軽井沢に避暑に来た小五郎、蘭、コナンはそこで偶然英理に出会った。英理も弁護士仲間数人と、軽井沢に遊びに来ていたのだ。みんなで飲んで盛り上がったその夜、小五郎の部屋で女性弁護士・碓氷律子の死体が発見される…
トロピカルランドのスケートリンクに遊びにやって来た蘭、園子、コナンは、リンクでクレー射撃仲間だという男女と出会う。リンクのそばのトイレに行った園子は、死亡している女性を発見！彼女はクレー射撃仲間のひとりで…！？
銀行強盗たちに腹を撃たれ、病院へ運ばれたコナン。多量の出血を伴う重傷だったが、なぜかコナンの血液型を知っていた蘭からの輸血で、一命を取り止める。意識を取り戻したコナンは、蘭が自分の正体に気付いていることを確信する。全てを打ち明けるべきか、このまま正体を隠すべきか迷うコナン。そこに灰原が現れ……？
キノコ狩りに出かけたコナンたち“少年探偵団”と阿笠博士。だが、途中で元太がはぐれてしまった。その元太を捜すため二手に分かれて狩猟区を捜索中、灰原と光彦がなんと射殺死体を発見。犯人に追われてしまう。二人は持っていたポテトチップを落としながら、コナンたちに居場所を教えようとする。一方、自分たちと行動を共にする3人のハンターの行動がどうもおかしいと睨んだコナンは、その中に犯人がいると狙いを定めた
都心で起きた連続女性殴打事件。被害者はいずれもガン黒の若い女だった。コナンは被害者たちの様子を見て、妙な違和感を覚えるが、それが何かなかなか思い当たらない。そしてその違和感こそが、事件を説くキーポイントだった。事件を捜査するうち、その違和感の原因に気がついたコナンは、一気に解決へと乗り出す
新幹線で被疑者を護送中の佐藤・高木刑事。トイレに行きたいという容疑者をトイレに連れていくと、トイレの中で被疑者はナイフで自分の腹を刺して死亡してしまった！自殺かと思われたが、これは立派な殺人事件のようで…！？
「頭神（かしらがみ）の森」で、身元不明の自殺死体が発見された。その死体は、背中の中に入っていたミルクとパンの品質保持期限から、四年前に自殺したものと推測される。依頼を受けたコナンと小五郎は、早速調査に出かけるが、依頼主のいる旅館に着くと、なんとすでに名探偵・毛利小五郎は到着しているという。一体、誰がなんのために小五郎の偽物を演じたのか？しかもその小五郎の偽物は、旅館の部屋の中で首をつって死んでいるのが発見された。多くの謎が絡み合い、事件が迷走する中、コナンは推理を始める
平次の案内で大阪城を見学中のコナンたちは、秀吉を愛好するツアー参加者のグループと知り合う。だがそこで事件が。天守閣から、火ダルマの人が落ちてきたのだ。加藤というこの男は、ツアー参加者の一人。皆は自殺と見るが、そうは思えない平次とコナンは推理を始めた。そして事件は、平次の父である服部平蔵大阪府警本部長が直々に指揮をとる大がかりな捜査に発展していく。秀吉が隠したといわれる宝や、13年前に起きて以来未解決の連続強盗殺人も絡んでくる、この事件の結末は！？
捜査一課の敏腕美人刑事・佐藤にお見合い話が。相手は偶然にも白鳥刑事だった。同僚・由美の算段では、頃合いを見て高木刑事が、この話に乗り気でない佐藤を会場から連れ出すはずだった。ところが高木はコンビニ強盗事件の現場に遭遇し、連絡不能に。白鳥は「高木が迎えに来れば、この見合いは御破算。来なければ自分と結婚」という提案をした。高木が必ず来てくれると信じる佐藤は、これを受け入れる。だが、当の高木は3人の容疑者を前にしながらも、犯人を特定することができず苦戦していた。そこでコナンが助け船を出す。真犯人は誰？そして佐藤と白鳥の見合いの結果は…！？
ある横領事件の真実を突き止めた興信所の所長が殺された。彼が持っていた封筒には、自分の血で書いた「○×△□」というダイイング・メッセージが。コナンと目黒警部は鋭い推理で記号の謎を解き、58人もの容疑者の中から、犯人をつきとめる
