女子だらけの風中野球部、続く快進撃！？TVアニメも好評放送中の国民的野球漫画、中学生編絶好調！女子6人、9人ジャストで大会に臨んだ風林中野球部。卜部とアンディを擁する清和中にリードを許すが、一年生の仁科がリリーフに登板。嫌な流れを断ち切れるか？
大吾主将率いる新生野球部、いざ初陣へ！！反抗的な新一年生・仁科たちに対し、5対5の変則試合を提案した大吾。仁科たち一年生の実力は？そして大吾や睦子の成長はいかに！？さらに加わるクセのある新たな一年生コンビや監督問題など、順調ではないまま大吾キャプテン率いる新生・風鈴中野球部は、いよいよ大会の初戦を迎えるが……！？
大吾主将率いる風林中野球部、いざ大会へ！1年生3人を加え9人ジャストで大会を迎えた、大吾主将率いる風林中野球部。投手に睦子、捕手にアニータを指名した大吾の意図とはいったい！？女子6人の野球部の実力が明らかになる中、風林中は初戦突破できるのか！？大反響の中学野球編、女子6人で奮闘中！！
大吾がついにマスクを！絶好調中学野球編！1年生3人を加えた9人ジャストで最初の大会に臨む、大吾主将率いる風林中野球部。初戦を突破した風中を2回戦で待ち受けるのは、アンディと卜部を擁する清和中学！清和の機動力野球に、睦子とアニータはミスを連発！そして大吾がついにマスクを！？
大吾主将率いる女子だらけ野球部、快進撃！9人ジャスト、うち女子6人…大吾キャプテン率いる風中野球部は快進撃を続け、いよいよ決勝戦へ！ 野球に対する“やる気”の温度差が現れる中、決勝戦で待つのは王者・英邦学院か、それとも…？
地区大会決勝戦。大吾率いる風林中の逆襲！眉村道塁らを擁する大尾中との決勝戦。0対5と序盤で大量リードを許した風林中だが、大吾の四球を口火に初めてチャンスを掴む！このままやられっぱなしじゃ終われない！女子6人の風林中、逆襲開始だ！
地区大会決勝、最終回！ 激闘、遂に決着！大尾中との地区大会決勝。最終回、風林中は大吾のタイムリーで逆転に成功！！ しかしその裏に敵もチャンスを作り、しかもバッターは眉村道塁。県大会まであとワンナウト・・・ 女子6人の風林中、勝利を掴めるか！？
女子7人の風林中、県大会準優勝校に挑む！県大会準優勝の強豪・辻堂中との試合に向け気合い十分の大吾たち。だが舐められまくりの風林中は、屈辱の10点ハンデをもらい試合開始。大尾中戦の悔しさをバネにして、進化したその実力を見せつけろ！！！
辻堂中の一軍現る！正捕手は、まさかの！？大吾たちが試合していた辻堂中の選手が、2軍であった事が判明・・・！！合流した1軍の圧倒的な実力を前に追い詰められてゆく風林ナイン。さらに辻堂の正捕手は、大吾の元相棒・まさかのアイツだった――！！
大吾たちの危機に、父・茂野吾郎が動く！！辻堂中にボロ負けしたショックにより、大吾たちに次々と問題発生。風林ナインの危機を救うべく、頼れる父・茂野吾郎が動き出す！！だが、因縁深き“アイツ”が風林中の校長として立ちはだかり・・・！？
