ある横領事件の真実を突き止めた興信所の所長が殺された。彼が持っていた封筒には、自分の血で書いた「○×△□」というダイイング・メッセージが。コナンと目黒警部は鋭い推理で記号の謎を解き、58人もの容疑者の中から、犯人をつきとめる
新一と平次がまだお互いを知らない中学生だった頃、二人は雪山で起きた人気俳優殺人事件の推理合戦を繰り広げていた。映画撮影の関係者を集めて事情聴取が行なわれていた時、事件の謎を解いた平次が現れ、それとほぼ同時に新一も、その場にいた刑事の携帯電話に連絡を入れてきた。そして2人は声を揃えるかのように、全く同じ推理を語り始め…。
映画「スターブレイド」の試写会に訪れたコナンと少年探偵団、阿笠博士の面々。入口で元太たちが小道具の刀を振り回していると突然、フリーカメラマンの建井が話しかけてきた。彼は、自分のカメラでコナンたちの写真を撮ってあげると、それを送ると言って博士の住所をメモに取り、フィルムと一緒に胸ポケットへしまいこむ。その直後、建井は携帯電話で友人から呼び出され、博士に荷物を預けて去っていくが…。
新作絵画「青嵐」をほぼ完成させた画家・及川のもとに、怪盗キッドから絵を頂くとの予告状が届いた。その犯行予告日、及川に招かれた小五郎やコナンたちは、大勢の機動隊員や報道陣が取り囲む中、奥多摩の山中にある彼の自宅へと入っていく。完成前に絵を見られるのを嫌う及川の依頼で、カバーがかけられた「青嵐」を、アトリエの外から監視カメラごしに警備する態勢が取られたが、予告時間約30分になって、突然及川が「絵の最終チェックをするから10分ほどカメラを切ってほしい」と言い出して…。
本堂瑛祐が見つけた不可解な事件を調べている最中、別の殺人事件を追う高木刑事らと遭遇したコナンたち。早速現場に向かったところ、被害者の女性・船本兼世の子どもは、“水無怜奈”の事故現場を目撃したのと同じ少年だった！本堂と黒の組織との関係にコナンが疑いを深める中、目黒警部や小五郎らによる事故の検証は進んでいくが…。
TV企画「探偵甲子園」の出場者のひとり、北の高校生探偵・時津が密室で殺された。ずっとダイニングで一緒にいたコナン・服部・白馬の3人は、アリバイがない他の3人のいずれかが犯人と考え、彼らを別室に隔離して現場の捜査を開始する。だがその結果、コナン・服部・白馬が導き出した犯人は、なんと全員バラバラで…！？
ミステリー作家・諸口益貴との対談のため、その前夜から諸口宅を訪れていた小五郎とコナンたち。そこには担当編集者・ライター・カメラマンも同席していたが、前担当が最近自殺したらしく、諸口がそれを話題にしたとき、3人は一様に顔をこわばらせる。そして翌朝、諸口が密室で変わり果てた姿になって発見されて…
水無怜奈と本堂瑛祐が姉弟かと疑っていたコナンだが、どうやら2人はAB型とO型で血のつながりはないらしい。そこで本堂が本当にO型かどうかを尋ねると、彼は明日知り合いの奥平家を訪れる予定で、そこに行けば確認できるという。すると、偶然小五郎もその家の主人から探偵の依頼を受けていると言い…？
水無怜奈の居場所を黒の組織にかぎつけられ、入院先の病院に組織の手先が潜伏していることが発覚。コナンとFBIの赤井は、すでに入院患者の中から楠田という男を容疑者に絞り込み、その夜、彼がナースステーションで物色し始めたところを大勢のFBIが取り囲む。だが、楠田は首に爆弾を巻いており、捜査官がひるんだすきに、まんまと逃亡されてしまい…？
水無怜奈に呼び出され、1人で待ち合わせ場所に向かった赤井は、彼女から裏切りの銃弾を受けた。さらに頭にとどめを刺された上に、車ごと爆破されてしまう!! その事件をテレビのニュースを知ったジョディは、現場の焼死体が赤井であるかどうかを確認すべく、さっそく警視庁を訪ねるが…（
コナン、蘭、園子、瑛祐の4人が訪れていたカラオケボックスの一室で殺人事件が発生。店員の証言や防犯カメラなどで割り出した容疑者は、トイレに行っていた瑛祐を含む4人の男だが、どの容疑者の身辺からも被害者を撲殺した凶器が見つからないまま。さらに被害者の所持していたカメラを調べると、コナンたちをストーカーしていた写真ばかり撮られていて…
