本堂瑛祐が見つけた不可解な事件を調べている最中、別の殺人事件を追う高木刑事らと遭遇したコナンたち。早速現場に向かったところ、被害者の女性・船本兼世の子どもは、“水無怜奈”の事故現場を目撃したのと同じ少年だった！本堂と黒の組織との関係にコナンが疑いを深める中、目黒警部や小五郎らによる事故の検証は進んでいくが…。
怪盗キッドVS安室透、開演！怪盗キッドが次に狙うのは王家の秘宝…その前に立ちはだかるのは――安室透！！レストランで事件に巻き込まれるコナン達…危地に現れた＂風の女神＂――その正体は！？判明する新たな因縁、登場する新たな人物！殺人ラブコメ、新たな歩みで101巻！
＜桜＞の想いは受け継がれる――伊達航の手帳が導いた身代金事件解決編！高木渉・佐藤美和子・安室透が追う！婚活パーティーで横溝重悟が萩原千速と遭遇！高木渉を見つめる千速の脳裏に去来するものは！？正義の執行人達に受け継がれていく＜桜＞の想い…――そして。前触れもなく、物語は激動する。
灰原哀を巡り――因縁衝突。世良とメアリーが滞在しているホテルに爆破予告！ 交差する思惑の中、コナンは妃弁護士と共に犯人を探す！！海へ向かう探偵団。その付き添いは、沖矢昴と…若狭留美！2人の間には緊迫した雰囲気が流れる…そして、怪盗キッドは榎本梓に変装！！その場に居合わせたのは、コナンと安室透――！？
ついに語られる、17年前の真相。17年前に起きた、天才棋士「羽田浩司」の謎の死。睡っていた事件の真実。その全貌がついに、目を覚ます――
平次に告白チャンス、到来！！平次・和葉の恋を成就させるべく、絶景スポットのある山へ2人を連れてきた蘭たち。そこで、小五郎が突然の失踪ーー！？そして、平次に絶好の告白チャンスが！！さらに、ベルツリータワーに展示された宝石を狙う怪盗キッドに、殺人犯の疑いがかけられてしまう！！まさかの協力相手は…！？そして、あの「高校生探偵」も登場！
浪速の5話シリーズ収録。平次達がモチーフになった劇を、観劇しにきたコナン一行。平次はそこで、和葉への告白を決意する。場所は、夕日の見える「浪速ハルカス」！！しかし、殺人事件が発生し、告白までのタイムリミットが迫る――
長野県警、警察学校、明かされる思い出――公園の水道を壊してしまった幼少期の新一と蘭。そこで助けてくれたのは、警察学校の5人組だった――長野県警本部を訪れることになった少年探偵団。しかし「コンパス探偵団」と名乗る配信者の不審火騒動に巻き込まれて…
黒ずくめの組織No．2とFBI 最接近！少年探偵団とFBIのキャメル捜査官が遭遇！事件現場には、黒ずくめの組織のNo.2ラム扮する脇田兼則をはじめ因縁のある人物が集いーーホテルに食事に来た蘭と園子、世良にコナン！事件のきっかけになったとある写真が波乱を呼ぶ!?温泉で事件に遭遇した風の女神、萩原千速は、あの二人のことを追憶し…
