコンビニ強盗事件の現場に遭遇し、連絡不能に。白鳥は「高木が迎えに来れば、この見合いは御破算。来なければ自分と結婚」という提案をした。高木が必ず来てくれると信じる佐藤は、これを受け入れる。だが、当の高木は3人の容疑者を前にしながらも、犯人を特定することができず苦戦していた。そこでコナンが助け船を出す。真犯人は誰？そして佐藤と白鳥の見合いの結果は…！？
ある横領事件の真実を突き止めた興信所の所長が殺された。彼が持っていた封筒には、自分の血で書いた「○×△□」というダイイング・メッセージが。コナンと目黒警部は鋭い推理で記号の謎を解き、58人もの容疑者の中から、犯人をつきとめる
コナン、小五郎と共に、食事に出掛けた蘭。だが、そこで倒れてしまった彼女は、薄れゆく意識の中で、かつて経験したある事件のことを思い出していた。それは新一と彼の母・有希子と共に訪れた、ニューヨークでの出来事。人気劇団のミュージカルを観に行ったところ、舞台上で出演者の1人が殺されたのだ。劇団へは3日前に、動物の血で「最も美しい女性へ」というメッセージが書かれた、金色のリンゴが届いていた。そのことを知った新一は、現場の状況と照らし合わせながら推理を開始。犯人を突き止める
服部平次VS毛利小五郎の推理対決というテレビ局の企画番組のため、沖縄を訪れたコナンたち。身元不明の死体が発見された船浦島を下見している最中、番組の女性スタッフが殺された。波打ち際に残された死体のそばには「我はグソーの使いなり」という謎の文字が。コナンと平次は、早速推理を開始。この事件の謎に迫る！
遂に暗号を解いたコナンと高木刑事。だが東京タワーのエレベーターの中に閉じ込められてしまった。しかもそこには爆弾が…。コナンは必死でその爆弾の解体を試みる。一方佐藤刑事は、かつて爆弾事件で殉職した松田刑事への思いを胸に、東京都心部全域に及ぶこの爆弾事件の犯人を追いつめる！
依頼された事件を追ううちに、偶然黒の組織の手掛かりをつかんだコナンは、組織の一員と接触する約束を取り付けて、阿笠博士と共に指定場所である地下鉄の駅へ向かう。だがその途中、博士の車が故障。二人はヒッチハイクをするが、乗った車は逃走中の宝石強盗犯のものだった。コナンは強盗たちに銃を突きつけられるがこれを撃退し、駅へ急ぐ。そこには組織の男と共に、ジンが罠を張っていた。追いつめられ、コインロッカーに身を隠すコナン、絶体絶命のピンチ…！！
都内で三件の連続放火事件が発生した。手口の統一性はないが、現場には必ずドス黒い血のような色で全身を染められた赤い馬の人形が残されていた。「アカウマ」とは、警察の隠語で放火犯のこと。これは捕まえられるものなら捕まえてみろという、犯人からの挑戦状なのか…？そして、遂に四件目の事件が起きる。狙われたのは、平次がある調査を依頼されていた、諸積という家だった。燃え盛る炎の中には、またもやあの赤い馬が…
白鳥警部以下、同僚たちの厳しい取り調べ（？）をなんとかごまかし、佐藤と遊園地でのデートにこぎつけた高木。ところがそのデート場所・トロピカルマリンランドでは、ディーラーによるヘロインの取り引きが予定されていた。だが運び屋は、アトラクションでの入ったバッグを預けた後、高木のバッグと間違えて持って行ってしまう。バッグの中身に驚いた高木と佐藤は、遊園地に遊びに来ていたコナンたちと一緒に、犯人の捜索を始めるが…！？
