南洋同盟のクローディアを捕虜として伴い、水上都市リグからジオンのエース・ダリルがアジトに帰還！だが、その道程でダリルとクローディアの間に思いがけない出来事が…！？ダリルの目に揺るぎない野心と覚悟が仄暗く灯り始める！一方、地球連邦軍のイオはかつての恋人・クローディアが宿敵・ダリルの手に渡ったと知り…！？イオとダリル。二人の殺し合う宿命は、いま再びの発火点に向けてカウントダウンを始めた！！
人類が、増えすぎた人口を宇宙に移民させることで始まった「宇宙世紀」。そして宇宙世紀0079年、地球から最も遠い宇宙都市・サイド3が「ジオン公国」を名乗り、地球連邦政府に対し独立を宣言。戦争を挑んだ。開戦から一年近くが経つ現在、大規模な戦争により破壊されたスペースコロニー（人工の大地）や戦艦の残骸が大量に舞う暗礁宙域・通称“サンダーボルト宙域”では、制宙権を握るジオン公国軍と、奪還を目指す地球連邦軍による激しい戦いが行われていた───。『MOONLIGHTMILE』でリアルな宇宙開発を舞台にロマンを描く太田垣康男が、自らのルーツである『機動戦士ガンダム』に挑戦！驚愕のメカ描写、太田垣流リアリズムを背景に激突する、蒼き主人公たちの躍動に注目を！！
いよいよ総力戦へまっしぐらとなったサンダーボルト宙域の戦局が、イオとダリル、ふたりのパイロットにさらに重い運命を背負わせる。連邦の魔物・ガンダムに対抗すべくジオン軍が用意した驚異のMS、それは…！？
イオの乗るフルアーマーガンダムとダリルの乗るサイコ・ザク。サンダーボルト宙域をめぐる連邦とジオンの殲滅作戦が最終局面を迎える中、ふたりの一騎討ちにも、ついに決着の時が……！？
サンダーボルト宙域での死闘から7か月。終わったかに見えたイオとダリルの宿命はまだ続いていた。宇宙世紀0080年。次なる舞台は青い惑星・地球。果たしてイオは、ダリルは、そして地獄の宙域の生き残りたちの運命は……！！！
宇宙世紀0080年。イオとダリルの宿命は地球へ持ち越された。第三勢力“南洋同盟”の恐怖！そして連邦の新たなMS？アトラスガンダム！！果たして宿命の行方は。外伝『砂鼠ショーン』も完全収録の最新刊！！
リユース・P・デバイス奪還のため、新ガンダム・アトラスとイオを配備した連邦軍。そんな彼らに、ジオンの強力水中用MSが襲いかかる！ そんな中、新たにアトラスガンダムを配備されたイオは．．．！？
南洋同盟に奪われた「リユース・P・デバイス」を巡って激化する、連邦とジオン残党を含めた三つ巴の争い。そんな中、連邦と同盟がついに開戦！ 白兵戦の中、イオが目にした衝撃の光景とは…！？
「リユース・P・デバイス」を追い、傷痍軍人の街・リグへとたどり着いたダリル小隊。その街で、ダリルはある人物と出会う。それが彼の運命を大きく変えることになることはまだ知らずに…！？
傷痍軍人達が集う水上都市・リグを連邦軍のペガサス級強襲揚陸艦・スパルタンが急襲！南洋同盟によって集められたサイコ・ザクのパイロット達は、連邦の猛追を振り切るべく一致団結するも・・・立ちはだかるのは悪魔のごときアトラスガンダム！逃げ切れるか！？飛沫舞う海中のチェイス…開幕！
