東京で、殺し合え。新章開幕！！東京で、殺し合え。新章“東京サバイバル編”開幕！！3rdプログラムを勝ち抜き、「能力」を手に、死んだ日の翌日に戻ってきた12人。彼らは「チーム魅音」として東京が舞台のバトルロイヤルに参戦することとなる。アキラはリーダーとの約束を果たすため、彼の自宅へと向かうが――！？
最後の敵は≪監視人≫――！！ついに幕を開けた「最終プログラム」。その内容は≪監視人≫との、その能力の根源≪恩寵≫の奪い合いだった！別々の空間に散り散りになった参加者達。そんな中アキラが始めに接敵したのは、因縁の相手、魅音で―――！？
《恩寵》を手にして、新たな能力の扉を開けユーリが目を覚ますと、そこは第四監視人代理「ウロモフ」の作り出した領域《エンバーミア》だった。因縁の相手・星野王子と死んだはずの“ある男”と再会したユーリは、大切な者達を「拾う」か「捨てる」か、究極の選択を迫られる――!!
見せて頂戴、扉の向こう側――。囚われていた星野王子が事切れ、失意の中でウロモフと戦うユーリ。追い詰められたその時……土の中から「ちっちゃい星野」が現れた!?!?《恩寵》を譲り受け、ついにユーリの新たな能力が開花するーー!!
私たち、 望みを叶えましょう。《死の恩寵》の監視人・ラウィールの《領域》に辿り着いた、鈴と万年青。万年青の弟が「十人殺しのX」だったことが判明し、一度は心を通わせた二人の殺し合いバトルが幕を開ける――！
お前は一体、何者なんだ……？監視人・ペルコの領域《アドバルーン》の謎解きを制したアキラは、ナビゲーター・ペル丸と心をざわつかせる女・黛雅と《領域》の脱出に成功する。ペルコの《恩寵》を奪うため、ガチャを引いて戦うルール構築ゲーム《理を産む球》で勝敗を決めることとなる－－
すべては、お前達兄妹から始まった……監視人・ペルコの《恩寵》を賭けてスタートしたゲーム《理を産む球》。それまで劣勢を許してきたアキラ達の反撃がついに始まる!!制御不能となった領域でアキラを道連れに爆発しようとするペルコ。身を挺してアキラを守った黛雅の身に悲劇が訪れる――
