ザニー1機だって…守ってみせる！サンダーボルト宙域で勃発したサイコ・ザク軍団とパーフェクト・ジオングの戦闘。南洋同盟はビビを中心とする精鋭達が万全の体制で迎え撃つが、イオとリリーのWパイロットで躍動するジオングのパワーとスパルタンの敵討ちを誓う地球連邦軍の結束力の前に、戦闘は南洋の大敗に終わった。そして舞台は一転、中立コロニー・サイド6へ…カウフマンとビリーたちの、地獄の逃避行が始まる！
累計250万部突破！ガンダムの新金字塔！「一年戦争」におけるサンダーボルト宙域での激選を生き延びたイオ・フレミングとダリル・ローレンツ、二人の宿命は、翌0080年「地球」へと持ち越された。水上都市リグ急襲作戦の後、元恋人クローディアがジオンの捕虜となったことを知ったイオ。一方、クローディアと共鳴したダリルはジオンを裏切り、南洋同盟の下へ身を投じる決意をする。幼児退行してしまったカーラを元に戻すため、そして再びサイコ・ザクを駆るために。南洋同盟の火山基地で量産化されるサイコ・ザク。南洋同盟を統べるレヴァン・フウとの出会い。レヴァン・フウの「真意」を知ったダリルはある覚悟を決め……一方、イオの乗る地球連邦のスパルタンが南洋同盟討伐のため、火山基地へと向かっていた……二人の邂逅の時、迫る！！
激突！ 地球連邦vs．南洋同盟！！「一年戦争」におけるサンダーボルト宙域での激戦を生き延びたイオ・フレミングとダリル・ローレンツ、二人の宿命は、翌0080年「地球」へと持ち越された。量産したサイコ・ザクと共に宇宙へと脱出を計らんとする南洋同盟とレヴァン・フウ。その計画に共鳴したダリルは火山基地に残りしんがり役を務めることに。総攻勢をかける地球連邦とイオ、そしてアトラスガンダム。待ったなしの激突が始まる！
イオvsダリル、宿命の対決再び…！南洋同盟のタール火山基地に突入したイオとアトラスガンダム。待ち受けるのは、サイコ・ザクに搭乗したダリル・ローレンツ。イオ、ダリル、クローディア、そしてレヴァン・フウ…それぞれの思惑が入り乱れる中で、ついに宿命のふたりが相見える…！！？
宿命の対決、地球上でついに決着！？32機のサイコ・ザクを宇宙に打ち上げようとする南洋同盟の計画を阻止すべく、タール火山基地での戦闘は激化！そしてついに相見えたイオとダリル。地獄の宙域以来の苛烈な宿命が、思わぬ結果をもたらす…！？
さあ、次なる戦争へ。スパルタンは墜ちた！地球のタール火山基地で勃発した連邦と南洋同盟の戦闘は、連邦の大敗に終わる。ペガサス級戦艦・スパルタンは墜落し、32機のサイコ・ザクが宇宙へ打ち上げられた。本隊とはぐれたダリルと、クローディアを殺めたショックで壊れたイオ。二人の英雄を、次なる戦争が待ち受ける――――。
パーフェクト・ガンダム、起動！地球のタール火山基地での戦闘後、南洋同盟の本隊とはぐれたダリル・ローレンツはガレ（元）中佐と手を組み再びの宇宙へ。クローディアを殺したショックでPTSDとなっていたイオ・フレミングも、南洋のスパイだった盟友・コーネリアスを射殺し、悲しみを乗り越えて立ち上がる。共に最終目的地は、南洋同盟僧正レヴァン・フウの狙うサイド3・ジオン共和国…再戦に備え、エースパイロット達は新たな武器を求める―――！！
震撼の…パーフェクト・ジオング！！南洋同盟のダリルはサイコ・ザクにガンダムの装甲を付け、パーフェクト・ガンダムを実現。ルナツーを襲撃し、ニュータイプ専用MAブラウ・ブロも手に入れた。圧倒的戦力に対抗すべく、地球連邦軍のイオはニュータイプのリリーとコンビを組み、パーフェクト・ジオングに搭乗する。宇宙へと展開した南洋同盟と地球連邦軍の戦争。次なる舞台は再びの…サンダーボルト宙域！！
たった一機のMSで戦況は変わる…！サンダーボルト宙域での再激突で、南洋同盟は地球連邦軍に大敗。多数の避難民を乗せて逃走するカウフマンは、中立コロニー・サイド6に難民としての保護を求める。しかし彼らの存在を把握した連邦軍が攻撃を開始。圧倒的劣勢のロシナンテ号、絶体絶命のその時……ダリル操るパーフェクト・ガンダムとブラウ・ブロが現れ、一気に形勢逆転。サイド6への亡命が叶った。その頃、連邦軍は月に向かい、アナハイム・エレクトロニクス社の中枢があるフォン・ブラウン市に到着。そこでイオは新たな使命を…！？
決戦の幕開け！マイトレーヤ作戦、始動…！連載10周年突入！！ シリーズ累計450万部突破！！人類史上最大のテラリウムであるドーム都市、月面のフォン・ブラウン市で束の間の休息を得たイオ。亡き父の盟友、アナハイム・エレクトロニクス社の執行役員アンディー・ウェリントンから次世代MSを見せられて迫り来るダリルとの決戦に気持ちを高ぶらせていた。一方、ソーラ・レイ奪取を狙う南洋同盟は巨大MAビグ・ザムを操り、ジオン共和国に侵攻…迎え撃つ構えの連邦軍に対して遂にマイトレーヤ作戦の火蓋が切って落とされる！
