未来を選べ。全てを識る者の激白――！身を挺して人質を救ったりんごは少年Xとのバトルで瀕死の重傷を負ってしまう。大きな対価を払い、勝利を掴んだ「チームりんご」は国家議事堂で“彼ら”と遭遇する。《厄災》では、アキラがプログラムの攻略法を導き出すもそれを邪魔する者が現れて……！？
己を惑わす全てを断ち切った時、この能力は〈進化〉する――。相いれぬ肉親は、このバトルロワイヤルの参加者だった。父・燈夜たちとの共闘によりチームを殲滅、窮地を切り抜けたアキラ。一方、ユーリは霧崎を仲間に引き入れるため彼の家へと向かうが、既に彼は新たな能力者に襲われていて――！？
強制ゲームイベント、《厄災》開園――！！ついに、監視人・レオンハルトによる《厄災》が発動。廃墟と化した遊園地は、ゾンビ化した元参加者たちが参加者を襲う凄惨なコロシアムとなる。ユーリは自分を殺した男・星野王子と再会し、霧崎と熊切はそれぞれ別の場所での戦いを余儀なくされる。そしてアキラは、能力を持たない最弱の状態でこの無謀なゲームに勝負を賭ける――！！
2つの世界で起こる激しい争乱――！！一縷の望みに賭けて《厄災》に参加したアキラは無事、ユーリとの再会を果たす。危険を冒しながらも《厄災》に参加したアキラの真の目的とは……！一方、外の世界では生き残ったりんごたちを殺そうと4thプログラムの参加者たちが行方を追っていた――！！
多々良りんごVS爆弾魔少年Xついに決着！≪厄災≫に参加したアキラが共闘の準備を進める頃、東京にいるりんごたちは、少年Xによる国会議事堂人質事件に巻き込まれていた。全日本国民の目の前で、人質の命を弄ぶ非情なゲームを開始するX。「チームりんご」は最凶の爆弾魔・少年Xを止められるのか！？
キミは【二周目】なんだ。耳を疑う衝撃の新事実――。《厄災》FINAL PHASE突入。ついに動き出した万年青（ルビ・おもと）はアキラチームに混乱と破壊を生じさせる。広がった亀裂は、疑惑を生み、修正不可能なくらいに広がってゆく……。
《厄災》編、ついに完結――！！この選択は、自分への証明。レオンハルトの凶行により大切な仲間を次々と失うアキラ達。崩壊する遊園地から脱出する時、アキラはひとつの決断をする。そして《厄災》は誰も予想のつかない展開で幕を下ろす――！！
東京の街で見つけたのは、真相に迫る“鍵”《厄災》をクリアし、離ればなれになっていた仲間達と再会したアキラ。ユーリと訪れた自宅で、ゲームのヒントと成り得る“あるモノ”を見つけ出す。その直後、新たな敵と遭遇し――！？
相容れぬ肉親が、ついに牙を剥く。アキラたちの前に突如現れ、攻撃を仕掛けてきた九龍。一方、りんごたちの待つ病院には燈夜と天那の姿が。そしてもう一人、新たな敵も忍び寄っており…！？
4thプログラム、最終局面！燈夜との決闘を前に、母・晶（あきら）の秘密をユーリに打ち明けるアキラ。幸せだった家庭に起きた悲劇とすれ違う残された者の感情－。憎しみと悲しみ、頭脳と能力の全てをのせて父との最後の闘いが始まる――！！
