「推理ミスを見つけたので新一に会いたい」と望む人物に会うため、平次たちと共にある村を訪れたコナン。だが風邪薬と間違えて、APTX4869の試作解毒薬を飲んだため新一の姿に戻ってしまい、さらに湖に落ちた際に記憶を喪失してしまい…？
最近、蘭の通う高校で頻発している幽霊騒動。その調査を買って出たコナンは、2年前に死んだ保坂という生徒の机が忽然と中庭に移動するという怪現象を目の当たりにする。雨上がりにも関わらず、足跡もなく中庭に置き去られた机。そして、そこに残されていた「我が恨み未だ消えず」という恨みの手紙。調査を続けるコナンたちは、保坂の友人でもあった塚本から「中庭には校長先生がいたはず」という目撃証言を得るのだが…
阿笠博士と天体観測に出かけたコナンたちが、宿泊先のペンション付近で白骨死体を発見した。しかもその夜、宿泊客の天文雑誌編集者・二川が変死してしまう。双方の遺体のそばからは長さの違うタバコが数本発見され、このダイイングメッセージの謎を解いたコナンは…！？また事件解決後、意外なところに黒の組織に繋がるヒントが…
ある女性から、不倫相手からメールが届く前になくした携帯電話を見つけ出してほしいと依頼された小五郎。だがその晩、彼女は何者かに殺害されてしまった。当然、小五郎と目黒警部は不倫相手を疑うが、コナンは彼女がジャージ姿で化粧もしていなかったことから、家族の中に犯人がいるのではと推理する
夏休み。コナンと少年探偵団、阿笠博士のみんなは山のキャンプへ。博士と哀は、元太たちにお宝を用意していると言い、それを手に入れるカギとなる「マルムシニテント」という暗号を出題する。意外にもコナンも解けずに苦戦していたのだが、そのとき、海に行っている蘭と園子から連絡が届いて…
黒の組織の一員であることが発覚したアナウンサー・水無怜奈。彼女に仕込んだ盗聴器から、衆議院議員候補者の暗殺計画を察知したコナンだったが、狙撃場所を示す暗号「エディP」がなかなか解けない。暗殺時刻まで30分を切ったとき、”狩り場””二重人格”などのキーワードからコナンが謎解きした場所とは…！？
人気のカフェで食事を楽しんでいたコナン・小五郎・蘭の3人が、偶然にも千葉刑事と高木刑事に遭遇した。千葉の友人・江本の誘いで合コンに来ていたのだが、女性陣の中になんと佐藤刑事が！！気まずい空気が流れる一方、女性陣のひとりで江本の姉・彩は、自宅に残してきた5歳のイトコをしきりに気にかけている様子で…
新一と平次がまだお互いを知らない中学生だった頃、二人は雪山で起きた人気俳優殺人事件の推理合戦を繰り広げていた。映画撮影の関係者を集めて事情聴取が行なわれていた時、事件の謎を解いた平次が現れ、それとほぼ同時に新一も、その場にいた刑事の携帯電話に連絡を入れてきた。そして2人は声を揃えるかのように、全く同じ推理を語り始め…。
映画「スターブレイド」の試写会に訪れたコナンと少年探偵団、阿笠博士の面々。入口で元太たちが小道具の刀を振り回していると突然、フリーカメラマンの建井が話しかけてきた。彼は、自分のカメラでコナンたちの写真を撮ってあげると、それを送ると言って博士の住所をメモに取り、フィルムと一緒に胸ポケットへしまいこむ。その直後、建井は携帯電話で友人から呼び出され、博士に荷物を預けて去っていくが…。
新作絵画「青嵐」をほぼ完成させた画家・及川のもとに、怪盗キッドから絵を頂くとの予告状が届いた。その犯行予告日、及川に招かれた小五郎やコナンたちは、大勢の機動隊員や報道陣が取り囲む中、奥多摩の山中にある彼の自宅へと入っていく。完成前に絵を見られるのを嫌う及川の依頼で、カバーがかけられた「青嵐」を、アトリエの外から監視カメラごしに警備する態勢が取られたが、予告時間約30分になって、突然及川が「絵の最終チェックをするから10分ほどカメラを切ってほしい」と言い出して…。
本堂瑛祐が見つけた不可解な事件を調べている最中、別の殺人事件を追う高木刑事らと遭遇したコナンたち。早速現場に向かったところ、被害者の女性・船本兼世の子どもは、“水無怜奈”の事故現場を目撃したのと同じ少年だった！本堂と黒の組織との関係にコナンが疑いを深める中、目黒警部や小五郎らによる事故の検証は進んでいくが…。
