水無怜奈の居場所を黒の組織にかぎつけられ、入院先の病院に組織の手先が潜伏していることが発覚。コナンとFBIの赤井は、すでに入院患者の中から楠田という男を容疑者に絞り込み、その夜、彼がナースステーションで物色し始めたところを大勢のFBIが取り囲む。だが、楠田は首に爆弾を巻いており、捜査官がひるんだすきに、まんまと逃亡されてしまい…？
大富豪・藤枝幹雄の命を狙っている人物をつきとめたら1000万円出すと依頼された小五郎。楽勝な事件とタカをくくった小五郎は、派手な前祝いで散財するが、結局解決できず逆に800万円の借金を作り、ショックで泥酔してしまう。その尻ぬぐいに、妻・英理が依頼者の元へ出向くが、そこでなんと新一の母・有希子と出会うことに。しかも二人は高校時代「ミス帝丹」を競い合ったライバル同士だったのだ！！二人はコナンと共に、藤枝の命を狙う者を突き止めようと動きだす。だがその目の前で藤枝は、何者かに射殺されてしまう
「黒の組織」の手がかりを求めて出島のデザイン事務所へ向かったコナンは、デザイン事務所社長・出島の毒殺事件に遭遇する。遺体の左手、ベルト、ハンカチ、そして直前に食べたハンバーガーから毒物反応が検出されるが、他のどこからも毒物の痕跡は見い出せない。その死のトリックをコナン、阿笠博士、灰原の3人が暴く。
元太と歩美に数字の「5」に似た刻印を残した通り魔を、少年探偵団と佐藤、高木の両刑事が力を合わせ探しだす！刻印は自動車のエンブレムだということまでは分かったが、同じモデルの車を持った容疑者は3人いた。真犯人はいったい誰だ！？
平次達と夏の高校野球決勝戦を見に来たコナンは、座席の下にあった携帯電話を拾う。落とし物だと思われたケータイに“甲子園の魔物”と名乗る謎の男から球場を巻き込む自爆予告の電話がかかってきた！自爆を止めるにはメールで送られてきた数字の暗号を解き、男の居場所を探し当てなければならない。タイムリミットの試合終了時までに数字の謎を解く事はできるのか！？
最近、蘭の通う高校で頻発している幽霊騒動。その調査を買って出たコナンは、2年前に死んだ保坂という生徒の机が忽然と中庭に移動するという怪現象を目の当たりにする。雨上がりにも関わらず、足跡もなく中庭に置き去られた机。そして、そこに残されていた「我が恨み未だ消えず」という恨みの手紙。調査を続けるコナンたちは、保坂の友人でもあった塚本から「中庭には校長先生がいたはず」という目撃証言を得るのだが…
阿笠博士と天体観測に出かけたコナンたちが、宿泊先のペンション付近で白骨死体を発見した。しかもその夜、宿泊客の天文雑誌編集者・二川が変死してしまう。双方の遺体のそばからは長さの違うタバコが数本発見され、このダイイングメッセージの謎を解いたコナンは…！？また事件解決後、意外なところに黒の組織に繋がるヒントが…
ある女性から、不倫相手からメールが届く前になくした携帯電話を見つけ出してほしいと依頼された小五郎。だがその晩、彼女は何者かに殺害されてしまった。当然、小五郎と目黒警部は不倫相手を疑うが、コナンは彼女がジャージ姿で化粧もしていなかったことから、家族の中に犯人がいるのではと推理する
夏休み。コナンと少年探偵団、阿笠博士のみんなは山のキャンプへ。博士と哀は、元太たちにお宝を用意していると言い、それを手に入れるカギとなる「マルムシニテント」という暗号を出題する。意外にもコナンも解けずに苦戦していたのだが、そのとき、海に行っている蘭と園子から連絡が届いて…
黒の組織の一員であることが発覚したアナウンサー・水無怜奈。彼女に仕込んだ盗聴器から、衆議院議員候補者の暗殺計画を察知したコナンだったが、狙撃場所を示す暗号「エディP」がなかなか解けない。暗殺時刻まで30分を切ったとき、”狩り場””二重人格”などのキーワードからコナンが謎解きした場所とは…！？
人気のカフェで食事を楽しんでいたコナン・小五郎・蘭の3人が、偶然にも千葉刑事と高木刑事に遭遇した。千葉の友人・江本の誘いで合コンに来ていたのだが、女性陣の中になんと佐藤刑事が！！気まずい空気が流れる一方、女性陣のひとりで江本の姉・彩は、自宅に残してきた5歳のイトコをしきりに気にかけている様子で…
