立ちはだかる怪童・古谷…！大吾率いる風林大尾が挑む地区大会。初戦の相手は卜部・アンディを擁する清和…と思いきやその清和を完璧に抑え込み勝ち上がってきた怪童・古谷とふじみ原中学！試合は終盤、スコアは0対0の同点――古谷の球数制限も迫る中、勝利を目指すふじみ原ナインはなんとか古谷に繋ごうと決死の粘りを見せ―…
風林野球部の新監督は、まさかの佐藤寿也！不在だった大吾たち風林ナインの新監督に、あの、佐藤寿也が就任！さっそく始まる「寿也マジック」・・・大吾たちの練習相手に茂野吾郎を呼び、技能テストでは思わぬ選手に投手の才能を見出す！春の大会へ向け本格始動した新体制のチーム。一体どうなる！？
風林中と“あの強豪”が、合同チームに！？野球部を嫌う江頭が、練習場を潰す計画を進めていることが判明！宿敵の用意周到な罠を前に、絶望に打ちひしがれる寿也監督・・・・・・しかし吾郎が、打開策として“ある中学校”との合併案を思い付く――！！
茂野大吾と眉村道塁が、チームメイトに！！風林中と、眉村道塁を擁する強豪・大尾中の“合同ナイン”が結成！！！唐突なライバルの加入に、睦子の心は激しく揺さぶられる――・・・部内の雰囲気が大きく変わる中、さらには冬合宿の実施も決定し！？茂野ジュニアと眉村ジュニアが、まさかの同じチームに！一体どんな科学反応が起きるのか――！？新メンバーが2人加入し、“女子9人”となった風林野球部！冬合宿、そして春大会に向けて突き進む！！
風林×大尾ナイン、初試合の相手は海堂中！大吾率いる風林中と、道塁を擁する大尾中の“合同ナイン”結成。迎えた冬合宿の初日、練習試合の相手校として姿を現したのは、吾郎を苦しめた伝説の強豪校、あの「海堂」だった――！！！
約1年ぶりの最新巻！宿敵・海堂戦、決着！風林中×大尾中“合同ナイン”VS強豪・海堂、ついに決着！ 冬合宿を終え、春に向けてさらなる成長を目指す大吾たちだが、佐藤寿也監督にまつわる予想だにしない問題がチームを襲う…！？
風林×大尾合同チーム、解散の危機――！？メディアに取り上げられ一躍有名になった寿也監督と風林大尾。その影響で新入生向けの体験入部会は、想像以上の数の希望者が！だが、部員の増加は風林×大尾合同チームの解散を意味して…！？
風林×大尾の連合ナイン、最後の大会へ！！茂野大吾も遂に中学3年生。風林×大尾の合同チームで、「負ければ引退」の夏大会へ挑む！しかし初戦から、かつてのチームメイト・卜部＆アンディを擁する清和中学と対戦する可能性が・・・！？
「負ければ引退」の夏大会、初戦から激闘！吾郎の息子・大吾は主将として中学最後の大会へ挑む！初戦の相手は【港南の怪童】古谷が率いる、ふじみ原。風林大尾のエース・睦子も躍動し、試合は激しい投手戦に…！！
道塁VS千代姉…勝負の行方は！？来る準決勝の先発マウンドをかけ、道塁と千代姉が3イニング勝負を行うことに。先発を志願した道塁、先発をしたくない千代姉。二人の思惑とは裏腹に、道塁はいきなり3ランHRを浴びてしまう。その結果を受け千代姉は、わざと四球を出し、自ら勝負に敗れようとするものの――…
