高校生なのに小学生に縮んでしまった！！そんな変な状況でも探偵の血が騒ぐ俺は難事件に次々と挑戦だ！！でも自分の正体がばれちゃいけないから、結構気をつかうぜ！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
コナン、小五郎と共に、食事に出掛けた蘭。だが、そこで倒れてしまった彼女は、薄れゆく意識の中で、かつて経験したある事件のことを思い出していた。それは新一と彼の母・有希子と共に訪れた、ニューヨークでの出来事。人気劇団のミュージカルを観に行ったところ、舞台上で出演者の1人が殺されたのだ。劇団へは3日前に、動物の血で「最も美しい女性へ」というメッセージが書かれた、金色のリンゴが届いていた。そのことを知った新一は、現場の状況と照らし合わせながら推理を開始。犯人を突き止める
服部平次VS毛利小五郎の推理対決というテレビ局の企画番組のため、沖縄を訪れたコナンたち。身元不明の死体が発見された船浦島を下見している最中、番組の女性スタッフが殺された。波打ち際に残された死体のそばには「我はグソーの使いなり」という謎の文字が。コナンと平次は、早速推理を開始。この事件の謎に迫る！
遂に暗号を解いたコナンと高木刑事。だが東京タワーのエレベーターの中に閉じ込められてしまった。しかもそこには爆弾が…。コナンは必死でその爆弾の解体を試みる。一方佐藤刑事は、かつて爆弾事件で殉職した松田刑事への思いを胸に、東京都心部全域に及ぶこの爆弾事件の犯人を追いつめる！
依頼された事件を追ううちに、偶然黒の組織の手掛かりをつかんだコナンは、組織の一員と接触する約束を取り付けて、阿笠博士と共に指定場所である地下鉄の駅へ向かう。だがその途中、博士の車が故障。二人はヒッチハイクをするが、乗った車は逃走中の宝石強盗犯のものだった。コナンは強盗たちに銃を突きつけられるがこれを撃退し、駅へ急ぐ。そこには組織の男と共に、ジンが罠を張っていた。追いつめられ、コインロッカーに身を隠すコナン、絶体絶命のピンチ…！！
都内で三件の連続放火事件が発生した。手口の統一性はないが、現場には必ずドス黒い血のような色で全身を染められた赤い馬の人形が残されていた。「アカウマ」とは、警察の隠語で放火犯のこと。これは捕まえられるものなら捕まえてみろという、犯人からの挑戦状なのか…？そして、遂に四件目の事件が起きる。狙われたのは、平次がある調査を依頼されていた、諸積という家だった。燃え盛る炎の中には、またもやあの赤い馬が…
白鳥警部以下、同僚たちの厳しい取り調べ（？）をなんとかごまかし、佐藤と遊園地でのデートにこぎつけた高木。ところがそのデート場所・トロピカルマリンランドでは、ディーラーによるヘロインの取り引きが予定されていた。だが運び屋は、アトラクションでの入ったバッグを預けた後、高木のバッグと間違えて持って行ってしまう。バッグの中身に驚いた高木と佐藤は、遊園地に遊びに来ていたコナンたちと一緒に、犯人の捜索を始めるが…！？
大富豪・藤枝幹雄の命を狙っている人物をつきとめたら1000万円出すと依頼された小五郎。楽勝な事件とタカをくくった小五郎は、派手な前祝いで散財するが、結局解決できず逆に800万円の借金を作り、ショックで泥酔してしまう。その尻ぬぐいに、妻・英理が依頼者の元へ出向くが、そこでなんと新一の母・有希子と出会うことに。しかも二人は高校時代「ミス帝丹」を競い合ったライバル同士だったのだ！！二人はコナンと共に、藤枝の命を狙う者を突き止めようと動きだす。だがその目の前で藤枝は、何者かに射殺されてしまう
「黒の組織」の手がかりを求めて出島のデザイン事務所へ向かったコナンは、デザイン事務所社長・出島の毒殺事件に遭遇する。遺体の左手、ベルト、ハンカチ、そして直前に食べたハンバーガーから毒物反応が検出されるが、他のどこからも毒物の痕跡は見い出せない。その死のトリックをコナン、阿笠博士、灰原の3人が暴く。
元太と歩美に数字の「5」に似た刻印を残した通り魔を、少年探偵団と佐藤、高木の両刑事が力を合わせ探しだす！刻印は自動車のエンブレムだということまでは分かったが、同じモデルの車を持った容疑者は3人いた。真犯人はいったい誰だ！？
平次達と夏の高校野球決勝戦を見に来たコナンは、座席の下にあった携帯電話を拾う。落とし物だと思われたケータイに“甲子園の魔物”と名乗る謎の男から球場を巻き込む自爆予告の電話がかかってきた！自爆を止めるにはメールで送られてきた数字の暗号を解き、男の居場所を探し当てなければならない。タイムリミットの試合終了時までに数字の謎を解く事はできるのか！？
