最近、蘭の通う高校で頻発している幽霊騒動。その調査を買って出たコナンは、2年前に死んだ保坂という生徒の机が忽然と中庭に移動するという怪現象を目の当たりにする。雨上がりにも関わらず、足跡もなく中庭に置き去られた机。そして、そこに残されていた「我が恨み未だ消えず」という恨みの手紙。調査を続けるコナンたちは、保坂の友人でもあった塚本から「中庭には校長先生がいたはず」という目撃証言を得るのだが…
ホームズばりの推理力で、大活躍の高校生名探偵・工藤新一。ところがある日、事件を追っていた彼は、妙な薬の力で、なんと子供に戻ってしまった…！？仮の名を“江戸川コナン”。小さな名探偵が登場だ！！
ガールフレンド・毛利蘭の父・小五郎の探偵事務所に居候しながら、謎の組織の行方を追うコナン。世間の目を欺くために、小学校に通いつつ、迷探偵・毛利小五郎を陰で助ける小さな名探偵・コナンの推理が冴える！！
高校生なのに小学生に縮んでしまった！！そんな変な状況でも探偵の血が騒ぐ俺は難事件に次々と挑戦だ！！でも自分の正体がばれちゃいけないから、結構気をつかうぜ！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
体は小さくたって頭脳はパワフル！！次から次へと起きる謎の事件を名推理で解決するぜ！！でも黒ずくめの男達の正体を暴いて、早く元の姿に戻りたいんだ！蘭のためにもね！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
体が小さくなった途端にピンチの連続！！血も凍るような恐ろしい難事件が俺の身に降りかかる！！蘭も狙われてちょっとヤバイけど、スーパー頭脳と探偵七つ道具で勝負だ！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
体が小さいからって大きな奴には負けないぞ！と威張ってみたものの、仮面の男に追い詰められて大ピンチ！！でも自慢の頭脳で何とか脱出、奴らの正体だって暴いてみせるさ。小さな名探偵・江戸川コナンとは俺のコトさ！！
謎の招待状に招かれて、絶海の孤島に行ったはいいが、ピアノの調べにのせた連続殺人に巻きこまれ…何とか解決できたけど、今度は俺の恋人出現！？どんな難事件でも解いてみせるが、女心はわからない！蘭の怒りの解き方教えて！！
蘭に俺の正体を暴かれそうになる大ピンチ！！とっさの機転でしのいだけれど、もうちょっと蘭を安心させてやりたかった…早く元の工藤新一に戻りたいけど、次から次へと事件がおこってそれどころじゃないんだよ！！空から“闇の男爵（ナイトバロン）”が振ってきたぁ！？
高校生探偵として名を馳せたオレなのに、今はなぜか小学生に逆戻り…ガキと一緒に遊んでいたら、女の子が一人行方不明！！のんびり温泉と思ったら今度は殺人事件が発生だ！？ちょっとはオレも休みたい、だって小学生なんだから！！
次から次へと難事件。これじゃあ、オレの身がもたねぇ！ほーらやっぱりおかしいぞ！？やたらと体が熱くなる…と思ったら…！？何が起こるかわからない。お待たせしました、真打ち登場！！
