30年振りに…あのキャラ登場！！夏の大会で投馬たちを破った東秀は見事甲子園へ！ そしてライバルの健丈・赤井は春の選抜で新ヒーローに…！やって来た四月、負けられない明青学園には、頼もしい新入生たちがやって来る！！しかし、やって来るのはそれだけではないようで…？
両投手譲らぬ東東京大会準決勝戦は、最後は明青のエース立花投馬のエラーで、延長14回の激闘に幕を下ろした。そして夏が終わり、再起を目指す明青野球部に、ちょっとワケありな入部希望者が…！？更に、投馬の野球人生に関わる、とある重要人物の存在が明らかに…
明青VS健丈（元須見工）、因縁の一戦！音美のあわや交通事故の難を救った謎の男…その名は原田正平！30年前にこの街に暮らし伝説を目の当たりにした男は…明青野球部に一体何を見るのか…そんな中始まる、明青VS健丈、因縁の一戦！！先のセンバツのヒーロー、赤井が立ちはだかる！！
明青VS健丈（元・須見工）白熱！！絶対に負けられない緊張の一戦の中、夏野の好投でなんとか踏ん張る明青学園…そんな中、遅れて到着したエース・投馬！強豪校相手に圧巻のピッチングを見せる！！2年目の夏に向けて順風満帆に見える、明青野球部だが…？！
投馬VS走一郎？！兄弟投手戦…！！明青学園、白熱の紅白戦！！紅組ピッチャー、夏野の負傷により、走一郎が急遽登板…図らずも立花兄弟の投げ合いとなった！今や絶対のエースとなった投馬。その投馬に劣らない才能を持ち、かつてはピッチャーだった走一郎。軍配は一体どちらに？！そして気付けば、季節は夏。甲子園への2度目の挑戦を前に…明青学園が何かと騒がしい。
立花兄弟、高校2年の夏、始まる。投馬と走一郎の二度目の夏がやって来る。注目の兄弟バッテリーに、走攻守充実のナイン。今年はシード校として大会に臨む明青学園に……死角ナシ？！”二度目の奇跡”は起こるのか…？！
明青、快進撃！立ちはだかるのは…！？盤石の状態で夏の大会を軽快に勝ち上がる明青学園！しかし熱さが増していくにつれ、積み重ねた夏の歴史と記憶が蘇ってくるのです。健丈、勢南、そして…栄新？今年の夏は…今年の夏こそ…！
明青VS勢南、伝説再び…！東東京大会準決勝、明青学園 対 勢南高校！明青・立花投馬と、勢南・西村拓味は二人とも今大会屈指のピッチャー。そして試合は予想通りの投手戦へ…！積み上がる三振。ゼロ行進。高まる観客の熱気。夏が、燃え上がっていきます。
新生明青ストーリー、急転…！！立花兄弟、高校2年の夏…！勢南との熱戦の末、健丈の待つ東東京大会決勝へと駒を進めた明青学園！！あと、たったひとつで甲子園。しかし……
投馬、走一郎、音美。悲しみを胸に季節は秋夏の高校野球東東京大会、明青学園は決勝に進出！甲子園まであと1勝に迫る中、投馬の実父が亡くなってしまう。投馬がマウンドに上がることなく、敗れた明青学園。投馬、走一郎、音美それぞれが悲しみを胸に抱え、季節は秋へ―――
