阿笠博士と天体観測に出かけたコナンたちが、宿泊先のペンション付近で白骨死体を発見した。しかもその夜、宿泊客の天文雑誌編集者・二川が変死してしまう。双方の遺体のそばからは長さの違うタバコが数本発見され、このダイイングメッセージの謎を解いたコナンは…！？また事件解決後、意外なところに黒の組織に繋がるヒントが…
ホームズばりの推理力で、大活躍の高校生名探偵・工藤新一。ところがある日、事件を追っていた彼は、妙な薬の力で、なんと子供に戻ってしまった…！？仮の名を“江戸川コナン”。小さな名探偵が登場だ！！
ガールフレンド・毛利蘭の父・小五郎の探偵事務所に居候しながら、謎の組織の行方を追うコナン。世間の目を欺くために、小学校に通いつつ、迷探偵・毛利小五郎を陰で助ける小さな名探偵・コナンの推理が冴える！！
高校生なのに小学生に縮んでしまった！！そんな変な状況でも探偵の血が騒ぐ俺は難事件に次々と挑戦だ！！でも自分の正体がばれちゃいけないから、結構気をつかうぜ！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
体は小さくたって頭脳はパワフル！！次から次へと起きる謎の事件を名推理で解決するぜ！！でも黒ずくめの男達の正体を暴いて、早く元の姿に戻りたいんだ！蘭のためにもね！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
体が小さくなった途端にピンチの連続！！血も凍るような恐ろしい難事件が俺の身に降りかかる！！蘭も狙われてちょっとヤバイけど、スーパー頭脳と探偵七つ道具で勝負だ！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
体が小さいからって大きな奴には負けないぞ！と威張ってみたものの、仮面の男に追い詰められて大ピンチ！！でも自慢の頭脳で何とか脱出、奴らの正体だって暴いてみせるさ。小さな名探偵・江戸川コナンとは俺のコトさ！！
謎の招待状に招かれて、絶海の孤島に行ったはいいが、ピアノの調べにのせた連続殺人に巻きこまれ…何とか解決できたけど、今度は俺の恋人出現！？どんな難事件でも解いてみせるが、女心はわからない！蘭の怒りの解き方教えて！！
蘭に俺の正体を暴かれそうになる大ピンチ！！とっさの機転でしのいだけれど、もうちょっと蘭を安心させてやりたかった…早く元の工藤新一に戻りたいけど、次から次へと事件がおこってそれどころじゃないんだよ！！空から“闇の男爵（ナイトバロン）”が振ってきたぁ！？
高校生探偵として名を馳せたオレなのに、今はなぜか小学生に逆戻り…ガキと一緒に遊んでいたら、女の子が一人行方不明！！のんびり温泉と思ったら今度は殺人事件が発生だ！？ちょっとはオレも休みたい、だって小学生なんだから！！
次から次へと難事件。これじゃあ、オレの身がもたねぇ！ほーらやっぱりおかしいぞ！？やたらと体が熱くなる…と思ったら…！？何が起こるかわからない。お待たせしました、真打ち登場！！
